验证博来霉素对自噬活性的影响
确定博来霉素是否调节自噬过程及其影响环节。
在HT22、HUVEC和bEnd.3细胞中用博来霉素处理,检测LC3B水平、自噬底物积累和自噬通量。
ROS-mediated lysosomal membrane permeabilization and autophagy inhibition regulate bleomycin-induced cellular senescence.
包含体外细胞实验、体内小鼠模型及多层次机制验证,如LMP检测、自噬通量分析、功能干预实验。
HT22小鼠海马神经元细胞系 HUVEC人脐静脉内皮细胞 bEnd.3小鼠脑微血管内皮细胞 C57BL/6J小鼠肺纤维化模型
博来霉素处理浓度(0-20 μM)和时间(48小时) ROS清除剂NAC(1 mM)处理条件 自噬抑制剂bafilomycin A1(5 nM)和激活剂rapamycin(200 nM)处理条件 体内动物模型构建:气管内给予博来霉素(3.5 mg/ml,40 μl) ATG7基因敲除细胞系的构建方法
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定博来霉素是否调节自噬过程及其影响环节。
在HT22、HUVEC和bEnd.3细胞中用博来霉素处理,检测LC3B水平、自噬底物积累和自噬通量。
探究博来霉素是否通过损伤溶酶体导致自噬降解受阻。
在HT22细胞中分析LC3B与LAMP1共定位、溶酶体pH、LGALS3斑点形成及自噬体-溶酶体融合相关蛋白。
确定ROS是否是博来霉素诱导的溶酶体损伤和自噬缺陷的关键介质。
使用ROS清除剂NAC处理博来霉素处理的细胞,检测ROS水平、溶酶体pH、LGALS3斑点、LC3B积累和自噬通量。
确认博来霉素在多种细胞类型中诱导细胞衰老。
在HT22、HUVEC、bEnd.3、iPSC来源的多巴胺能祖细胞和小鼠AT2细胞中检测衰老标志物。
确定博来霉素诱导的LMP和自噬缺陷是否先于衰老发生。
在不同时间点检测HT22细胞中衰老标志物、LMP和自噬相关指标。
验证自噬活性变化是否调节博来霉素诱导的衰老。
使用药理学抑制剂(bafilomycin A1)和激活剂(rapamycin)以及ATG7敲除细胞,分析对衰老标志物的影响。
确定ROS是否通过影响溶酶体和自噬来调节衰老。
用NAC处理博来霉素处理的细胞,分析衰老表型变化。
评估博来霉素对肺和中枢神经系统的影响,并验证NAC或rapamycin的干预效果。
通过气管内给予博来霉素构建小鼠肺纤维化模型,通过导管给予博来霉素至脑脊液,分析组织病理、衰老、自噬和LMP标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | BasalMedia | L110KJ |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099141C | |
| 青霉素/链霉素 | Solarbio | P1400 | |
| 内皮细胞培养基 | ScienCell | 1001 | |
| 药物处理 | 博来霉素 | Selleck | S1214 |
| N-乙酰半胱氨酸 | Selleck | S1039 | |
| 雷帕霉素 | Selleck | S1039 | |
| 巴弗洛霉素A1 | Selleck | S1413 | |
| 免疫印迹 | 抗LC3B抗体 | Abcam | ab192890 |
| 抗ACTB抗体 | Cell Signaling Technology | 4970 | |
| 抗NCOA4抗体 | Abcam | ab86707 | |
| 抗FTH1抗体 | Abcam | ab75973 | |
| 抗SEC62抗体 | Abcam | ab140644 | |
| 抗BNIP3L抗体 | Abcam | ab109414 | |
| 抗LAMP1抗体 | Cell Signaling Technology | 99437 | |
| 抗CDKN1A抗体 | Abcam | ab109199 | |
| 抗CDKN2A抗体 | Abcam | ab51243 | |
| 抗γ-H2AX抗体 | Abcam | ab81299 | |
| 抗ATG7抗体 | Cell Signaling Technology | 8558 | |
| 抗FLAG抗体 | Cell Signaling Technology | 14793 | |
| 抗GFP抗体 | Cell Signaling Technology | 2956 | |
| 抗mCherry抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-119576 | |
| 细胞染色 | Hoechst染料 | Abcam | ab228551 |
| DAPI染料 | Thermo Fisher Scientific | 62248 | |
| 细胞转染 | 质粒GFP-VAMP8 | Addgene | 45919 |
| 质粒ptf-Galectin3 | Addgene | 64149 | |
| 质粒FLAG-SNAP29 | Addgene | 45915 | |
| pmCherry-C1载体 | Clontech | 632524 | |
