分析BTN3A2表达与COVID-19的相关性
探究BTN3A2表达是否与COVID-19严重程度相关。
利用公开的RNA-seq和scRNA-seq数据,分析COVID-19患者和健康对照中BTN3A2的表达水平,并比较不同严重程度。
Primate-specific BTN3A2 protects against SARS-CoV-2 infection by interacting with and reducing ACE2.
包含细胞系基因编辑、转基因小鼠活病毒攻击、免疫共沉淀、生物层干涉、ELISA等多层级实验,并进行了机制和功能验证。
BTN3A2基因敲除Huh7细胞 BTN3A2基因敲除Calu-3细胞 BTN3A2转基因小鼠 ACE2过表达A549和HEK293T细胞
BTN3A2敲除或过表达对SARS-CoV-2复制的影响 BTN3A2与Spike蛋白RBD的相互作用及特异性 BTN3A2与ACE2的竞争结合 BTN3A2对ACE2 mRNA和蛋白表达的抑制 BTN3A2转基因小鼠中病毒载量和肺部病理的评估
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究BTN3A2表达是否与COVID-19严重程度相关。
利用公开的RNA-seq和scRNA-seq数据,分析COVID-19患者和健康对照中BTN3A2的表达水平,并比较不同严重程度。
确定BTN3A2是否抑制SARS-CoV-2感染。
在ACE2-A549、ACE2-HEK293T、Huh7和Calu-3细胞中过表达或敲除BTN3A2,感染SARS-CoV-2或假病毒,检测病毒拷贝数或荧光素酶活性。
探究BTN3A2是否直接结合SARS-CoV-2 Spike蛋白及其结构域。
通过免疫共沉淀和生物层干涉分析检测BTN3A2与Spike蛋白及其S1、S2亚基和RBD的相互作用。
探究BTN3A2是否竞争ACE2与Spike RBD的结合。
通过竞争ELISA和免疫共沉淀分析BTN3A2对ACE2-Spike结合的影响。
探究BTN3A2是否影响ACE2表达。
在细胞系和转基因小鼠中检测BTN3A2过表达或敲除对ACE2 mRNA和蛋白水平的影响,包括流式细胞术检测细胞表面ACE2。
评估BTN3A2是否在体内抑制SARS-CoV-2感染。
对BTN3A2转基因小鼠和野生型小鼠通过AAV-hACE2转导后感染SARS-CoV-2 BA.2,检测病毒载量、组织病理和ACE2表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco-BRL | 11965-092 |
| 胎牛血清 | Gibco-BRL | 10099-141 | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco-BRL | 15140122 | |
| MEM培养基 | Gibco-BRL | 11095080 | |
| MEM非必需氨基酸 | Gibco-BRL | 11140050 | |
| 质粒构建 | 脂质体3000 | Invitrogen | L3000008 |
| Opti-MEM培养基 | Gibco-BRL | 31985-070 | |
| 基因编辑 | lentiCRISPRv2载体 | Addgene | #52961 |
| psPAX2包装质粒 | Addgene | #12260 | |
| pMD2.G包膜质粒 | Addgene | #12259 | |
| 聚凝胺 | Solarbio | H8761 | |
| 嘌呤霉素 | Gibco-BRL | A1113803 | |
| G418遗传霉素 | Sigma-Aldrich | A1720 | |
| pLVX-tight-puro载体 | Clontech | 632162 | |
| pLVX-rtTA-Advance载体 | Clontech | 632163 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 | |
| 牛血清白蛋白 | Beyotime | P0007 | |
| PVDF膜 | Roche Diagnostics | IPVH00010 | |
| Tris缓冲盐水 | Cell Signaling Technology | #9997 | |
| 吐温20 | Sigma | P1379 | |
| 免疫沉淀 | 蛋白G琼脂糖珠 | Life Technologies | 15920010 |
| 合胞体形成实验 | 4孔腔室玻片 | Thermo Scientific | 177399 |
| pX-330质粒 | Addgene | -- | |
| 免疫荧光 | 多西环素 | Sigma-Aldrich | D9891 |
| DAPI染料 | Roche Diagnostics | 10236276001 | |
| 流式细胞术 | FACSCelesta流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 病毒RNA提取 | High Pure病毒RNA提取试剂盒 | Roche | 11858882001 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596026CN |
| qRT-PCR | THUNDERBIRD探针一步法qRT-PCR试剂盒 | TOYOBO | QRZ-101 |
| Applied Biosystems 7500实时PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 病理分析 | Leica EG1160石蜡包埋机 | Leica | -- |
| Leica RM2255切片机 | Leica | -- | |
| 尼康Eclipse E100显微镜 | Nikon | -- | |
| ELISA | Spike S1-Fc蛋白 | Sino Biological | 40591-V02h |
| ACE2-Fc蛋白 | Sino Biological | 10108-H02H | |
| 人IgG-Fc蛋白 | Sino Biological | 10702-HNAH | |
| BTN3A2-L-His蛋白 | Sino Biological | 13515-H08H | |
| BioTek Synergy HT酶标仪 | BioTek | -- | |
| 生物层干涉 | Octet RED96分子相互作用仪 | ForteBio | -- |
| AR2G生物传感器 | ForteBio | 18-5095 | |
| BTN3A2-S-His蛋白 | Zoonbio Biotechnology | -- | |
| BTN3A1-His蛋白 | Sino Biological | 15973-H08H | |
| BTN3A3-His蛋白 | Sino Biological | 13432-H08H | |
| 动物实验 | AAV-EGFP病毒 | PackGene Biotech | -- |
| AAV-hACE2病毒 | PackGene Biotech | -- | |
| 异氟烷 | RWD Life Science | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系构建 | 细胞来源、培养条件、基因编辑方法(CRISPR/Cas9)、转染试剂和浓度、筛选药物(嘌呤霉素/G418)浓度。 阅读提示:Methods 部分中的 'Cell culture' 和 'Generation of genetically modified cell lines' |
| 病毒感染 | 病毒株(原型、BA.1、BA.2)、感染复数(MOI)、感染时间、细胞类型、病毒接种量。 阅读提示:Methods 部分中的 'Viral strains and cells' 和 'Animal models for SARS-CoV-2 infection' |
| 相互作用验证 | 蛋白表达系统、标签(His、Flag、Fc)、蛋白浓度、缓冲液条件、仪器设置。 阅读提示:Methods 部分中的 'Western blotting and immunoprecipitation' 和 'Biolayer interferometry assay' |
| ACE2表达检测 | 所用抗体(抗ACE2、抗BTN3A2)、稀释比例、检测方法(WB、流式、IHC)、定量方法。 阅读提示:Methods 部分中的 'Western blotting and immunoprecipitation'、'Flow cytometry' 和 'Pathological analysis' |
| 体内感染模型 | 小鼠品系、年龄、性别、AAV剂量和注射途径、SARS-CoV-2感染剂量和途径、感染时间、样本采集。 阅读提示:Methods 部分中的 'Animals and tissues' 和 'Animal models for SARS-CoV-2 infection' |