生物信息学数据库分析
探索脑缺血/再灌注损伤大鼠中Vav1的表达水平。
使用GEO数据库GSE163614比较sham和脑I/R损伤大鼠的Vav1 mRNA表达。
Vav1 promotes inflammation and neuronal apoptosis in cerebral ischemia/reperfusion injury by upregulating microglial and NLRP3 inflammasome activation.
包含体内大鼠MCAO/R模型和体外BV-2细胞OGD/R模型,并有siRNA敲低功能验证及机制验证。
大脑中动脉闭塞/再灌注(MCAO/R)大鼠模型 BV-2小胶质细胞氧-葡萄糖剥夺/复氧(OGD/R)模型 GEO数据库GSE163614数据集
大鼠品系、性别、年龄和体重:雄性Sprague-Dawley大鼠,8-10周龄,260-300 g siVav1及siNC给药方式:术前24小时脑室内注射,剂量75 pmol/well(细胞实验) MCAO手术细节:线栓法阻塞右侧大脑中动脉1.5小时后拔栓再灌注 OGD/R条件:无糖DMEM、5% CO2/94% N2/1% O2培养3小时,再常规培养21小时 样本量和统计:每组n=6(部分n=10),实验重复三次,数据以均数±标准差表示
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探索脑缺血/再灌注损伤大鼠中Vav1的表达水平。
使用GEO数据库GSE163614比较sham和脑I/R损伤大鼠的Vav1 mRNA表达。
建立脑缺血/再灌注损伤大鼠模型并敲低Vav1,观察其对脑损伤的影响。
对雄性SD大鼠进行大脑中动脉闭塞1.5小时后再灌注,术前24小时脑室内注射siVav1或siNC。术后24小时取材检测。
在细胞水平验证Vav1在OGD/R诱导的炎症反应中的作用。
对BV-2小胶质细胞进行氧-葡萄糖剥夺/复氧处理,并使用Lipofectamine 3000转染siVav1或siNC进行敲低。
评估Vav1敲低对大鼠脑梗死、神经功能和脑水肿的影响。
使用TTC染色测定脑梗死面积,Zea-Longa评分评估神经功能,干湿重法测脑含水量,HE染色观察组织损伤。
探讨Vav1对脑缺血/再灌注后神经元凋亡的影响。
使用Fluoro-Jade C染色检测变性神经元,NeuN/TUNEL免疫荧光双染检测神经元凋亡,Western blot检测凋亡相关蛋白表达。
研究Vav1对小胶质细胞激活和NLRP3炎症小体活化的影响。
通过免疫荧光双染检测Vav1/Iba-1和NLRP3/Iba-1共定位,Western blot检测NLRP3、ASC、cleaved caspase-1表达,qPCR和ELISA检测炎症因子水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 异氟烷 | Shenzhen Ruiwode Life Technology Co. Ltd. | R510-22-10 |
| siRNA转染 | Lipofectamine 3000 | Invitrogen | 3000015 |
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | Service Biotech | G4510 |
| 胎牛血清 | Tianhang Biotech | 11011-8611 | |
| OGD/R处理 | 无糖杜尔贝科改良伊格尔培养基 | Procell | PM150270 |
| RNA提取 | TRIpure裂解液 | BioTeke | RP1001 |
| RNA浓度检测 | Nano2000分光光度计 | ThermoFisher | -- |
| 逆转录 | BeyoRT II M-MLV逆转录酶 | Beyotime | D7160L |
| qPCR | SYBR Green荧光染料 | Solarbio | SY1020 |
| 2× Taq PCR预混液 | Solarbio | PC1150 | |
| Exicycler TM96实时荧光定量PCR仪 | BIONEER | -- | |
| Western blot | 裂解液 | Beyotime | P0013 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0011 | |
| SDS-PAGE凝胶电泳 | Beyotime | P0015 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 山羊抗兔二抗 | ABclonal | AS014 | |
| 增强化学发光试剂 | Beyotime | P0018 | |
| Tanon Image软件 | Tanon Science & Technology Co | 5200 | |
| Vav1抗体 | Affinity Biosciences | AF6182 | |
| NLRP3抗体 | Abclonal | A5652 | |
| Bcl-2抗体 | Abclonal | A19693 | |
| ASC抗体 | Abclonal | A16672 | |
| Bax抗体 | Abclonal | A19684 | |
| Cleaved caspase-3抗体 | Affinity Biosciences | AF7022 | |
| Cleaved caspase-1抗体 | Affinity Biosciences | AF4005 | |
| TTC染色 | 氯化三苯基四氮唑染色液 | Solarbio | T8170 |
| HE染色 | 乙醇 | Sinopharm Chemical Reagent | 10009218 |
| 伊红 | Sangon | A600190 | |
| 细胞凋亡染色 | Fluoro-Jade C试剂盒 | Solarbio | G3263 |
| 免疫荧光染色 | 牛血清白蛋白 | Sangon | A602440-0050 |
| Triton X-100 | Beyotime | ST795 | |
| DAPI | Aladdin | D106471 | |
| 抗荧光淬灭剂 | Solarbio | S2100 | |
| Vav1抗体 | Proteintech | 16364-1-AP | |
| Iba-1抗体 | Abcam | ab283319 | |
| FITC标记的山羊抗兔IgG | Abcam | ab6717 | |
| Cy3标记的山羊抗小鼠IgG | Molecular Probes | A-21424 | |
| 细胞凋亡检测 | 细胞死亡检测试剂盒 | Roche | 12156792910 |
| TUNEL试剂盒 | Wanleibio | WLA127a | |
| ELISA | 小鼠IL-1β ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK201B |
| 大鼠IL-1β ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK301B | |
| 小鼠TNF-α ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK282 | |
| 大鼠TNF-α ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK382 | |
| 小鼠IL-18 ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK218 | |
| 大鼠IL-18 ELISA试剂盒 | Fine Test | ER0030 | |
| 酶标仪ELX-800 | BIOTEK | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物实验 | 动物品系、性别、年龄、体重、饲养条件;siRNA注射剂量、时间和部位;MCAO手术细节和缺血时间;样本量n=6(部分n=10) 阅读提示:Methods: Animals; Middle cerebral artery occlusion/reperfusion model and small interfering RNA treatment; Figure legends |
| 细胞实验 | 细胞系BV-2来源和培养条件;OGD/R处理时间(3小时缺氧,21小时复氧);siRNA转染剂量(75 pmol/孔)和试剂 阅读提示:Methods: Cell culture and transfection; Figure legends |
| mRNA和蛋白检测 | RNA提取试剂、逆转录酶、qPCR引物序列;Western blot所用抗体及稀释倍数、上样量、曝光条件 阅读提示:Methods: Quantitative polymerase chain reaction; Western blot analysis |
| 神经损伤评估 | TTC染色浓度、时间;神经功能评分标准;脑含水量测定方法;HE染色步骤 阅读提示:Methods: Triphenyltetrazolium chloride staining; Neurological deficit score; Brain water content; Hematoxylin and eosin staining |
| 凋亡和炎症检测 | FJC染色步骤;TUNEL染色和免疫荧光共染条件;ELISA试剂盒种类和稀释倍数 阅读提示:Methods: Fluoro-Jade C staining; Cell apoptosis; Enzyme-linked immunosorbent assay |