临床样本m6A水平检测
评估LUAD组织中整体m6A水平及METTL3表达变化
对15对LUAD及癌旁组织进行m6A定量分析,对6对样本进行m6A表观转录组芯片分析。
N6-methyladenosine-modified SRPK1 promotes aerobic glycolysis of lung adenocarcinoma via PKM splicing.
包含临床组织样本分析、细胞功能实验、体内异种移植模型、转录组芯片与代谢物定量等多层级验证,并有机制与功能验证。
LUAD细胞系(A549、H1299) BALB/c裸鼠异种移植模型 临床LUAD组织样本
METTL3敲低或过表达后SRPK1 mRNA和蛋白水平变化 METTL3调控SRPK1 m6A修饰及IGF2BP2依赖的RNA稳定性 SRPK1与hnRNPA1相互作用对PKM1/PKM2剪接的影响 STM2457(50 mg/kg/day)腹腔注射对SRPK1过表达肿瘤生长的抑制效果 糖酵解指标(ECAR、葡萄糖摄取、乳酸生成)的检测条件
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估LUAD组织中整体m6A水平及METTL3表达变化
对15对LUAD及癌旁组织进行m6A定量分析,对6对样本进行m6A表观转录组芯片分析。
验证METTL3对LUAD细胞增殖和肿瘤生长的影响
在A549和H1299细胞中敲低或过表达METTL3,检测m6A水平、细胞增殖(CCK-8、EdU)和异种移植瘤生长。
鉴定METTL3在LUAD中的关键m6A靶基因
通过m6A芯片、TCGA数据库和初步文献筛选候选基因,用MeRIP和RIP验证SRPK1为METTL3的直接靶点。
确定SRPK1 3'UTR上METTL3的特异性m6A修饰位点
利用SRAMP数据库预测潜在位点,构建野生型和突变型双荧光素酶报告基因,检测荧光素酶活性。
验证METTL3通过IGF2BP2依赖方式稳定SRPK1 mRNA并上调其表达
检测METTL3敲低/过表达对SRPK1表达的影响,筛选m6A reader,RIP验证IGF2BP2结合,RNA稳定性实验和分析SRPK1蛋白水平。
验证SRPK1对LUAD细胞增殖和糖酵解的影响
敲低或过表达SRPK1,检测细胞增殖、ECAR、葡萄糖摄取和乳酸生成,以及PKM1/PKM2表达。
揭示SRPK1促进糖酵解的分子机制
通过IP结合质谱鉴定SRPK1相互作用蛋白,co-IP验证与hnRNPA1的结合,并检测下游PKM1/PKM2表达变化。
验证STM2457在体外和体内对SRPK1介导的效应的抑制作用
在SRPK1过表达细胞中处理STM2457或DMSO,检测SRPK1表达、增殖和糖酵解;在异种移植模型中评估STM2457对肿瘤生长的影响。
验证METTL3-SRPK1-hnRNPA1-PKM2轴在LUAD组织中的临床相关性
对20对LUAD和癌旁组织进行Western blot,并进行Pearson相关分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Procell | -- |
| DMEM培养基 | Procell | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 稳定细胞系构建 | 嘌呤霉素 | Sigma-Aldrich | -- |
| Western blot | 抗METTL3抗体 | Abcam | ab195352 |
| 抗SRPK1抗体 | Santa Cruz | sc-100443 | |
| 抗IGF2BP2抗体 | Proteintech | 11601-1-AP | |
| 抗PKM1抗体 | Proteintech | 19987-1-AP | |
| 抗PKM2抗体 | Proteintech | 15822-1-AP | |
| 抗PCNA抗体 | Proteintech | 60097-1-Ig | |
| DYKDDDDK标签抗体 | Proteintech | 66008-4-Ig | |
| 抗PKM抗体 | Proteintech | 25659-1-AP | |
| 抗HK1抗体 | Proteintech | 19662-1-AP | |
| 抗HK2抗体 | Proteintech | 22029-1-AP | |
| 抗LDHA抗体 | Proteintech | 19987-1-AP | |
| 抗PFKFB3抗体 | Proteintech | 13763-1-AP | |
| 抗hnRNPA1抗体 | Proteintech | 15821-1-AP | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Cowin Bio | CW0096M | |
| 山羊抗小鼠IgG(HRP标记) | Cowin Bio | CW0102 | |
| 山羊抗兔IgG(HRP标记) | Cowin Bio | CW0103 | |
| 电化学发光试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| ChemiDoc XRS+成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| ImageJ软件 | National Institutes of Health | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Boster | -- |
| EdU检测试剂盒 | Ribobio | C10310-1 | |
| 细胞侵袭 | Matrigel基质胶 | Corning | -- |
