生物信息学分析与预后模型构建
筛选与LIHC预后相关的HDAC基因并构建风险评分模型。
从TCGA数据库获取374例LIHC和50例正常样本的表达及临床数据，通过差异表达分析、单因素Cox回归和LASSO回归筛选出6个基因，构建风险评分模型，并在ICGC数据库中验证。
关于丁香通
公司信息
个人用户
企业机构
无忧采购 轻松科研
- 移动端
HDACs在肝细胞癌中的预后意义和生物学功能的综合分析
Comprehensive Analysis of the Prognostic Implications and Biological Function of HDACs in Liver Hepatocellular Carcinoma.
实验完整度
高包含生物信息学分析、临床样本验证、体外细胞功能实验、体内小鼠移植瘤实验及机制研究，涉及多层级验证。
主要模型
Bel7402细胞系 Huh-7细胞系 Hepa1-6细胞系 C57BL/6J小鼠皮下移植瘤模型
重点核对
CKD-581浓度（1 µM和10 µM）处理LIHC细胞系 C57BL/6J小鼠皮下注射Hepa1-6细胞（1.75×10^6 cells） CKD-581给药剂量（30 mg/kg，腹腔注射，每周一次） 细胞增殖检测时间点（2、4、8、72小时） mRNA和蛋白表达检测时间（24小时）
摘要
背景：组蛋白去乙酰化酶（HDACs）基因家族在肝细胞癌（LIHC）中的预后意义和生物学功能尚未得到充分研究。方法：使用Kaplan-Meier和Cox回归分析，本研究确定了HDAC基因是否与LIHC的预后相关。利用HDAC基因和最小绝对收缩和选择算子（LASSO）构建了一个回归模型来预测LIHC风险。一种内源性HDACs的选择性抑制剂CKD-581在体外和体内被研究，以确定其对LIHC细胞系发育、侵袭、迁移和增殖的影响。结果：六个HDACs被确定与LIHC的预后相关。根据生存研究，高风险评分个体的总生存期（OS）短于低风险评分个体。低风险个体的自然杀伤细胞浸润更高，这主要由II型干扰素（IFN）反应解释。限制内源性HDACs的活性通过阻止其迁移、侵袭和增殖导致LIHC细胞死亡。体内研究证实，阻断HDAC表达抑制了小鼠肿瘤生长。进一步的机制研究表明，抑制HDACs表达升高P21和P27的蛋白水平，并降低细胞周期蛋白A2、B1、D1和E1的水平。结论：基于HDAC基因的风险评分预后模型可能为LIHC提供有价值的预后生物标志物。CKD-581通过抑制细胞周期信号通路阻止LIHC进展。CKD-581有望成为LIHC临床治疗的治疗药物。
实验结论
提炼研究问题、关键发现与证据，快速把握文章的核心贡献。
- 研究问题
- HDAC基因家族在LIHC中的预后意义及其抑制后的生物学功能与分子机制是什么？
- 核心机制
- CKD-581通过抑制HDAC活性上调P21和P27，下调细胞周期蛋白A2、B1、D1和E1，导致细胞周期阻滞，从而抑制LIHC细胞增殖并促进凋亡。
- 主要证据
- 基于TCGA和ICGC数据构建并验证了6个HDAC基因的风险预后模型；临床样本验证了HDAC1等表达；体外实验表明CKD-581抑制增殖、迁移、侵袭并诱导凋亡；体内实验显示CKD-581显著减小肿瘤体积。
- 研究意义
- 基于HDAC基因的风险评分模型可作为LIHC的预后生物标志物，CKD-581有望成为LIHC治疗的治疗药物。
研究路径
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
临床样本验证
验证预后模型基因在LIHC组织中的表达及预后价值。
使用免疫组化（IHC）和RT-qPCR检测六种HDAC在LIHC组织和癌旁组织中的表达，并分析HDAC1表达与OS及临床特征的相关性。
体外细胞功能实验
评估CKD-581对LIHC细胞增殖、迁移、侵袭、克隆形成和凋亡的影响。
使用Bel7402、Huh-7和Hepa1-6细胞，经CKD-581处理后进行CCK-8增殖实验、Transwell迁移和侵袭实验、平板克隆形成实验及流式细胞术凋亡检测。
体内动物实验
评估CKD-581在体内对LIHC肿瘤生长的抑制作用及安全性。
将Hepa1-6细胞皮下注射到C57BL/6J小鼠右前肢，待肿瘤体积达50 mm³后分组，治疗组腹腔注射CKD-581（30 mg/kg）每周一次，共两周，测量肿瘤体积、体重、血清ALT和AST水平。
机制研究
探究CKD-581抑制LIHC细胞生长的分子机制。
通过RT-qPCR和免疫印迹检测CKD-581处理后细胞周期相关基因（P21、P27、细胞周期蛋白A2、B1、D1、E1）的mRNA和蛋白表达变化。
研究方法
按研究目的归类文中使用的方法，便于定位所需技术。
产品清单
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | CKD-581 | MCE | -- |