| 细胞裂解 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | 5056489001 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Roche | 4906845001 | |
| 免疫印迹 | PVDF膜 | Millipore | ISEQ00010 |
| Tris缓冲盐溶液 | Cell Signaling Technology | 9999S | |
| HRP偶联二抗 | Proteintech | RGAR001 or RGAM002 | |
| Luminate Forte Western HRP底物 | Millipore | WBLUF0100 | |
| ChemiDoc Touch成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| SA-β-gal染色 | 衰老β-半乳糖苷酶染色试剂盒 | Beyotime | C0602 |
| RT-qPCR | 总RNA提取试剂盒 | Solarbio | R1200 |
| RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | K1622 | |
| UltraSYBR预混液 | Cwbio | CW0957M | |
| LightCycler 96实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| 基因敲除 | lentiCRISPR v2载体 | Addgene | 52961 |
| psPAX包装质粒 | Addgene | 12260 | |
| pCMV-VSV-G包膜质粒 | Addgene | 12259 | |
| 细胞培养 | 嘌呤霉素 | 文中未明确说明 | -- |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Beyotime | ST1722 |
| 牛血清白蛋白 | Beyotime | ST023 | |
| ProLong Gold抗淬灭封片剂 | Merck | F6057 | |
| 显微镜 | 共聚焦显微镜LSM900 | Zeiss | -- |
| Andor Dragonfly-200共聚焦显微镜 | Andor | -- | |
| 活细胞成像 | 玻璃底细胞培养皿 | Biosharp | BS-20-GJM |
| EdU实验 | Cell light EdU Apollo 567体外试剂盒 | Ribobio | C10310-1 |
| 免疫沉淀 | 蛋白酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | A32965 |
| 抗DYKDDDDK磁珠 | Thermo Fisher Scientific | A36797 | |
| SDS上样缓冲液 | Beyotime | P0015L | |
| 动物实验 | 吐温80 | Biosharp | BS118 |
| 核质分离 | 核质蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0027 |
| 统计分析 | Prism 7软件 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | HT22和bEnd.3培养于含10% FBS的DMEM,HUVEC培养于ECM;细胞系来源及传代代数 阅读提示:见Materials and methods - Cell culture and transfection |
| 药物处理 | 博来霉素浓度(0-20 μM)、NAC浓度(1 mM)、rapamycin浓度(200 nM)、bafilomycin A1浓度(5 nM)及处理时间(12-48小时) 阅读提示:见Figure 1-6及其图注,以及Materials and methods - Antibodies and chemicals |
| 自噬通量检测 | GFP-mCherry-LC3B质粒转染效率及处理方法;SEP-LAMP1-RFP质粒的使用 阅读提示:见Figure 1N-P和Figure 2E-F,以及Materials and methods - Plasmids |
| LMP检测 | mCherry-LGALS3转染及博来霉素处理条件,用于评估LGALS3斑点形成 阅读提示:见Figure 2G-H,以及Materials and methods - Plasmids和Immunofluorescence microscopy |
| 衰老检测 | SA-β-gal染色固定时间(10分钟)及染色时间(48小时);EdU浓度(20 μM)及孵育时间(4小时) 阅读提示:见Materials and methods - SA-GLB1 staining和EdU incorporation assay |
| 动物模型 | 小鼠品系(10周龄C57BL/6J雌性)、博来霉素剂量(3.5 mg/ml,40 μl,气管内)、rapamycin(2.5 mg/kg,腹腔注射)和NAC(25 mg/kg,灌胃)的处理时间及周期 阅读提示:见Materials and methods - Animal studies |