生物信息学分析GBP家族表达变化
初步探究NDV感染对MB细胞中GBP家族和IFN相关基因表达的影响
重新分析NDV感染的胶质瘤细胞系LN229测序数据集(GSE227791),用GEO2R方法识别差异表达基因,并以火山图可视化。
Newcastle disease virus promotes pyroptosis in medulloblastoma cells by regulating interferon-gamma-mediated guanylate-binding protein 1 expression and activating caspase-4.
包含细胞模型(Daoy和D283),NDV感染、IFN-γ处理、GBP1敲低/过表达、caspase-4敲低等干预,以及细胞活性、凋亡、蛋白表达、LDH/IL-18/IL-1β检测等多层级验证。
髓母细胞瘤细胞系Daoy 髓母细胞瘤细胞系D283 NDV感染模型(D90株)
NDV感染剂量为1 MOI,感染时间为1小时 IFN-γ重组蛋白浓度为100 ng/L,处理48小时 GBP1 siRNA序列:5'-UUUUUGACUGGUACCUUUCUU-3' caspase-4 siRNA序列:5'-UGUUAAAAAAGGUUUGAAGAA-3'
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
初步探究NDV感染对MB细胞中GBP家族和IFN相关基因表达的影响
重新分析NDV感染的胶质瘤细胞系LN229测序数据集(GSE227791),用GEO2R方法识别差异表达基因,并以火山图可视化。
建立NDV感染髓母细胞瘤细胞模型,观察NDV对细胞活性和IFN、GBP表达的影响
将Daoy和D283细胞培养至80%密度,以1 MOI NDV感染1小时,洗去未吸附病毒,维持培养后检测细胞活性、IFN-α/γ水平、GBP家族mRNA和蛋白表达。
验证IFN-γ能否激活GBP1表达并诱导MB细胞焦亡
用重组IFN-γ蛋白刺激Daoy和D283细胞,检测细胞活性、凋亡、GBP1表达及焦亡相关蛋白水平。
验证GBP1是否参与NDV对MB细胞的抑制作用
在NDV感染的MB细胞中转染GBP1 siRNA,检测细胞活性、凋亡、焦亡相关蛋白及LDH、IL-18、IL-1β水平。
验证GBP1过表达是否促进MB细胞焦亡
将GBP1编码序列克隆入pcDNA3.1质粒并转染MB细胞,检测细胞活性、凋亡、焦亡相关蛋白及LDH、IL-18、IL-1β水平。
验证caspase-4在NDV诱导的MB细胞焦亡中的作用
在NDV处理的MB细胞中转染caspase-4 siRNA,检测细胞活性、凋亡、焦亡相关蛋白及LDH、IL-18、IL-1β水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Sangon Biotech | E600003 |
| DMEM/F12培养基 | Pricella | PM150312B | |
| 胎牛血清 | GIBCO BRL | A5256701 | |
| 青霉素/链霉素 | Sangon Biotech | B540734 | |
| CO2培养箱 | Thermo Fisher Scientific | BB 150 | |
| 细胞转染 | pcDNA3.1质粒 | Invitrogen | V79520 |
| Lipofectamine 2000转染试剂盒 | Invitrogen | 11668500 | |
| 细胞处理 | 新城疫病毒(D90株) | Harbin Veterinary Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences | -- |
| 重组干扰素-γ蛋白 | Merck Millipore | IF002 | |
| 细胞活性检测 | 细胞计数试剂盒-8溶液 | Beyotime Biotechnology | C0038 |
| 酶标仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 凋亡检测 | TUNEL检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | C1090 |
| Annexin V-FITC/PI检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | C1065M | |
| BD FACSCantoII流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| RNA提取与PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018CN |
| NanoDrop微量分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| BeyRT II cDNA第一链合成试剂盒 | Beyotime Biotechnology | D7168M | |
| SYBRGreen qPCR混合液 | Beyotime Biotechnology | D7510 | |
| ABI 7500系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Solarbio | R0010 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime Biotechnology | P0011 | |
| 增强化学发光液 | Solarbio | PE0010 | |
| X射线胶片 | Beyotime Biotechnology | FF082 | |
| 免疫荧光 | DAPI(4',6-二脒基-2-苯基吲哚) | Beyotime Biotechnology | C1002 |
| ELISA | 乳酸脱氢酶ELISA检测试剂盒 | Solarbio | BC0685 |
| 干扰素-γELISA检测试剂盒 | Solarbio | SEKH-0046 | |
| 干扰素-αELISA检测试剂盒 | Solarbio | SEKH-0045 | |
| 白细胞介素-18 ELISA检测试剂盒 | Solarbio | SEKH-0028 | |
| 白细胞介素-1β ELISA检测试剂盒 | Solarbio | SEKH-0002 | |
| 蛋白质印迹 | 抗GBP1抗体 | Abcam | ab252832 |
| 抗caspase-4抗体 | Abcam | ab238124 | |
| 抗caspase-1抗体 | Abcam | ab179515 | |
| 抗GSDMD-N抗体 | Abcam | ab215203 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| HRP标记二抗 | Abcam | ab6721 | |
| 免疫荧光 | 二抗 | Abcam | ab130798 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系的来源及培养基:Daoy使用DMEM,D283使用DMEM/F12,均添加10% FBS和1%青霉素/链霉素 阅读提示:见Material and Methods中的Cell culture部分 |
| 细胞处理 | NDV感染剂量为1 MOI,感染时间为1小时,之后洗去病毒并维持培养 阅读提示:见Material and Methods中的Cell treatment部分 |
| 细胞处理 | IFN-γ重组蛋白浓度为100 ng/L,处理48小时 阅读提示:见Material and Methods中的Cell treatment部分 |
| 基因干预 | siRNA序列:GBP1-siRNA:5'-UUUUUGACUGGUACCUUUCUU-3';caspase-4-siRNA:5'-UGUUAAAAAAGGUUUGAAGAA-3';GBP1过表达质粒pcDNA3.1;转染试剂Lipofectamine 2000 阅读提示:见Material and Methods中的Cell transfection部分 |
| 检测指标 | 细胞活性(CCK-8)在450nm检测;凋亡通过TUNEL和流式;焦亡相关蛋白(caspase-4, GSDMD-N, cleaved caspase-1)用Western blot;LDH, IL-18, IL-1β用ELISA 阅读提示:见Material and Methods中的相关部分及结果图 |
| 统计分析 | 所有实验独立重复3次;两组比较用非配对t检验,多组用单因素方差分析及Tukey事后检验;P<0.05为显著 阅读提示:见Material and Methods中的Statistic analysis部分 |