临床样本分析LHPP表达与预后
评估LHPP在前列腺癌组织中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关系。
使用TCGA数据库、RT-qPCR、Western blot和免疫组化检测70例前列腺癌患者肿瘤及癌旁组织中LHPP表达,并进行生存分析。
Phosphatase LHPP confers prostate cancer ferroptosis activation by modulating the AKT-SKP2-ACSL4 pathway.
包含临床样本分析、体外细胞功能实验、机制验证(Co-IP、GST pull-down、泛素化检测)及体内异种移植瘤模型,多层级证据支持。
DU145和C4-2B前列腺癌细胞系 HEK-293T细胞系 裸鼠皮下异种移植瘤模型 人前列腺癌组织样本(70例) 人前列腺癌类器官
LHPP表达与前列腺癌分期及预后的相关性(70例患者样本) LHPP敲低/过表达对细胞增殖、迁移、侵袭及铁死亡敏感性的影响 AKT抑制剂MK2206和激活剂SC79对ACSL4蛋白水平及降解的影响 SKP2及其LRR结构域在ACSL4泛素化降解中的作用 Panobinostat通过HDAC3调节LHPP表达及铁死亡的作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估LHPP在前列腺癌组织中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关系。
使用TCGA数据库、RT-qPCR、Western blot和免疫组化检测70例前列腺癌患者肿瘤及癌旁组织中LHPP表达,并进行生存分析。
探讨LHPP表达变化对前列腺癌细胞增殖、迁移、侵袭和铁死亡敏感性的影响。
建立LHPP敲低和过表达的DU145和C4-2B细胞系,通过EdU、CCK-8、克隆形成、划痕愈合、Transwell实验评估细胞功能。
阐明LHPP调控ACSL4蛋白稳定性的具体分子机制。
通过Co-IP、GST pull-down、泛素化实验、蛋白质半衰期测定等,验证AKT磷酸化ACSL4 T624位点促进SKP2结合并介导K63连接泛素化降解。
寻找能够上调LHPP表达的药物,并验证其抗肿瘤作用及机制。
利用CTRPv2和PRISM数据库筛选候选药物,验证Panobinostat通过抑制HDAC3增加H3K27ac水平,上调LHPP转录,并通过减少泛素化稳定LHPP蛋白,进而促进铁死亡。
验证Panobinostat通过LHPP和ACSL4依赖的铁死亡抑制体内肿瘤生长的效果。
建立DU145和C4-2B细胞异种移植瘤模型,口服给予Panobinostat,评估肿瘤生长;使用类器官模型验证PRGL493抑制ACSL4对Panobinostat疗效的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Pricella Life Science & Technology Co., Ltd | -- |
| DMEM培养基 | Abbkine | BMC1010 | |
| 药物处理 | 帕比司他 | MCE | HY-10224 |
| Erastin | MCE | HY-15763 | |
| RSL3 | MCE | HY-100218A | |
| Apicidin | MCE | HY-N6735 | |
| MG132 | MCE | HY-13259 | |
| PRGL493 | MCE | HY-139180 | |
| 氯化铵 | MCE | HY-Y1269 | |
| 3-甲基腺嘌呤 | MCE | HY-19312 | |
| 巴弗洛霉素A1 | MCE | HY-100558 | |
| MK2206 | Sparkjade | SJ-MX0056 | |
| RGFP966 | Sparkjade | SJ-MX0358 | |
| SC79 | Topscience | T2274 | |
| Ferrostatin-1 | Topscience | T6500 | |
| Merck60 | Hmobio | H2595 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| jetPRIME®多功能DNA/siRNA转染试剂 | Polyplus Transfection | -- | |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺 | Beyotime | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd | R0010 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Epizyme Pharmaceutical Biotechnology | -- | |
| DyLight 800-山羊抗兔IgG | Abbkine | A23910 | |
| DyLight 800-山羊抗小鼠IgG | Abbkine | A23920 | |
| LHPP抗体 | Proteintech | 15759-1-AP | |
| β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 81115-1-RR | |
| ACSL4抗体 | Proteintech | 22401-1-AP | |
| CD44抗体 | Proteintech | 15675-1-AP | |
| HMOX1抗体 | Proteintech | 10701-1-AP | |
| NDRG1抗体 | Cell Signaling Technology | 5196 | |
| Flag抗体 | Abbkine | ABT2010 | |
| Flag抗体 | Proteintech | 20543-1-AP | |
| HA抗体 | Abbkine | ABT2040 | |
| HA抗体 | Proteintech | 81290-1-RR | |
| His抗体 | Abbkine | ABT2050 | |
| His抗体 | Proteintech | 25940-1-AP | |
