临床样本中PSMA1表达与预后分析
评估PSMA1在胃癌组织中的表达水平及其与患者临床病理特征和预后的相关性。
利用TCGA数据库分析PSMA1 mRNA表达;通过IHC染色检测SG、IM、DYS和GC组织中PSMA1蛋白表达;利用肿瘤微阵列(TMA)和Kaplan-Meier生存分析评估PSMA1表达与预后的关系。
PSMA1 mediates tumor progression and poor prognosis of gastric carcinoma by deubiquitinating and stabilizing TAZ.
包含临床样本分析、体外细胞功能实验、蛋白相互作用与去泛素化机制验证以及体内动物模型验证等多个证据层级。
胃癌细胞系AGS和BGC-823 人胃癌组织及癌旁组织 BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型
PSMA1在胃癌组织中的表达水平及与预后的关系 PSMA1与TAZ的相互作用及TAZ去泛素化修饰 PSMA1对胃癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响 PSMA1对裸鼠移植瘤生长的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估PSMA1在胃癌组织中的表达水平及其与患者临床病理特征和预后的相关性。
利用TCGA数据库分析PSMA1 mRNA表达;通过IHC染色检测SG、IM、DYS和GC组织中PSMA1蛋白表达;利用肿瘤微阵列(TMA)和Kaplan-Meier生存分析评估PSMA1表达与预后的关系。
验证PSMA1是否与TAZ直接相互作用并介导其去泛素化,从而影响TAZ蛋白稳定性。
采用TMT标记定量蛋白质组学筛选PSMA1下游靶蛋白;通过Co-IP和免疫荧光检测PSMA1与TAZ的相互作用及共定位;通过CHX追踪实验、MG132和CQ处理以及体内泛素化实验评估PSMA1对TAZ蛋白稳定性和泛素化水平的影响。
评估PSMA1对胃癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。
通过CCK-8实验检测细胞活力,克隆形成实验检测细胞增殖能力,Transwell实验检测细胞迁移和侵袭能力。
验证TAZ是否是PSMA1促进胃癌细胞恶性行为的关键介质。
在PSMA1敲低细胞中过表达TAZ,通过CCK-8、克隆形成、Transwell和Western blot检测细胞增殖、迁移、侵袭及增殖标志物表达的变化。
在体内验证PSMA1对胃癌肿瘤生长的影响。
将PSMA1敲低的AGS细胞皮下注射入裸鼠,定期测量肿瘤体积和重量,并通过IHC和Western blot检测肿瘤组织中PSMA1、TAZ、YAP、Ki67、PCNA和C-Myc的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 链霉素 | -- | -- | |
| 质粒转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | TransGen Biotech | -- |
| RNA定量 | NanoDrop 2000分光光度计 | Thermo Scientific | -- |
| 实时荧光定量PCR | SYBR Green荧光染料 | Yeasen Biotechnology | -- |
| 免疫共沉淀 | 蛋白A/G琼脂糖珠 | Santa Cruz Biotechnology | -- |
| Western blot | 硝酸纤维素膜 | Millipore | -- |
| 牛血清白蛋白 | Solarbio Life Science | -- | |
| 辣根过氧化物酶偶联二抗 | TransGen Biotech | -- | |
| 质谱分析 | 液相色谱-串联质谱 | Thermo | 24600 |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Solarbio Life Science | -- |
| Transwell实验 | 基质胶 | Corning | -- |
| Transwell小室 | Corning | -- | |
| 显微镜观察 | 显微镜 | Olympus | -- |
| 免疫荧光 | DAPI染色液 | -- | -- |
| 荧光二抗 | Abcam | ab150113, | |
| 药物处理 | MG132 | -- | -- |
| 氯喹 | -- | -- | |
| 免疫组化 | PSMA1抗体 | Abcam | ab109530 |
| PSMA1抗体 | Santa Cruz | sc-166073 | |
| Western blot | YAP抗体 | CST | 4912 |
| YAP抗体 | Proteintech | 13584-1-AP | |
| TAZ抗体 | CST | 83669 | |
| TAZ抗体 | Proteintech | 23306-1-AP | |
| 免疫组化 | Ki67抗体 | Abcam | ab1667 |
| Western blot | ACTIN抗体 | Proteintech | 20536-1-AP |
| FLAG抗体 | Proteintech | 20543-1-AP | |
| MYC抗体 | CST | 2276 | |
| HA抗体 | Proteintech | 51064-2-AP | |
| PCNA抗体 | Proteintech | 10205-2-AP | |
| C-Myc抗体 | Proteintech | 10828-1-AP | |
| 组织芯片 | 组织芯片 | Outdo Biochip | -- |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Vital River | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 样本类型和数量(SG=24, IM=24, DYS=21, GC=33;TMA n=94);IHC评分标准(强度和阳性细胞百分比) 阅读提示:Materials and methods: Patient samples, tissue microarray, and immunohistochemistry |
| 细胞培养 | 细胞系(AGS, HGC-27, BGC-823, MKN-45, MKN-74, SGC-7901, GES-1, HEK-293T);培养基(DMEM, RPMI-1640)和添加物(10% FBS, 100 unit/mL 青霉素, 100 μg/mL 链霉素);培养条件(37°C, 5% CO2) 阅读提示:Materials and methods: Cell culture, antibodies, and reagents |
| 质粒转染与RNA干扰 | siRNA序列(siRNA1, 2, 3);siRNA转染浓度(25 nM);质粒载体(Flag-PSMA1, Myc-TAZ, HA-Ub等);转染试剂(Lipofectamine 2000) 阅读提示:Materials and methods: Plasmid construction, small interfering RNA, and Lentivirus transfection |
| 蛋白稳定性检测 | CHX浓度(20 μM)和处理时间点(0, 1, 2, 3, 4, 5小时);MG132浓度(20 μM);CQ浓度(20 μM) 阅读提示:Results: PSMA1 interacts with and deubiquitinates TAZ; Materials and methods: Protein half-life assay, Deubiquitination assay |
| 细胞功能实验 | CCK-8实验细胞数(2000个/孔);克隆形成实验细胞数(800个/孔)和培养时间(2周);Transwell实验细胞数(AGS 1.5×10^4, BGC-823 3×10^4)和培养时间(48小时) 阅读提示:Materials and methods: Cell proliferation, colony formation, and transwell assay |
| 动物实验 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠)和性别(雌性);周龄(6周);细胞注射量(AGS 4×10^6);分组(shPSMA1 vs shNC);肿瘤测量频率(每3天)和处死时间(1个月) 阅读提示:Materials and methods: Animal study |