验证PAX1对Wnt信号通路的抑制作用
确定PAX1是否调控经典Wnt信号通路及其活性影响。
在HEK293FT和HCT116细胞中转染PAX1表达质粒,使用或不使用Wnt信号激活剂(CHIR99021、LiCl或β-catenin共表达),检测TopFlash报告基因活性和Wnt靶基因表达;在斑马鱼胚胎中通过注射pax1 mRNA或morpholino敲低/过表达,通过原位杂交和qRT-PCR检测Wnt靶基因。
PAX1 represses canonical Wnt signaling pathway and plays dual roles during endoderm differentiation.
在细胞系(HEK293FT、HCT116)、斑马鱼胚胎和hESC分化模型中开展功能验证,并通过co-IP、western blot、TopFlash报告基因和RNA-seq阐明分子机制,同时验证SCID相关突变体的功能影响。
HEK293FT细胞 HCT116细胞 斑马鱼胚胎 hESC(H1)来源的内胚层分化模型
PAX1过表达或敲低对Wnt信号通路活性的影响(TopFlash报告基因及Wnt靶基因表达) PAX1与TCF7L2的结合及其对TCF7L2 SUMO化水平的影响 内胚层分化阶段(定型内胚层、前肠内胚层、咽内胚层)PAX1过表达对相关标志基因表达的影响 SCID相关PAX1突变体(Val147Leu、Asn155del、Gly166Val、Cys368*、c.1173-1174ins)对Wnt信号抑制能力的变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定PAX1是否调控经典Wnt信号通路及其活性影响。
在HEK293FT和HCT116细胞中转染PAX1表达质粒,使用或不使用Wnt信号激活剂(CHIR99021、LiCl或β-catenin共表达),检测TopFlash报告基因活性和Wnt靶基因表达;在斑马鱼胚胎中通过注射pax1 mRNA或morpholino敲低/过表达,通过原位杂交和qRT-PCR检测Wnt靶基因。
探究PAX1是否与Wnt信号效应因子TCF/LEF蛋白结合。
通过免疫荧光检测PAX1与TCF7L2的共定位;通过co-IP实验检测PAX1与TCF7L2、TCF7、TCF7L1、LEF1以及β-catenin的相互作用;通过截短突变体分析确定相互作用结构域。
阐明PAX1抑制Wnt信号通路的分子机制。
通过co-IP检测PAX1过表达对TCF7L2与PIASy相互作用的影响;通过SUMOylation实验检测TCF7L2的SUMO化水平;通过环己酰亚胺(CHX)追踪实验检测TCF7L2蛋白的半衰期;通过western blot检测TCF7L2蛋白水平。
确定PAX1在内胚层分化中的作用及其与Wnt信号的相关性。
建立PAX1过表达的hESC系,按照既定方案分别诱导定型内胚层、前肠内胚层和咽内胚层分化,通过流式细胞术检测SOX17+细胞比例,通过qRT-PCR和RNA-seq检测内胚层标志基因和Wnt靶基因的表达,通过western blot检测TCF7和TCF7L2蛋白水平。
评估患者来源的PAX1突变是否影响其调控Wnt信号的功能。
构建含有SCID相关突变的PAX1表达质粒,通过TopFlash报告基因检测突变体对Wnt信号的抑制能力;通过co-IP和western blot检测突变体与TCF7L2的结合以及对TCF7L2-PIASy相互作用的干扰能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 含L-谷氨酰胺的DMEM培养基 | Gibco | 11,965,092 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10,270-106 | |
| 基质胶 | Corning | 356,235 | |
| mTeSR1培养基 | STEMCELL technologies | 85,851 | |
| Versene溶液 | Thermo Fisher Scientific | 15,040,066 | |
| 内胚层分化 | RPMI1640培养基 | Gibco | 11,875,093 |
| KnockOut血清替代物 | Gibco | 10,828,028 | |
| 激活素A | R&D Systems | 338-AC | |
| Wnt3a | R&D Systems | 5036-WN | |
| DMEM/F12培养基 | Gibco | 21,331,020 | |
| B27添加剂 | Gibco | 17,504-044 | |
| 全反式维甲酸 | Sigma | R2500 | |
| 骨形态发生蛋白4 | R&D Systems | 314-BP | |
| LY364947 | Selleck | S2805 | |
| 成纤维细胞生长因子8b | R&D Systems | 423-F8 | |
| KAAD-环杷明 | MCE | HY-100535 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11,668,019 |
| 药物处理 | CHIR99021 | Selleck | S2924 |
| 氯化锂 | -- | -- | |
| MG132 | MCE | HY-13259 | |
| 苏巴苏姆他(TAK981) | MCE | HY-111789 | |
| 荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶试剂盒 | Promega | E1910 |
| 免疫共沉淀 | 蛋白G-琼脂糖珠 | GE Healthcare | 17–0618 |
| M2琼脂糖珠 | Sigma | A2220 | |
