患者血浆代谢组学分析
鉴定pre-B ALL患儿与健康儿童外周血血浆中差异代谢物,寻找潜在生物标志物。
采集27例初诊pre-B ALL患儿和27例健康对照的外周血血浆,进行非靶向代谢组学分析,发现1,5-AG水平在患儿中升高。
1,5-Anhydroglucitol promotes pre-B acute lymphocytic leukemia progression by driving glycolysis and reactive oxygen species formation.
包含患者血浆代谢组学、细胞系功能实验、siRNA敲低PDK4机制验证、体内异种移植模型(IVIS、流式)等多层级证据。
pre-B ALL细胞系Reh和HAL-01 “人源化小鼠”异种移植白血病模型(NPI小鼠) pre-B ALL患者外周血单个核细胞(PB-MNCs)
1,5-AG处理浓度梯度(0.2-4 mM)及作用时间(12、24小时) NAC浓度(2 mM)和维生素C浓度(0.2 mM)联合处理 siPDK4敲低序列(siPDK4-1、siPDK4-2)及其效果验证 动物模型分组:空白、模型、NAC、1,5-AG、1,5-AG+NAC,每组5只小鼠 检测时间点:体内成像第4、7天,小鼠在第7天取材
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定pre-B ALL患儿与健康儿童外周血血浆中差异代谢物,寻找潜在生物标志物。
采集27例初诊pre-B ALL患儿和27例健康对照的外周血血浆,进行非靶向代谢组学分析,发现1,5-AG水平在患儿中升高。
验证1,5-AG对pre-B ALL细胞增殖、活力、凋亡和周期的影响。
用不同浓度1,5-AG处理Reh和HAL-01细胞,通过CCK-8检测细胞活力,用流式细胞术检测细胞周期和凋亡。
探究1,5-AG对糖酵解和ROS水平的影响。
使用Seahorse分析仪测量ECAR和OCR,检测乳酸和NADPH水平,并用DCFH-DA探针检测ROS。
验证PDK4是否介导1,5-AG对糖酵解和线粒体呼吸的作用。
使用siRNA敲低PDK4,检测细胞活力、乳酸水平、OCR和ECAR变化。
在pre-B ALL患者PB-MNC中验证1,5-AG的作用。
从3例pre-B ALL患者分离PB-MNC,处理不同浓度1,5-AG,检测细胞活力和ROS水平。
在体内评估1,5-AG对白血病进展的影响以及NAC的逆转效果。
将mCherry标记的Reh细胞移植至NPI小鼠,分组给予1,5-AG和/或NAC,通过IVIS、脾脏重量和流式检测评估白血病负荷。
探究1,5-AG介导的ROS是否激活MAPK/ERK通路。
通过Western blot检测ERK1/2磷酸化水平,并用抗氧化剂NAC和维生素C验证其逆转作用,在体内通过免疫组化检测p-ERK1/2。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 代谢组学分析 | Integrated SpeedVac 系统 | Thermo Fisher Scientific | ISS110-230 |
| 1,5-AG 标准品 | Jkchemical | 309,742 | |
| 细胞培养 | RPMI-1640 培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 1,5-脱水葡萄糖醇 | -- | -- | |
| 维生素C | Sigma Aldrich | A92902 | |
| N-乙酰半胱氨酸 | Sigma Aldrich | A7250 | |
| 嘌呤霉素 | Beyotime | ST551 | |
| Ficoll 密度梯度分离液 | -- | -- | |
| GSDetect Taqman 支原体检测试剂盒 | Guangzhou Geneseed Biotech Co. | D0102 | |
| Lipofectamine 2000 转染试剂 | Invitrogen | 11,668,500 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8 细胞活力检测试剂盒 | Dojindo | CK04-500T |
| 流式细胞术 | 抗人CD19抗体(APC/PE) | Biolegend | 302,212 / 982,402 |
| Guava easyCyte 6HT 流式细胞仪 | EMD Millipore | -- | |
| 细胞周期分析 | 碘化丙啶 | BD Biosciences | 550,825 |
| RNase A(10 mg/mL) | Solarbio | R1030 | |
| 细胞凋亡检测 | FITC Annexin V 凋亡检测试剂盒 | BD Biosciences | 556,547 |
| 细胞能量代谢分析 | Seahorse XF 细胞线粒体压力检测试剂盒 | Agilent Technologies | 103015-100 |
| Seahorse XF 糖酵解速率检测试剂盒 | Agilent Technologies | 103344-100 | |
| Seahorse XFe24 细胞外通量分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| Cell-Tak 细胞粘附剂 | BD Biosciences | 354,240 | |
