单细胞转录组数据分析
识别IDD中的细胞类型及其比例变化。
对GSE153066数据进行质量控制、降维聚类和注释,比较IDD与对照组中各细胞类型的比例。
"Dictionary of immune responses" reveals the critical role of monocytes and the core target IRF7 in intervertebral disc degeneration.
包含单细胞测序、转录组、机器学习、体外细胞实验和体内大鼠模型等多个证据层级,并进行了功能验证(IRF7敲低)。
人髓核细胞(NPCs) SD大鼠尾椎穿刺模型 单细胞转录组数据(GSE153066)
TBHP诱导NPCs退变模型的浓度(100 µM)和处理时间(4小时) siRNA敲低IRF7的转染试剂盒(riboFECT CP Transfection Kit) 大鼠尾椎穿刺模型的构建方法及siRNA注射时间点(术后第1、7、14天) 动物实验的影像学评估时间(术后4周)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别IDD中的细胞类型及其比例变化。
对GSE153066数据进行质量控制、降维聚类和注释,比较IDD与对照组中各细胞类型的比例。
利用机器学习方法确定IDD中的关键免疫细胞。
通过ssGSEA计算细胞富集分数,并使用随机森林、LASSO回归和SVM-RFE三种机器学习算法筛选关键免疫细胞。
分析关键免疫细胞(单核细胞)在IDD中的细胞因子反应和极化状态。
通过IREA分析单核细胞的差异表达基因,确定富集的细胞因子和极化状态。
分析IDD中细胞间的通讯变化。
使用CellChat包分析细胞间相互作用,比较IDD与对照组中信号通路的变化。
识别与单核细胞相关的关键基因并进行验证。
通过差异表达分析、PPI网络和多种算法筛选关键基因,并在外部数据集和体外实验中进行验证。
验证IRF7敲低对NPCs退变的影响。
使用TBHP诱导NPCs退变模型,转染siRNA敲低IRF7,检测ECM相关基因和炎症因子的表达。
验证IRF7敲低对IDD大鼠模型的治疗效果。
构建大鼠尾椎穿刺IDD模型,注射siRNA敲低IRF7,通过影像学和组织学评估治疗效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | F12/DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 青霉素-链霉素溶液 | NCM Biotech | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 细胞转染 | riboFECT CP转染试剂盒 | RiboBio | C10511-05 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher | -- |
| 氯仿 | Thermo Fisher | -- | |
| Nanodrop One分光光度计 | Thermo Fisher | -- | |
| RT-qPCR | PrimeScript RT试剂 | TaKaRa | -- |
| ABI 7500实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher | -- | |
| 免疫组化 | 牛血清白蛋白 | Servicebio | GC305010 |
| COL2A1抗体 | Proteintech | 28459-1-AP | |
| MMP13抗体 | Proteintech | 18165-1-AP | |
| NLRP3抗体 | Proteintech | 19771-1-AP | |
| IL-1β抗体 | Proteintech | 16806-1-AP | |
| HRP偶联二抗 | Servicebio | GB23303 | |
| 免疫荧光 | 二抗 | Servicebio | GB21303 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞转录组数据分析 | 数据过滤标准(基因数、线粒体比例、UMI数)、批次效应校正方法 阅读提示:Methods 2.2 |
| 关键免疫细胞筛选 | ssGSEA富集分数计算、机器学习算法参数设置 阅读提示:Methods 2.4 |
| 体外细胞实验 | TBHP诱导浓度和时间、siRNA转染条件、细胞分组 阅读提示:Methods 2.13, 2.14; Results 3.10 |
| 体内动物实验 | 大鼠品系、年龄、穿刺方法、siRNA注射剂量和时间点、影像学评估时间 阅读提示:Methods 2.15, 2.16 |
| 小分子药物预测与分子对接 | CMAP数据库预测参数、分子对接软件设置及打分标准 阅读提示:Methods 2.20 |