PAX1抑制经典Wnt信号通路并在内胚层分化中发挥双重作用

PAX1 represses canonical Wnt signaling pathway and plays dual roles during endoderm differentiation.

作者信息Danxiu Miao, Jie Ren, Yanhan Jia, Yihui Jia, Yanshu Li, Huizhe Huang, Rui Gao
PMID38664733
发布时间2024-04-26
DOI10.1186/s12964-024-01629-3

实验完整度

在细胞系(HEK293FT、HCT116)、斑马鱼胚胎和hESC分化模型中开展功能验证,并通过co-IP、western blot、TopFlash报告基因和RNA-seq阐明分子机制,同时验证SCID相关突变体的功能影响。

主要模型

HEK293FT细胞 HCT116细胞 斑马鱼胚胎 hESC(H1)来源的内胚层分化模型

重点核对

PAX1过表达或敲低对Wnt信号通路活性的影响(TopFlash报告基因及Wnt靶基因表达) PAX1与TCF7L2的结合及其对TCF7L2 SUMO化水平的影响 内胚层分化阶段(定型内胚层、前肠内胚层、咽内胚层)PAX1过表达对相关标志基因表达的影响 SCID相关PAX1突变体(Val147Leu、Asn155del、Gly166Val、Cys368*、c.1173-1174ins)对Wnt信号抑制能力的变化

摘要

背景:配对盒基因1(PAX1)是一种转录因子,对于咽囊衍生组织(包括胸腺)的发育至关重要。PAX1突变已在伴有耳面颈综合征2型(OTFCS2)的重症联合免疫缺陷(SCID)患者中被发现。然而,尽管PAX1在胚胎发育和疾病中具有关键作用,但其分子作用模式的详细见解仍严重缺乏。方法:通过荧光素酶报告基因实验、qRT-PCR和原位杂交分别在HEK293FT、HCT116细胞和斑马鱼胚胎中研究PAX1和SCID相关突变体对Wnt信号通路的抑制作用。采用免疫共沉淀(co-IP)和蛋白质印迹实验来确定PAX1在Wnt信号通路中作用的分子机制。利用基于hESC的内胚层分化、流式细胞术、高通量测序数据分析和qRT-PCR实验来确定PAX1在内胚层分化过程中的作用。结果:在这里,我们表明PAX1在脊椎动物细胞中抑制经典Wnt信号通路。机制上,PAX1与SUMO E3连接酶PIASy竞争结合TCF7L2,从而干扰TCF7L2的SUMO化水平,进一步降低其转录活性和蛋白质稳定性。此外,我们揭示PAX1在hESC来源的定型内胚层和前肠/咽内胚层细胞(其产生胸腺上皮)中通过抑制Wnt信号发挥双重作用。重要的是,我们的数据表明,在SCID患者中发现的PAX1突变显著削弱了PAX1对Wnt信号通路的抑制能力。结论:我们的研究提出了PAX1在调节经典Wnt信号和内胚层分化中的一种新的分子作用模式,从而为PAX1相关SCID的分子基础提供了见解,更好地理解PAX1在胚胎发生中的行为。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
PAX1是否以及如何调控经典Wnt信号通路,并影响内胚层分化?
核心机制
PAX1与TCF7L2结合,并与SUMO E3连接酶PIASy竞争,从而降低TCF7L2的SUMO化水平,进而降低其转录活性和蛋白质稳定性,最终抑制经典Wnt信号通路。
主要证据
在HEK293FT、HCT116细胞中通过TopFlash报告基因、qRT-PCR和co-IP/western blot证实PAX1结合TCF7L2并降低其SUMO化和稳定性;在斑马鱼胚胎中通过原位杂交和qRT-PCR验证PAX1抑制Wnt靶基因表达;在hESC分化模型中,PAX1过表达抑制定型内胚层分化而促进前肠/咽内胚层分化,并伴随Wnt靶基因下调。
研究意义
该研究揭示了PAX1调控经典Wnt信号和内胚层分化的新分子作用模式,为PAX1相关SCID的分子基础提供了见解,加深了对PAX1在胚胎发生中行为的理解。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

验证PAX1对Wnt信号通路的抑制作用

确定PAX1是否调控经典Wnt信号通路及其活性影响。

在HEK293FT和HCT116细胞中转染PAX1表达质粒,使用或不使用Wnt信号激活剂(CHIR99021、LiCl或β-catenin共表达),检测TopFlash报告基因活性和Wnt靶基因表达;在斑马鱼胚胎中通过注射pax1 mRNA或morpholino敲低/过表达,通过原位杂交和qRT-PCR检测Wnt靶基因。

2

检测PAX1与TCF/LEF家族成员的相互作用

探究PAX1是否与Wnt信号效应因子TCF/LEF蛋白结合。

通过免疫荧光检测PAX1与TCF7L2的共定位;通过co-IP实验检测PAX1与TCF7L2、TCF7、TCF7L1、LEF1以及β-catenin的相互作用;通过截短突变体分析确定相互作用结构域。

3

检测PAX1对TCF7L2 SUMO化和蛋白稳定性的影响

阐明PAX1抑制Wnt信号通路的分子机制。

通过co-IP检测PAX1过表达对TCF7L2与PIASy相互作用的影响;通过SUMOylation实验检测TCF7L2的SUMO化水平;通过环己酰亚胺(CHX)追踪实验检测TCF7L2蛋白的半衰期;通过western blot检测TCF7L2蛋白水平。