| p-AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| Myc抗体 | Santa Cruz | sc-40 | |
| Myc抗体 | Proteintech | 16286-1-AP | |
| ATG7抗体 | Cell Signaling Technology | 8558 | |
| SKP2抗体 | Santa Cruz | sc-74477 | |
| H3K27ac抗体 | Abcam | ab4729 | |
| H3抗体 | Abcam | ab1791 | |
| HDAC3抗体 | Proteintech | 10255-1-AP | |
| 免疫共沉淀 | IP裂解液 | Servicebio | G2038 |
| 蛋白A/G磁珠 | MCE | HY-K0202 | |
| 泛素抗体 | Santa Cruz | sc-8017 | |
| 对照小鼠IgG | Santa Cruz | sc-2025 | |
| 对照兔IgG | Proteintech | 30000-0-AP | |
| 泛磷酸化丝氨酸/苏氨酸抗体 | Beyotime | AF5725 | |
| GST pull-down | GST纯化磁珠 | Absin | abs9902 |
| GST洗涤缓冲液 | BJBiolab | GS4655 | |
| RNA提取和qPCR | SevenFast®总RNA提取试剂盒 | Seven/Abcells | SM132-02 |
| NovoScript®Plus一步法cDNA合成预混液 | Novoprotein | E047-01A | |
| NovoStart® SYBR qPCR预混液 | Novoprotein | E096-01A | |
| QuantStudio Three实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher | -- | |
| 脂质过氧化检测 | DCFH-DA荧光探针 | Beyotime | S0033S |
| Liperfluo探针 | Dojindo | -- | |
| 透射电子显微镜 | JEM-1230透射电子显微镜 | -- | -- |
| ChIP-qPCR | SimpleChIP®酶法染色质免疫沉淀试剂盒(磁珠法) | Cell Signaling Technology | 9003 |
| H3K27ac抗体 | Abcam | ab4729 | |
| H3抗体 | Abcam | ab1791 | |
| IgG同型对照 | Cell Signaling Technology | 3900 | |
| 类器官培养 | 胶原酶II | -- | -- |
| Y-27632 | -- | -- | |
| Matrigel基质胶 | Becton, Dickinson and Company | -- | |
| TrypLE消化液 | -- | -- | |
| 动物实验 | Matrigel基质胶 | Becton, Dickinson and Company | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(ATCC),培养基(RPMI-1640或DMEM),血清浓度(10% FBS),培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Materials and methods: Cell lines and cell culture |
| 临床样本分析 | 样本量(70例患者),样本来源(郑州大学第一附属医院),LHPP表达检测方法(RT-qPCR, IHC) 阅读提示:Materials and methods: Human samples; Results: Depleted LHPP expression correlates with PCa progression and poor prognosis |
| 细胞功能实验 | LHPP敲低和过表达的shRNA/质粒序列,转染试剂和方法,功能实验条件(EdU、CCK-8、克隆形成等) 阅读提示:Materials and methods: Reagents, plasmids, siRNA, and shRNA; Transfection and lentivirus infection |
| 蛋白质相互作用和泛素化检测 | 抗体信息(IP、Western blot),免疫沉淀和泛素化实验条件,AKT抑制剂MK2206(5μM)和激活剂SC79(10μM)处理时间,蛋白质半衰期测定(CHX 2μM, 0-36h) 阅读提示:Materials and methods: Co-immunoprecipitation; Western blot; Results: LHPP modulates ACSL4 protein expression; E3 ligase SKP2 induces ubiquitination and degradation of ACSL4 protein; AKT-induced phosphorylation at ACSL4’s T624 site |
| 药物处理 | Panobinostat浓度(100nM)和处理时间(24-48h),其他药物(Erastin, RSL3, Fer-1等)及浓度 阅读提示:Materials and methods: Reagents; Results: Effectiveness of Panobinostat in upregulating LHPP expression via HDAC3 inhibition in PCa; Panobinostat regulates LHPP and ACSL4-dependent ferroptosis |
| 体内实验 | 动物品系(BALB/c裸鼠,4-6周龄),细胞注射数量(1×10^6),肿瘤测量公式(V=L×W^2/2),测量时间点(每6天),给药方案(Panobinostat口服,正常对照),处死时间(第30天) 阅读提示:Materials and methods: In vivo tumor xenograft model |