体外Bin1敲低模型建立
确定在培养海马神经元中敲低Bin1的效率及对树突形态的影响。
使用慢病毒表达shRNA敲低小鼠Bin1,在DIV5转导,DIV11进行蛋白检测和形态学分析。
BIN1 deficiency enhances ULK3-dependent autophagic flux and reduces dendritic size in mouse hippocampal neurons.
包含体外原代神经元、体内AAV敲低、MRI体积分析、Barnes迷宫行为学、自噬抑制剂和ULK3干预等至少两个独立证据层级,并包含功能验证和机制验证。
原代培养小鼠海马神经元 小鼠海马CA1兴奋性神经元 小鼠海马CA1区域AAV介导的Bin1敲低模型 Neuro-2A细胞
神经元培养天数:DIV5转导慢病毒,DIV11分析 AAV注射位点:CA1区域,坐标前后2.5mm,旁开1.0mm,深度1.9mm,注射体积0.5μl Barnes迷宫:训练5天,每天一次,测试在训练后3天进行 氯喹浓度:细胞实验40μM处理24小时;体内20mg/kg腹腔注射连续4天 SU6668浓度:细胞实验5μM每日一次连续6天;体内100mg/kg饮水给药5周
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定在培养海马神经元中敲低Bin1的效率及对树突形态的影响。
使用慢病毒表达shRNA敲低小鼠Bin1,在DIV5转导,DIV11进行蛋白检测和形态学分析。
评估Bin1敲低对树突乔木大小和复杂性的影响。
通过MAP2免疫荧光染色和神经元重建,进行Sholl分析和分支阶数分析。
检测Bin1敲低是否导致自噬流改变。
使用BafA1、Leupeptin和氯喹处理,通过Western blot检测LC3-II、BECN1、SQSTM1水平,并使用GFP-LC3-RFP-LC3ΔG探针监测自噬通量。
验证Bin1敲低在体内对树突、体积和认知功能的影响。
通过立体定位注射AAV-shBin1至小鼠双侧海马CA1区域,2.5个月后进行MRI、高尔基染色和Barnes迷宫测试。
评估Bin1敲低是否导致CA1区域体积损失及神经元丢失。
使用7T MRI测量CA1体积,并使用NeuN染色计数神经元。
评估Bin1敲低对空间学习记忆的影响。
进行Barnes迷宫测试,包括连续5天训练和3天后的探针测试。
探究Bin1敲低导致自噬激活的分子机制。
检测ULK3表达、TFEB核转位、AKT磷酸化,并使用siRNA敲低ULK1/ULK3或使用SU6668抑制ULK3活性。
验证ULK3在Bin1敲低效应中的关键作用。
通过AAV-shUlk3敲低ULK3或使用SU6668处理,评估对CA1体积和认知功能的恢复。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Scientific | C11995500BT |
| Neurobasal-A培养基 | Thermo Scientific | 10888022 | |
| B-27添加剂 | Thermo Scientific | 17504044 | |
| L-谷氨酰胺 | Thermo Scientific | 35050061 | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Scientific | 15140122 | |
| 多聚D-赖氨酸 | Merck | P6407 | |
| 脱氧核糖核酸酶 | Merck | D4513 | |
| 木瓜蛋白酶 | Sangon Biotech | 9001-73-4 | |
| Falcon 40微米细胞过滤器 | Corning | 352340 | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000075 | |
| 药物处理 | 亮肽素 | Beyotime Biotechnology | SG2012 |
| SC79 | Beyotime Biotechnology | SF2730 | |
| 巴弗洛霉素A1 | Sangon Biotech | A601116 | |
| 氯喹 | Beijing Vokai Biotechnology | A31639 | |
| 氯喹 | Macklin | C843545 | |
| SU6668 | Macklin | N872395 | |
| SU6668 | Beyotime Biotechnology | SF5301 | |
| SU6668 | Yuanye Bio-Technology | S96560 | |
| 蛋白质检测 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Beyotime | st506 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Roche | 04906837001 | |
| 增强型BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0010S | |
| SDS-PAGE上样缓冲液5X | Beyotime | P0015 | |
| Immobilon-PSQ PVDF膜 | Merck | ISEQ08100 | |
| Tris缓冲盐溶液 | Sangon Biotech | A510025-0001 | |
| 吐温20 | Sangon Biotech | A600560 | |
| 分子生物学 | RNAiso Plus总RNA提取试剂 | Takara Bio | 9109 |
| 4× EZscript反转录预混液II | EZBioscience | EZB-RT2GQ | |
| 2× SYBR Green实时定量PCR预混液 | EZBioscience | A0001-R1 | |
| 组织学 | 蔗糖 | -- | -- |
| 磷酸盐缓冲液 | Sangon Biotech | E607008 | |
