体内感染模型建立
评估TRIM7对小鼠感染L. monocytogenes后的生存率和细菌载量的影响。
采用野生型和TRIM7缺陷小鼠,静脉注射L. monocytogenes,监测生存率、血清IFNB水平、器官细菌载量和Ifnb mRNA表达。
TRIM7/RNF90 promotes autophagy via regulation of ATG7 ubiquitination during L. monocytogenes infection.
研究包含体内小鼠感染模型、多种细胞模型(BMDM、BMDC、MEF、HaCaT等)、分子机制验证(泛素化、相互作用、突变体)及体外实验等至少两个独立证据层级,且明确包含功能验证和机制验证。
单核细胞增生李斯特菌感染小鼠模型 骨髓来源巨噬细胞(BMDM) 骨髓来源树突状细胞(BMDC) HeLa细胞
基因型:野生型(WT)与trim7基因敲除(KO)小鼠或细胞 感染剂量:L. monocytogenes MOI=10(细胞),1.5×10^5 CFUs/只(小鼠静脉注射) 处理条件:饥饿(EBSS)、雷帕霉素(200 nM)、巴佛洛霉素A1(400 nM)处理时间 检测指标:LC3-II蛋白水平、LC3 puncta形成、ATG7泛素化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估TRIM7对小鼠感染L. monocytogenes后的生存率和细菌载量的影响。
采用野生型和TRIM7缺陷小鼠,静脉注射L. monocytogenes,监测生存率、血清IFNB水平、器官细菌载量和Ifnb mRNA表达。
验证TRIM7在多种细胞类型中对L. monocytogenes感染和先天免疫应答的影响。
使用TRIM7缺陷或敲低的不同细胞(BMDM、BMDC、MEF、HaCaT、PMA-THP1)感染L. monocytogenes,检测细菌载量(CFU)、细胞因子表达和信号通路磷酸化。
确认TRIM7与ATG7的结合及其在感染和自噬刺激下的增强。
通过免疫共沉淀、免疫荧光共定位和原位邻近连接实验(PLA)检测TRIM7-ATG7相互作用。
评估TRIM7对L. monocytogenes感染、饥饿或雷帕霉素诱导的自噬体积累的影响。
通过免疫印迹检测LC3-II水平、共聚焦显微镜检测LC3 puncta形成,并使用巴佛洛霉素A1阻断溶酶体降解。
验证TRIM7促进ATG7的K63连接泛素化并定位关键赖氨酸残基。
通过免疫沉淀泛素化实验、体外泛素化实验、K413R突变体等确定TRIM7催化ATG7 K413位点泛素化。
验证ATG7 K413泛素化对其促自噬功能及抑制胞内菌感染的必要性。
在TRIM7缺陷细胞中回补野生型或K413R突变体ATG7,检测自噬水平及L. monocytogenes感染情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Sigma-Aldrich | D6429 |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | C22400500BT | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099-141 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668-019 |
| 细胞处理 | 佛波酯 | Beyotime Biotechnology | S1819 |
| 雷帕霉素 | Beyotime Biotechnology | S1842 | |
| 巴佛洛霉素A1 | Cayman Chemical | 11038 | |
| 免疫印迹/免疫共沉淀 | 抗Flag抗体 | Sigma-Aldrich | 3165 |
| 抗HA抗体 | Biolend | 901515 | |
| 抗Myc抗体 | Proteintech | 66004-1-Ig | |
| 抗TRIM7/RNF90抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-109107 | |
| 抗TRIM7抗体 | Abcam | ab170538 | |
| 抗ATG7抗体 | Cell Signaling Technology | 8588 | |
| 免疫印迹 | 抗磷酸化TBK1抗体 | Cell Signaling Technology | 5483 |
| 抗TBK1抗体 | Flarbio | CSB-PA024154LA01HU | |
| 抗磷酸化IRF3抗体 | Cell Signaling Technology | 4947 | |
| 抗IRF3抗体 | Proteintech | 11312-1-AP | |
| 抗磷酸化RELA/p65抗体 | Cell Signaling Technology | 3033 | |
| 抗RELA/p65抗体 | Proteintech | 10745-1-AP | |
| 免疫印迹/免疫共沉淀 | 抗泛素抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8017 |
