组织样本中IL13RA2表达分析
验证IL13RA2在IH组织中的表达是否异常。
使用western blot、qRT-PCR和免疫荧光检测4例增殖期和4例消退期IH组织及正常包皮组织中IL13RA2的表达,并与GSE43742数据集中的HemECs和HDMVECs进行比较。
IL13RA2 promotes progression of infantile haemangioma by activating glycolysis and the Wnt/β-catenin signaling pathway.
文献包含组织样本分析、细胞功能实验(增殖、凋亡、迁移、侵袭、管形成)、代谢检测(糖酵解)以及机制验证(Co-IP、通路抑制),涉及多层级实验。
血管瘤来源内皮细胞(HemECs) HEK293细胞 婴幼儿血管瘤组织标本
IL13RA2在IH组织中的表达上调(western blot、qRT-PCR、免疫荧光) IL13RA2敲低或过表达对HemECs增殖、凋亡、迁移、侵袭及管形成的影响 IL13RA2对糖酵解的影响(ECAR、OCR、ATP、乳酸、葡萄糖消耗及糖酵解相关蛋白) IL13RA2与β-catenin的相互作用(Co-IP)及Wnt/β-catenin通路激活 使用2-DG和XAV-939进行回补实验验证通路依赖性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证IL13RA2在IH组织中的表达是否异常。
使用western blot、qRT-PCR和免疫荧光检测4例增殖期和4例消退期IH组织及正常包皮组织中IL13RA2的表达,并与GSE43742数据集中的HemECs和HDMVECs进行比较。
建立IL13RA2敲低和过表达的HemECs模型,以研究其功能。
从4例增殖期IH组织分离HemECs,使用shRNA敲低IL13RA2,使用pcDNA3.1-IL13RA2过表达,并通过western blot验证。
评估IL13RA2对HemECs增殖和凋亡的影响。
通过CCK-8、集落形成和流式细胞术检测细胞活力和凋亡,并用western blot检测凋亡相关蛋白(Bcl-2、Bax、caspase-3、caspase-9)。
评估IL13RA2对HemECs迁移、侵袭和血管形成能力的影响。
通过伤口愈合、Transwell(有或无Matrigel)和管形成实验检测细胞迁移、侵袭和管形成能力,并用western blot检测EMT相关蛋白(E-cadherin、N-cadherin、Snail)。
验证IL13RA2是否激活HemECs的糖酵解。
通过Seahorse分析ECAR和OCR,检测ATP、乳酸和葡萄糖消耗,并用western blot检测糖酵解相关蛋白(GLUT1、HK2、LDHA、PDK1)。使用2-DG处理进行回补实验。
探究IL13RA2是否通过Wnt/β-catenin通路发挥作用。
使用Co-IP检测IL13RA2与β-catenin的相互作用,western blot和免疫荧光检测β-catenin的核转位,检测下游靶基因(c-Myc、cyclin D1)的表达,并使用XAV-939处理进行回补实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞分离 | I型胶原酶 | -- | -- |
| 抗CD31包被磁珠 | Miltenyi Biotec | -- | |
| 细胞培养 | 内皮细胞生长培养基-2 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 纤连蛋白 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 细胞处理 | 2-脱氧-D-葡萄糖 | -- | -- |
| XAV-939 | -- | -- | |
| RNA提取与qRT-PCR | RNA-easy总RNA提取试剂 | Vazyme | R701-01 |
| HiScript III逆转录酶 | Vazyme | R302-01 | |
| ChamQ SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q311-02 | |
| qRT-PCR | CFX96 PCR仪 | Bio-Rad | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8细胞计数试剂盒 | Solarbio | CA1210 |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1062M |
| 流式细胞仪 | BD Bioscience | -- | |
| 侵袭实验 | 基质胶 | BD Biosciences | -- |
| 代谢检测 | ATP检测试剂盒 | Solarbio | BC0305 |
| 葡萄糖检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | MAK083-1KT | |
| 乳酸检测试剂盒 | Abcam | ab65331 | |
| 酶标仪 | Bio-Rad | -- | |
| Seahorse XF24分析仪 | Seahorse | -- | |
| Seahorse XF细胞线粒体压力测试试剂盒 | Agilent Technologies | -- | |
| Seahorse XF糖酵解压力测试试剂盒 | Agilent Technologies | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 核浆蛋白提取试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| ECL化学发光检测试剂盒 | Solarbio | -- | |
| 免疫荧光 | DAPI染色液 | Santa Cruz Biotechnology | -- |
| 荧光显微镜 | -- | -- | |
| Co-IP | 蛋白A/G琼脂糖珠 | -- | -- |
| 抗FLAG抗体 | Sigma-Aldrich | F7425 | |