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | -- | -- |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | APExBIO | -- |
| Transwell实验 | 24孔Transwell板 | BIOLIF | -- |
| 细胞侵袭实验 | 基质胶 | Corning | -- |
| 凋亡检测 | 膜联蛋白V-PE | -- | -- |
| 7-AAD | -- | -- | |
| CytoFlex流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| RT-qPCR | 逆转录试剂盒 | Roche | -- |
| SYBR Green试剂盒 | Roche | -- | |
| ABI 7500系统 | ABI | -- | |
| 免疫印迹 | RIPA裂解液 | EpiZyme | PC101 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | EpiZyme | ZJ102 | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 无蛋白快速封闭液 | EpiZyme | PS108 | |
| P21抗体 | Beyotime Biotechnology | AP021 | |
| P27抗体 | Beyotime Biotechnology | AP027 | |
| 细胞周期蛋白A2抗体 | Beyotime Biotechnology | AF2524 | |
| 细胞周期蛋白B1抗体 | Beyotime Biotechnology | AF6627 | |
| 细胞周期蛋白D1抗体 | Beyotime Biotechnology | AF1183 | |
| 细胞周期蛋白E1抗体 | Proteintech | 11554-1-AP | |
| 免疫组化 | HDAC1抗体 | Wuhan Sevier Biotechnology | GB11333-100 |
| HDAC4抗体 | Wuhan Sevier Biotechnology | GB115576-100 | |
| SIRT7抗体 | Wuhan Sevier Biotechnology | GB11355-100 | |
| HDAC5抗体 | Proteintech | 29342-1-AP | |
| HDAC11抗体 | Proteintech | 67949-1-Ig | |
| SIRT6抗体 | Proteintech | 13572-1-AP | |
| 二抗 | Zhongsui Jinqiao | -- | |
| DAB显色液 | -- | -- | |
| 免疫荧光 | DAPI | -- | -- |
| 动物实验 | ALT检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | -- |
| AST检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | -- |
关键环节
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | CKD-581浓度（1 µM和10 µM）和处理时间（24小时） 阅读提示：Materials and Methods：Cell proliferation, migration, and invasion assays 和 RT-qPCR analysis |
| 体外功能实验 | 细胞接种密度、96孔板/24孔板/6孔板规格、CKD-581浓度和处理时间 阅读提示：Materials and Methods：Cell proliferation, migration, and invasion assays 和 Plate cloning assay |
| 体内动物实验 | 小鼠品系（C57BL/6J）、年龄（8周）、体重（20-25 g）、细胞注射量（1.75×10^6 cells）、CKD-581剂量（30 mg/kg）和给药方案（每周一次，持续两周） 阅读提示：Materials and Methods：In vivo tumor xenograft analysis |
| 分子检测 | 检测基因（P21、P27、Cyclin A2、B1、D1、E1）及引物序列 阅读提示：Materials and Methods：Table 1 和 RT-qPCR analysis |
| 蛋白检测 | 抗体品牌和货号、稀释比例（P21 1:500，其他1:1000） 阅读提示：Materials and Methods：Immunoblotting analysis 和 Immunohistochemistry |