| OCT包埋剂 | Sakura Finetek | 4583 | |
| Triton X-100 | Sangon Biotech | A600198 | |
| 牛血清白蛋白 | Sangon Biotech | A600332 | |
| FD快速高尔基染色试剂盒 | FD NeuroTechnologies | PK401 | |
| 免疫荧光 | 抗MAP2抗体 | Sigma-Aldrich | M9942 |
| 抗RBFOX3/NeuN抗体 | abcam | ab177487 | |
| Western blot | 抗BIN1抗体 | Proteintech | 14647-1-AP |
| 抗TFEB抗体 | Proteintech | 13372-1-AP | |
| 抗ACTB抗体 | Proteintech | HRP-60008 | |
| 抗LC3抗体 | Proteintech | 14600-1-AP | |
| 抗MTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 2983 | |
| 抗磷酸化RPS6KB1抗体 | Cell Signaling Technology | 9234 | |
| 抗RPS6KB1抗体 | Cell Signaling Technology | 9202 | |
| 抗MAP2抗体 | Proteintech | 17490-1-AP | |
| 抗ULK3抗体 | ImmunoWay Biotechnology | YT4820 | |
| 抗ULK1抗体 | Affinity | Ab-DF7588 | |
| 抗磷酸化ULK1 (Ser317)抗体 | Affinity | Ab-AF2301 | |
| 抗磷酸化ULK1 (Ser757)抗体 | Affinity | Ab-AF4387 | |
| 抗AKT抗体 | Proteintech | 10176-2-AP | |
| 抗磷酸化AKT (S473)抗体 | Proteintech | 66444-1-lg | |
| 抗H3抗体 | ABclonal | A2348 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Proteintech | SA00001-1 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Proteintech | SA00001-2 | |
| 免疫荧光 | CoraLite488标记的山羊抗小鼠IgG | Proteintech | SA00013-1 |
| CoraLite488标记的山羊抗兔IgG | Proteintech | SA00013-2 | |
| 罗丹明(TRITC)标记的山羊抗小鼠IgG | Proteintech | SA00007-1 | |
| 罗丹明(TRITC)标记的山羊抗兔IgG | Proteintech | SA00007-2 | |
| Alexa Fluor Plus 405标记的山羊抗兔IgG | Invitrogen | A48254 | |
| ROS检测 | 基于DCFHDA的活性氧检测试剂盒 | Beyotime | S0033S |
| 细胞培养 | Neuro-2A细胞系 | -- | -- |
| HT22细胞系 | Wuhan Pricella Biotechnology | CL-0697 | |
| 动物实验 | Hamilton 33G注射针 | -- | -- |
| 影像学 | 7特斯拉BioSpin MRI GmbH光谱仪 | Bruker | -- |
| ImageJ | -- | -- | |
| 显微镜 | DM4000 B荧光显微镜 | Leica Biosystems | -- |
| LSM 710激光共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| CM1950冷冻切片机 | Leica Biosystems | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 原代神经元培养与敲低 | 神经元来源(新生小鼠P0或E16-18)、培养天数(DIV5转导)、慢病毒滴度、敲低效率(Western blot验证) 阅读提示:Methods: Culture of primary hippocampal neurons, Lentivirus transduction |
| 树突形态分析 | 固定方法、MAP2染色条件、重建方法、Sholl分析参数(间隔10μm) 阅读提示:Methods: Immunofluorescence, Image analysis |
| 自噬流检测 | BafA1浓度(50nM)、处理时间(4小时)、氯喹浓度(40μM)及处理时间(4或24小时)、LC3-II检测方法 阅读提示:Methods: Reagents and antibodies, Results Figure 2 legend |
| 体内AAV注射 | 小鼠品系和年龄(8周龄C57BL/6J)、AAV血清型(9)、注射坐标(前后2.5mm、旁开1.0mm、深度1.9mm)、注射体积(0.5μl)、注射后时间(8-10周) 阅读提示:Methods: Stereotaxic intracranial injection |
| 行为学测试 | Barnes迷宫训练天数(5天)、每天训练次数(1次)、探针测试在训练后3天进行、测试时间(300秒) 阅读提示:Methods: Behavioral tests, Barnes maze |
| 体内给药 | SU6668剂量(100mg/kg)、给药途径(饮水)、给药时长(5周)、氯喹剂量(20mg/kg)、给药途径(腹腔注射)、给药时长(4天) 阅读提示:Methods: Mouse maintenance, drug administration |