| 磁珠 | Invitrogen | 10004D | |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo | 23,227 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 抗flag抗体(小鼠) | Sigma | F1804 | |
| 抗flag抗体(兔) | bioworld | AP0007 | |
| 抗HA抗体(小鼠) | Sigma | H9658 | |
| 抗HA抗体(兔) | bioworld | AP0005 | |
| 抗MYC抗体 | Sigma | M4439 | |
| 抗V5抗体 | MBL | PM003 | |
| 抗TCF7L2抗体 | CST | 2569 | |
| 抗β-连环蛋白抗体 | CST | 9562 | |
| 抗TCF7抗体 | CST | 2203 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | abcam | ab8227 | |
| 抗GAPDH抗体 | CST | 5174 | |
| HRP标记的二抗 | Jackson ImmunoResearch | -- | |
| ECL化学发光液 | Advansta | K-12045-D50 | |
| ChemiDoc MP成像系统 | BioRad | -- | |
| 免疫荧光 | 抗flag抗体 | Sigma | F1804 |
| 抗HA抗体 | abcam | ab9110 | |
| 抗小鼠Alexa 488二抗 | Invitrogen | A11001 | |
| 抗兔Alexa 546二抗 | Invitrogen | A11035 | |
| 抗荧光淬灭封片剂 | Beyotime | P0131 | |
| EVOS FL Auto 2荧光显微镜 | Invitrogen | -- | |
| 流式细胞术 | Accutase消化液 | Gibco | A1110501 |
| Alexa Fluor 647标记的小鼠抗SSEA-4抗体 | BD Pharmingen | 560,796 | |
| Alexa Fluor 488标记的小鼠抗人SOX17抗体 | BD Pharmingen | 562,205 | |
| LSR Fortessa细胞分析仪 | BD | 647794 | |
| BD FACSDiva软件 | BD | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15,596,026 |
| cDNA合成 | 高容量cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | 4,368,813 |
| qRT-PCR | SYBR Select预混液 | Applied Biosystems | 4,472,908 |
| StepOnePlus实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| RNA-seq | Fragment Analyzer 2100分析仪 | Agilent | -- |
| Optimal双模式mRNA文库制备试剂盒 | -- | -- | |
| DNBSEQ-T7测序仪 | MGI | -- | |
| 斑马鱼胚胎实验 | mMESSAGE mMACHINE试剂盒 | Ambion | AM1344 |
| Multiskan SkyHigh酶标仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 吗啉代寡核苷酸(pax1a MO, pax1b MO) | Gene Tools | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | HEK293FT和HCT116细胞的来源、培养基组成(DMEM含L-谷氨酰胺、1 mM丙酮酸钠、10% FBS)、培养条件(37°C、5% CO2);hESC H1的培养条件(Matrigel包被、mTeSR1培养基、Versene传代) 阅读提示:Methods - Cell culture and endoderm differentiation |
| Wnt信号激活 | CHIR99021浓度(10 μM)处理时间(24小时)、LiCl浓度(20 mM)处理时间(24小时) 阅读提示:Methods - Cell transfection, treatment and luciferase assay |
| 蛋白稳定性检测 | MG132浓度(10 μM)处理时间(6小时);CHX浓度(100 μg/ml)及处理时间点;TAK981浓度(5或10 μM)处理时间(48小时) 阅读提示:Methods - Cell transfection, treatment and luciferase assay; 图4图注 |
| 内胚层分化 | 细胞接种密度(80%汇合度)、分化培养基成分及因子浓度(Activin A 100 ng/ml、Wnt3a 25 ng/ml、KSR浓度变化、RA浓度0.25 μM/0.1 μM、BMP4 50 ng/mL、LY364947 5 μM、FGF8b 50 ng/mL、KAAD-cyclopamine 0.5 μM)、分化时间 阅读提示:Methods - Cell culture and endoderm differentiation; 图5和图6图注 |
| qRT-PCR | 内参基因(人类细胞GAPDH,斑马鱼胚胎rpl13a);引物序列见补充表S1 阅读提示:Methods - RNA isolation and quantitative real-time PCR (qRT-PCR) analysis |