4

评估PAX1过表达对hESC内胚层分化的影响

确定PAX1在内胚层分化中的作用及其与Wnt信号的相关性。

建立PAX1过表达的hESC系,按照既定方案分别诱导定型内胚层、前肠内胚层和咽内胚层分化,通过流式细胞术检测SOX17+细胞比例,通过qRT-PCR和RNA-seq检测内胚层标志基因和Wnt靶基因的表达,通过western blot检测TCF7和TCF7L2蛋白水平。

5

检验SCID相关PAX1突变体对Wnt信号抑制能力的影响

评估患者来源的PAX1突变是否影响其调控Wnt信号的功能。

构建含有SCID相关突变的PAX1表达质粒,通过TopFlash报告基因检测突变体对Wnt信号的抑制能力;通过co-IP和western blot检测突变体与TCF7L2的结合以及对TCF7L2-PIASy相互作用的干扰能力。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
含L-谷氨酰胺的DMEM培养基Gibco11,965,092
胎牛血清Gibco10,270-106
基质胶Corning356,235
mTeSR1培养基STEMCELL technologies85,851
Versene溶液Thermo Fisher Scientific15,040,066
RPMI1640培养基Gibco11,875,093
KnockOut血清替代物Gibco10,828,028
激活素AR&D Systems338-AC
Wnt3aR&D Systems5036-WN
DMEM/F12培养基Gibco21,331,020
B27添加剂Gibco17,504-044
全反式维甲酸SigmaR2500
骨形态发生蛋白4R&D Systems314-BP
LY364947SelleckS2805
成纤维细胞生长因子8bR&D Systems423-F8
KAAD-环杷明MCEHY-100535
Lipofectamine 2000转染试剂Invitrogen11,668,019
CHIR99021SelleckS2924
氯化锂----
MG132MCEHY-13259
苏巴苏姆他(TAK981)MCEHY-111789
双荧光素酶试剂盒PromegaE1910
蛋白G-琼脂糖珠GE Healthcare17–0618
M2琼脂糖珠SigmaA2220
磁珠Invitrogen10004D
BCA蛋白定量试剂盒Thermo23,227
PVDF膜Millipore--
抗flag抗体(小鼠)SigmaF1804
抗flag抗体(兔)bioworldAP0007
抗HA抗体(小鼠)SigmaH9658
抗HA抗体(兔)bioworldAP0005
抗MYC抗体SigmaM4439
抗V5抗体MBLPM003
抗TCF7L2抗体CST2569
抗β-连环蛋白抗体CST9562
抗TCF7抗体CST2203
抗β-肌动蛋白抗体abcamab8227
抗GAPDH抗体CST5174
HRP标记的二抗Jackson ImmunoResearch--
ECL化学发光液AdvanstaK-12045-D50
ChemiDoc MP成像系统BioRad--
抗flag抗体SigmaF1804
抗HA抗体abcamab9110
抗小鼠Alexa 488二抗InvitrogenA11001
抗兔Alexa 546二抗InvitrogenA11035
抗荧光淬灭封片剂BeyotimeP0131
EVOS FL Auto 2荧光显微镜Invitrogen--
Accutase消化液GibcoA1110501
Alexa Fluor 647标记的小鼠抗SSEA-4抗体BD Pharmingen560,796
Alexa Fluor 488标记的小鼠抗人SOX17抗体BD Pharmingen562,205
LSR Fortessa细胞分析仪BD647794
BD FACSDiva软件BD--
TRIzol试剂Invitrogen15,596,026
高容量cDNA逆转录试剂盒Applied Biosystems4,368,813
SYBR Select预混液Applied Biosystems4,472,908
StepOnePlus实时荧光定量PCR系统Applied Biosystems--
Fragment Analyzer 2100分析仪Agilent--
Optimal双模式mRNA文库制备试剂盒----
DNBSEQ-T7测序仪MGI--
mMESSAGE mMACHINE试剂盒AmbionAM1344
Multiskan SkyHigh酶标仪Thermo Fisher Scientific--
吗啉代寡核苷酸(pax1a MO, pax1b MO)Gene Tools--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养
HEK293FT和HCT116细胞的来源、培养基组成(DMEM含L-谷氨酰胺、1 mM丙酮酸钠、10% FBS)、培养条件(37°C、5% CO2);hESC H1的培养条件(Matrigel包被、mTeSR1培养基、Versene传代)
阅读提示:Methods - Cell culture and endoderm differentiation
Wnt信号激活
CHIR99021浓度(10 μM)处理时间(24小时)、LiCl浓度(20 mM)处理时间(24小时)
阅读提示:Methods - Cell transfection, treatment and luciferase assay
蛋白稳定性检测
MG132浓度(10 μM)处理时间(6小时);CHX浓度(100 μg/ml)及处理时间点;TAK981浓度(5或10 μM)处理时间(48小时)
阅读提示:Methods - Cell transfection, treatment and luciferase assay; 图4图注
内胚层分化
细胞接种密度(80%汇合度)、分化培养基成分及因子浓度(Activin A 100 ng/ml、Wnt3a 25 ng/ml、KSR浓度变化、RA浓度0.25 μM/0.1 μM、BMP4 50 ng/mL、LY364947 5 μM、FGF8b 50 ng/mL、KAAD-cyclopamine 0.5 μM)、分化时间
阅读提示:Methods - Cell culture and endoderm differentiation; 图5和图6图注
qRT-PCR
内参基因(人类细胞GAPDH,斑马鱼胚胎rpl13a);引物序列见补充表S1
阅读提示:Methods - RNA isolation and quantitative real-time PCR (qRT-PCR) analysis