单细胞测序分析前列腺组织细胞特征
比较正常前列腺组织和不同类型前列腺癌细胞类型和上皮细胞特征。
从GEO数据获取单细胞测序数据,质量控制后注释细胞类型,分析差异基因和通路活性。
SREBF1-based metabolic reprogramming in prostate cancer promotes tumor ferroptosis resistance.
结合单细胞测序、hdWGCNA、Bulk-RNA分析、体外细胞实验(ROS、GSH、线粒体膜电位)和体内移植瘤模型的功能与机制验证。
LNCaP细胞系 PC3细胞系 PC3皮下异种移植瘤小鼠模型 单细胞数据集(GSE193337及GSE137829)
细胞系:LNCaP和PC3 Betulin处理浓度:5 μg/mL RSL3处理浓度:0.1 μM 动物模型:PC3皮下异种移植瘤,细胞接种量3×10^6 Betulin剂量:2 mg/kg,每三天一次;Docetaxel剂量:2 mg/kg,每周一次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较正常前列腺组织和不同类型前列腺癌细胞类型和上皮细胞特征。
从GEO数据获取单细胞测序数据,质量控制后注释细胞类型,分析差异基因和通路活性。
鉴定前列腺癌上皮细胞中高活性的转录因子,特别是SREBF1。
使用SCENIC分析转录因子活性,鉴定219个转录因子,筛选RSS>0.2且Z>1.4的30个。
基于SREBF1活性分组,探索代谢通路和铁死亡相关基因的差异。
将细胞分为SREBF1阳性组和阴性组,进行GSVA分析、特定基因表达比较。
识别与SREBF1活性相关的基因模块并分析其功能。
对上皮细胞进行hdWGCNA分析,计算模块与转录因子活性的相关性。
基于SREBF1靶基因构建预测前列腺癌生化复发的风险评分。
利用TCGA和GEO数据,通过单变量Cox和Lasso回归筛选基因,多变量Cox构建风险评分。
验证Betulin对前列腺癌细胞铁死亡的影响。
使用LNCaP和PC3细胞,进行qRT-PCR, ROS检测, GSH检测,细胞活力检测。
评估Betulin对前列腺癌细胞线粒体功能和铁离子的影响。
使用FerroOrange探针检测亚铁离子,JC-1探针检测线粒体膜电位。
评估Betulin与多西他赛的协同抗肿瘤作用。
使用PC3细胞,不同浓度组合处理,计算ZIP协同评分。
在动物模型中验证Betulin单独或联合多西他赛的抗肿瘤效果和化疗增敏。
建立PC3皮下异种移植瘤模型,分组给药,测量肿瘤体积,进行油红O和Ki-67染色。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Procell | PM150110 |
| 胎牛血清 | Procell | 164210-50 | |
| 药物处理 | 白桦脂醇 | -- | -- |
| RSL3 | -- | -- | |
| qRT-PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| Evo M-MLV RT Mix试剂盒(qPCR Ver.2) | -- | AG11728 | |
| SYBR Green PCR预混液 | Roche | -- | |
| ROS检测 | DCFH-DA | Aladdin | H131224 |
| GSH检测 | 谷胱甘肽检测试剂盒 | Solarbio | BC1170 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | ApexBio Technology | K1018 |
| 亚铁离子染色 | FerroOrange荧光探针 | DoJinDo | F374 |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1荧光探针 | Beyotime | C2006 |
| 动物实验 | 多西他赛 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(Procell),培养条件(RPMI-1640+10%FBS,37°C,5% CO2) 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and drug treatment |
| 药物处理 | Betulin浓度5 μg/mL,RSL3浓度0.1 μM 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and drug treatment |
| ROS检测 | DCFH-DA浓度20 μM,孵育30分钟 阅读提示:Materials and methods: Detection of intracellular ROS |
| 动物实验 | 小鼠品系(5-6周龄雄性裸鼠),细胞接种量3×10^6,给药方案(Betulin 2 mg/kg,每三天一次;Docetaxel 2 mg/kg,每周一次) 阅读提示:Materials and methods: Animal experiment |
| 风险模型构建 | TCGA中位风险评分0.9230274,LASSO筛选的16个基因 阅读提示:Materials and methods: Bulk-RNA Seq analysis |