网络药理学分析
预测丹参煎剂抗IHD的活性成分和潜在靶点
利用TCMSP、TCMIP和BATMAN-TCM数据库获取丹参煎剂的活性成分和靶点,利用GeneCards等数据库获取IHD相关靶点,取交集得到潜在靶点,并进行GO和KEGG富集分析。
Network pharmacology approach and experimental verification of Dan-Shen Decoction in the treatment of ischemic heart disease.
包含网络药理学预测、分子对接和细胞实验验证,但缺乏体内实验和功能验证。
H9c2大鼠心肌细胞系 CoCl2诱导的缺氧H9c2细胞模型
H9c2细胞(ATCC来源,传代4-8) CoCl2浓度(1000 µmol/L)和时间(24h) 丹参煎剂预处理浓度(1 µg/mL)和时间(2h) Western blot检测的蛋白表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测丹参煎剂抗IHD的活性成分和潜在靶点
利用TCMSP、TCMIP和BATMAN-TCM数据库获取丹参煎剂的活性成分和靶点,利用GeneCards等数据库获取IHD相关靶点,取交集得到潜在靶点,并进行GO和KEGG富集分析。
验证活性成分与关键靶点的结合模式
选取AKT1和MAPK1作为靶点,与木犀草素、丹参酮IIA等活性成分进行分子对接,计算-CDOCKER相互作用能。
建立CoCl2诱导的H9c2缺氧模型并进行药物预处理
不同浓度CoCl2处理H9c2细胞不同时间,确定最佳造模条件;丹参煎剂预处理2小时再CoCl2诱导,通过CCK8检测细胞活力。
验证丹参煎剂对PI3K/AKT和MAPK信号通路蛋白表达的影响
提取蛋白,Western blot检测PI3K p110、PI3K p85、STAT3、NF-κB、JNK、c-JUN、MAPK1等蛋白的表达及磷酸化水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 8120365 |
| 胎牛血清 | Procell | SA210518 | |
| EDTA胰蛋白酶 | Beyotime | C0203-100mL | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Solarbio | 20200617 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo | PN534 |
| Western blot | c-JUN抗体 | Cell Signaling Technology | 9165 |
| SAPK/JNK抗体 | Cell Signaling Technology | 9252 | |
| PI3激酶p110α抗体 | Cell Signaling Technology | 4249 | |
| PI3激酶p85抗体 | Cell Signaling Technology | 4257 | |
| NF-κB抗体 | Cell Signaling Technology | 8242 | |
| p-NF-κB p65抗体 | Cell Signaling Technology | 3033 | |
| β-actin抗体 | Proteintech | 60008-1-IG | |
| STAT3抗体 | Santa Cruz Biotechnology | 8019 | |
| p-c-JUN抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-822 | |
| 羊抗兔IgG-HRP | Gene-Protein Link | P03S02 | |
| 羊抗鼠IgG-HRP | Gene-Protein Link | P03S01 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 网络药理学 | 活性成分筛选阈值:OB≥30%,DL≥0.18 阅读提示:Methods: Network pharmacology 部分 |
| 分子对接 | 靶点蛋白的PDB ID、对接软件及方法 阅读提示:Methods: Molecular docking 部分 |
| 细胞模型建立 | H9c2细胞来源及传代数、CoCl2浓度和处理时间、丹参煎剂浓度和预处理时间、细胞接种密度 阅读提示:Methods: Cell culturing 和 Cell viability assay,Results: Induction of hypoxic H9c2 cells by CoCl2 |
| Western blot | 抗体稀释比例、二抗稀释比例、检测蛋白 阅读提示:Methods: Western blot 部分,Results: Effect of Dan-Shen Decoction on the PI3K/AKT and MAPK signalling pathways |