TRIM26表达分析
验证TRIM26在ccRCC组织和细胞系中的表达水平及其与预后的关联。
利用TCGA和GEO数据库分析TRIM26 mRNA表达,并通过qRT-PCR、Western blot和IHC在临床样本中验证。
TRIM26 inhibits clear cell renal cell carcinoma progression through destabilizing ETK and thus inactivation of AKT/mTOR signaling.
包含体外细胞功能实验、RNA-seq转录组分析、体内异种移植瘤模型、Co-IP及泛素化实验等多个独立证据层级,且明确包含功能验证和机制验证。
786-O细胞 Caki-1细胞 BALB/c-nu小鼠皮下移植瘤模型
细胞系:786-O和Caki-1 稳定转染:慢病毒感染和嘌呤霉素筛选 过表达和敲低效率:qRT-PCR和Western blot验证 体内实验:BALB/c-nu小鼠皮下注射5×10^6细胞 统计:至少三次生物学重复,t检验或单因素方差分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证TRIM26在ccRCC组织和细胞系中的表达水平及其与预后的关联。
利用TCGA和GEO数据库分析TRIM26 mRNA表达,并通过qRT-PCR、Western blot和IHC在临床样本中验证。
评估TRIM26对ccRCC细胞增殖、迁移、侵袭和EMT的影响。
通过慢病毒感染构建稳定过表达或敲低TRIM26的786-O和Caki-1细胞,并进行CCK-8、集落形成、EdU、伤口愈合、Transwell、Western blot和免疫荧光实验。
鉴定TRIM26过表达的下游信号通路。
对TRIM26过表达和对照的786-O细胞进行RNA-seq,并进行GSEA和KEGG通路富集分析,用Western blot验证关键蛋白变化。
阐明TRIM26是否与ETK相互作用并促进其泛素化降解。
通过Co-IP、qRT-PCR、Western blot、CHX追踪和体内泛素化实验检测TRIM26与ETK的结合及对ETK稳定性的影响。
验证TRIM26对恶性行为的影响是否依赖于ETK和AKT/mTOR通路。
在TRIM26过表达或敲低的细胞中共转染ETK过表达或siRNA,检测细胞增殖、迁移、侵袭能力和AKT/mTOR通路蛋白变化。
验证TRIM26过表达对ccRCC细胞在体内生长的影响。
将稳定过表达TRIM26的786-O细胞皮下接种BALB/c-nu小鼠,观察肿瘤生长,并通过Western blot、qRT-PCR和IHC检测肿瘤组织中相关蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Hyclone | -- |
| RPMI 1640培养基 | Hyclone | -- | |
| α-MEM培养基 | -- | -- | |
| McCoy's 5a培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Servicebio Technology | -- | |
| 病毒包装与感染 | 慢病毒 | OBiO Technology | -- |
| 药物处理 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 转染 | Opti-MEM培养基 | -- | -- |
| HighGene转染试剂 | ABclonal Technology | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | Dojindo | -- |
| EdU实验 | EdU Apollo DNA体外试剂盒 | RiboBio | -- |
| 细胞染色 | DAPI | -- | -- |
| Transwell侵袭实验 | 基质胶包被的Transwell小室 | Coring | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 逆转录 | ReverTrace qRT-PCR试剂盒 | Toyobo | -- |
| qRT-PCR | 2× SYBR Green预混液 | Bio-Rad | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | CST | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | MCE | -- | |
| 蛋白质定量 | BCA试剂盒 | Solarbio Science & Technology Co. Ltd | -- |
| 蛋白质印迹 | 5×SDS上样缓冲液 | Servicebio Technology | -- |
| PVDF膜 | Merck Millipore | -- | |
| 增强化学发光试剂 | Beyotime | -- | |
| 免疫共沉淀 | 经典磁性蛋白A/G免疫沉淀/免疫共沉淀试剂盒 | Epizyme Biotech | -- |
| 蛋白质印迹抗体 | TRIM26抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-393832 |
| ETK抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-376686 | |
| GAPDH抗体 | Servicebio Technology | GB15004-100 | |
| AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| p-AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 2983 | |
| p-mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 5536 | |
| 4EBP1抗体 | Cell Signaling Technology | 9644 | |
| p-4EBP1抗体 | Cell Signaling Technology | 2855 | |
| E-cadherin抗体 | Cell Signaling Technology | 14472 | |
| N-cadherin抗体 | Servicebio Technology | GB111273-100 | |
| Vimentin抗体 | Servicebio Technology | GB111308-100 | |
| 泛素抗体 | Cell Signaling Technology | 3936 | |
| FLAG抗体 | Cell Signaling Technology | 14793 | |
| HA抗体 | Cell Signaling Technology | 3724 | |
| 动物实验 | BALB/c-nu小鼠 | HFK Bioscience | -- |
| 免疫组化 | DAB试剂盒 | Servicebio Technology | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 各细胞系使用的培养基种类(DMEM、RPMI 1640、α-MEM、McCoy's 5a) 阅读提示:Materials and methods - Cell culture |
| 稳定转染 | 慢病毒感染时细胞密度约为50-60%,嘌呤霉素筛选浓度5 μg/ml,筛选时间2周 阅读提示:Materials and methods - Lentiviral infection and transient transfection |
| 功能实验 | CCK-8实验每组5个复孔,检测时间点0、24、48、72小时;集落形成实验每孔1000细胞,培养2周;伤口愈合实验观察0和24小时;Transwell实验每孔5×10^3细胞,培养36小时 阅读提示:Materials and methods - CCK-8, colony formation assay, EdU incorporation assay, wound healing assay, Transwell invasion assay |
| 机制实验 | CHX浓度50 μg/ml,处理时间0、2、4、8小时;MG132浓度20 μM,处理6小时 阅读提示:Materials and methods - Cycloheximide (CHX) chase, in vivo ubiquitination assay |
| 体内实验 | 使用4周龄雄性BALB/c-nu小鼠,每组6只,皮下注射5×10^6细胞,观察35天 阅读提示:Materials and methods - Animal studies |