| 乳酸检测 | 乳酸比色检测试剂盒 | Solarbio | BC2230 |
| NADPH检测 | NADP+/NADPH 检测试剂盒 | Beyotime | S0179 |
| ROS检测 | DCFH-DA 荧光探针 | Beyotime | S0033S |
| RNA提取 | TRIzol 试剂 | Sigma Aldrich | T9424-100mL |
| RNAfast2000 提取试剂盒 | Fastagen | 220,011 | |
| RT-qPCR | ReverTra Ace qPCR RT Master Mix 试剂盒 | TOYOBO | FSQ-201 |
| SYBR Green 实时PCR预混液 | TOYOBO | QPK-201 | |
| 实时热循环仪(qTOWER3G) | Analytik Jena AG | qTOWER3G | |
| Western blot | RIPA 裂解液 | Solarbio | R0020 |
| 磷酸酶/蛋白酶抑制剂 | Beyotime | P1005 | |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 5174S | |
| 抗PDK4抗体 | Proteintech | 12949-1-AP | |
| 抗p44/42 MAPK(ERK1/2)抗体 | Cell Signaling Technology | 4695S | |
| 抗磷酸化p44/42 MAPK(ERK1/2)(Thr202/Tyr204)抗体 | Cell Signaling Technology | 4370S | |
| 山羊抗兔二抗 | ZSGB-BIO | ZB-2301 | |
| 增强化学发光检测系统 | JIAPENG | JP-K600plus | |
| 免疫组化 | 显微镜(RVL2-K) | ECHO | RVL2-K |
| ECHO Pro v6.3 图像采集软件 | ECHO | -- | |
| 体内成像 | IVIS Spectrum 活体成像系统 | PerkinElmer Inc. | -- |
| 流式分析软件 | Guava Incyte 软件(3.1版) | EMD Millipore | -- |
| 图像分析 | ImageJ 软件 | -- | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8.0.1 | GraphPad Software, Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者血浆代谢组学 | 样本量(27例患者和27例对照)、采样时间(初诊化疗前)、血浆提取方法(离心1800×g,4°C,15分钟) 阅读提示:Methods: Patients and extraction of peripheral blood plasma; Figure 1 |
| 细胞培养和处理 | 细胞系(Reh和HAL-01)、培养基(RPMI-1640+10% FBS+1% 青霉素-链霉素)、1,5-AG浓度梯度(0.2-4 mM)、处理时间(24小时) 阅读提示:Methods: Cell culture, Cell viability assay; Figure 2 |
| 细胞功能检测 | CCK-8实验、细胞周期(PI染色)、凋亡(Annexin V)、ROS检测(DCFH-DA浓度10 μM,孵育20分钟) 阅读提示:Methods: Cell viability assay, Cell cycle and cell apoptosis analyses, Detection of ROS; Figure 2, 4 |
| 糖酵解和线粒体呼吸检测 | Seahorse XFe24分析仪、细胞密度(Reh 6×10^5/孔,HAL-01 8×10^5/孔)、试剂盒(Mito Stress Test Kit和Glycolytic Rate Assay Kit) 阅读提示:Methods: XFe24 Extracellular Flux Analyzer; Figure 2D-E |
| PDK4敲低 | siRNA序列(siPDK4-1、siPDK4-2)和转染试剂(Lipofectamine 2000)、敲低效率验证(RT-qPCR和Western blot) 阅读提示:Methods: siRNA transfection, Western blotting; Figure 3 |
| 体内异种移植模型 | 小鼠品系(NPI)、细胞数(4×10^6)、分组(5组,每组5只)、给药方案(1,5-AG灌胃100 μL 100 mM;NAC 75 mg/kg/day)、检测时间点(第4、7天) 阅读提示:Methods: Animal procedures; Figure 5 |
| MAPK/ERK通路验证 | 抗体(p-ERK1/2 #4370S和ERK1/2 #4695S)浓度(1:2000)、处理(1,5-AG 0.8 mM,NAC 2 mM,维生素C 0.2 mM) 阅读提示:Methods: Western blotting; Figure 6 |