| m6A定量 | EpiQuik m6A RNA甲基化定量试剂盒 | Epigentek | P-9005 |
| m6A芯片分析 | Arraystar人类mRNA和lncRNA表观转录组芯片 | Arraystar | -- |
| m6A芯片扫描 | Agilent G2505C扫描仪 | Agilent | -- |
| m6A芯片分析 | Agilent Feature Extraction软件 | Agilent | -- |
| RIP | Magna RIP™ RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Merck Millipore | 17-700 |
| MeRIP | Magna MeRIP™ m6A试剂盒 | Merck Millipore | 17-10499 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 免疫荧光 | 共聚焦显微镜 | ZEISS | -- |
| 双荧光素酶实验 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Promega | -- |
| 代谢物定量 | AB Sciex QTRAP® 6500 LC-MS/MS平台 | AB Sciex | -- |
| ECAR检测 | 海马糖酵解压力测试试剂盒 | Agilent Technologies | 103017 |
| 海马XFp分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| SeaHorse Wave软件 | Agilent Technologies | -- | |
| 葡萄糖摄取 | 葡萄糖检测试剂盒 | Solarbio Science & Technology | BC2500 |
| 乳酸生成 | 乳酸检测试剂盒 | Solarbio Science & Technology | BC2230 |
| 体内实验 | STM2457 | Selleck | S9870 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组织样本收集 | 临床样本的纳入排除标准、样本保存方法(RNA稳定液,-80℃) 阅读提示:Methods: Tissue samples |
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基(RPMI-1640或DMEM)、FBS浓度、青霉素/链霉素浓度、培养条件 阅读提示:Methods: Cell lines and cell culture |
| 转染 | siRNA序列、转染试剂(Lipofectamine 2000)、转染时间(72小时收获) 阅读提示:Methods: Transient transfection, Table S2 |
| 稳定细胞系建立 | 慢病毒来源、感染条件、筛选浓度(1 µg/ml puromycin) 阅读提示:Methods: Establishment of stable cell lines |
| Western blot | 抗体信息(品牌、货号)、二抗信息、显影试剂、成像系统 阅读提示:Methods: Western blotting |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒(Boster)、EdU试剂盒(Ribobio, C10310-1) 阅读提示:Methods: CCK-8 assay, EdU assay |
| m6A定量 | m6A定量试剂盒(Epigentek, #P-9005)、检测波长450nm 阅读提示:Methods: M6A RNA methylation quantification |
| MeRIP | MeRIP试剂盒(Merck Millipore, 17-10499)、qRT-PCR引物 阅读提示:Methods: M6A RIP (MeRIP), Table S4 |
| RNA稳定性 | 放线菌素D浓度(5 μg/ml)、处理时间点 阅读提示:Methods: RNA stability |
| 荧光素酶实验 | 报告质粒(psiCHECK2)、共转染量(500 ng reporter, 0.5 μg plasmid)、检测时间(24小时) 阅读提示:Methods: Luciferase assay |
| ECAR | 细胞接种密度(10,000 cells/well)、Seahorse试剂盒(103017)、葡萄糖(10 mM)、寡霉素(1 μM)、2-DG(50 mM) 阅读提示:Methods: Extracellular acidification rate (ECAR) |
| 葡萄糖摄取和乳酸生成 | 细胞密度(5×10^6/ml)、试剂盒(葡萄糖BC2500,乳酸BC2230)、检测波长(505nm, 570nm) 阅读提示:Methods: Glucose uptake and lactate generation analysis |
| 免疫共沉淀 | 抗体(SRPK1、hnRNPA1、Flag)、细胞裂解条件、SDS-PAGE及Western blot 阅读提示:Methods: Co-immunoprecipitation |
| 异种移植模型 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠)、周龄(4-6周)、性别(雌性)、体重(16-20g)、细胞接种量(100 μl含5×10^6细胞)、STM2457剂量(50 mg/kg/day)及给药途径(腹腔注射) 阅读提示:Methods: In vivo xenograft model |