| 抗HA抗体 | Abcam | ab1424 | |
| 细胞模型 | HEK293细胞 | Pricella | -- |
| Co-IP | IL13RA2(Flag标签)表达载体 | Syngentech | -- |
| β-catenin(HA标签)表达载体 | Syngentech | -- | |
| 细胞转染 | pcDNA3.1-IL13RA2过表达载体 | GenePharma | -- |
| IL13RA2短发夹RNA | GenePharma | -- | |
| 抗体 | IL13RA2抗体(免疫荧光) | Proteintech | 11059-1-AP |
| α-SMA抗体 | Cell Signaling Technology | #19245 | |
| CD31抗体 | Cell Signaling Technology | #3528 | |
| vWF抗体 | Abcam | ab6994 | |
| β-catenin抗体(免疫荧光) | Cell Signaling Technology | 8480 | |
| 荧光二抗 | Abcam | ab150077 | |
| Bcl-2抗体 | Abcam | ab32124 | |
| Bax抗体 | Cell Signaling Technology | #5023 | |
| Caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | #9662 | |
| Cleaved caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | #9661 | |
| Caspase-9抗体 | Cell Signaling Technology | #9502 | |
| Cleaved caspase-9抗体 | Cell Signaling Technology | #7237 | |
| E-cadherin抗体 | Cell Signaling Technology | #3195 | |
| N-cadherin抗体 | Proteintech | 22018-1-AP | |
| Snail抗体 | Cell Signaling Technology | #3879 | |
| GLUT1抗体 | Elabscience | E-AB-31556 | |
| HK2抗体 | Elabscience | E-AB-14706 | |
| LDHA抗体 | Elabscience | E-AB-70210 | |
| PDK1抗体 | Abcam | ab202468 | |
| β-catenin抗体(免疫印迹) | Cell Signaling Technology | #8480 | |
| c-Myc抗体 | Proteintech | 10828-1-AP | |
| Cyclin D1抗体 | Abcam | ab16663 | |
| Histone H3抗体 | Abcam | ab1791 | |
| β-actin抗体 | Proteintech | 20536-1-AP | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Abcam | ab6721 | |
| Co-IP | IL13RA2抗体(免疫共沉淀) | Cell Signaling Technology | #85677 |
| β-catenin抗体(免疫共沉淀) | Cell Signaling Technology | #8480 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组织收集 | 样本类型及数量:4例增殖期、4例消退期IH组织,4例正常包皮组织;伦理审批号 阅读提示:Materials and Methods: Tissue specimens |
| 细胞培养 | HemECs分离方法:0.2%胶原酶I消化,抗CD31磁珠分选;培养基:ECGM-2+20%FBS,纤连蛋白包被,37°C、5% CO2 阅读提示:Materials and Methods: Isolation of endothelial cells |
| 基因操作 | 转染/感染条件:shRNA序列、pcDNA3.1-IL13RA2质粒、转染试剂浓度、polybrene浓度、嘌呤霉素筛选浓度及时间 阅读提示:Materials and Methods: Cell transfection and treatment |
| 细胞功能实验 | 细胞接种密度、检测时间点(CCK-8: 24/48/72h;集落形成:2周;伤口愈合:24h;Transwell:24h;管形成:12h) 阅读提示:Materials and Methods: Cell viability, Colony formation assay, Wound-healing assay, Transwell assay, Tubules formation assay |
| 代谢检测 | Seahorse试剂盒类型、ATP/乳酸/葡萄糖检测试剂盒货号 阅读提示:Materials and Methods: ATP, glucose, and lactate measurements; Seahorse extracellular flux assay |
| 通路抑制实验 | 2-DG浓度(5 mM)和XAV-939浓度(10 μM),处理时间(24h) 阅读提示:Materials and Methods: Cell transfection and treatment; Results: 相应部分 |
| 蛋白检测 | 抗体稀释比、蛋白提取方法(RIPA、核浆分离)、内参选择 阅读提示:Materials and Methods: Western blot; Immunofluorescence |
| 统计学方法 | 统计检验方法:单因素方差分析+Tukey事后检验;显著性水平:p<0.05 阅读提示:Materials and Methods: Statistical analysis |