| 免疫印迹 | 抗K63连接泛素抗体 | Millipore | 05-1313 |
| 抗LC3抗体 | Proteintech | 14600-1-AP | |
| 抗LC3抗体 | MBL | PM036 | |
| 抗ATG3抗体 | Cell Signaling Technology | 3415 | |
| 抗ATG5抗体 | Cell Signaling Technology | 12994 | |
| 抗ATG16L1抗体 | Cell Signaling Technology | 8089 | |
| 免疫荧光 | 抗李斯特菌抗体 | Abcam | ab35132 |
| 免疫印迹 | 抗β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 60008-1 |
| 蛋白质提取 | NP-40裂解液 | Solarbio | N8030 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 04693132001 | |
| 免疫沉淀 | 蛋白A/G Plus琼脂糖珠 | Santa Cruz Biotechnology | sc-2003 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| RT-qPCR | SYBR Green qPCR预混液 | Vazyme | Q711-02 |
| 7500 Fast实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| ELISA | IFNB ELISA试剂盒 | Proteintech | KE00044 |
| RNA干扰 | Silencer Select阴性对照siRNA | Invitrogen | 4390843 |
| 细菌培养 | 脑心浸液肉汤 | OXOID | CM1135 |
| 细菌感染 | 庆大霉素 | Sigma-Aldrich | 1045-41-0 |
| 细胞裂解 | Triton X-100 | Sigma-Aldrich | 9036-19-5 |
| 体外泛素化 | TNT快速偶联转录/翻译系统试剂盒 | Promega | L1171 |
| 泛素化试剂盒 | Enzo Life Science | BML-UW9920 | |
| 免疫荧光 | DAPI染色液 | Solarbio | C0065 |
| 鬼笔环肽偶联物 | ThermoFisher | A22287 | |
| 尼康A1R共聚焦显微镜 | Nikon | -- | |
| PLA | Thermanox塑料盖玻片 | NUNC | 174950 |
| Duolink原位检测试剂(红色) | Sigma-Aldrich | DUO92008 | |
| PLA探针 | Sigma-Aldrich | DUO92001 | |
| PLA探针 | Sigma-Aldrich | DUO92005 | |
| 洗涤缓冲液 | Sigma-Aldrich | DUO82049 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠感染模型 | 小鼠基因型(WT vs KO)、感染剂量(1.5×10^5 CFUs/鼠)、感染途径(静脉注射)、监测时间(生存率15天,器官载量3天)。 阅读提示:Materials and methods: Mice; L. monocytogenes infections; Figure 1 legends |
| 细胞培养与感染 | 细胞类型(BMDM、BMDC、MEF、HaCaT、PMA-THP1)、感染MOI(10)、感染时间(CFU检测6h,mRNA检测8h)、庆大霉素浓度(100 μg/ml)处理时间。 阅读提示:Materials and methods: Cell culture; L. monocytogenes infections; Figure 2 legends |
| 自噬检测 | LC3-II检测方法(免疫印迹)、LC3 puncta统计(共聚焦显微镜)、是否使用Baf A1(400 nM)或CQ(100 μM)、处理时间(Baf A1 4h)。 阅读提示:Materials and methods: Immunoblot; Confocal microscopy; Figures 4 and 5 legends |
| 蛋白互作与泛素化 | 转染质粒(Flag-TRIM7、HA-ATG7)、裂解缓冲液成分、IP抗体、体外泛素化试剂盒、ATG7突变体(K413R等)。 阅读提示:Materials and methods: cDNA constructs; Immunoprecipitation; In vitro ubiquitination; Figures 3 and 7 legends |
| RNA干扰 | siRNA序列(R3)及转染浓度、转染时间(24h)、阴性对照siRNA来源。 阅读提示:Materials and methods: RNA interference; Figure S2 legends |