蛋白质组学筛选
鉴定胆脂瘤组织中差异表达蛋白,筛选关键蛋白。
对8对胆脂瘤组织和配对耳道皮肤进行TMT标记定量蛋白质组学分析,鉴定DEPs。
The Hyperproliferation Mechanism of Cholesteatoma Based on Proteomics: SNCA Promotes Autophagy-Mediated Cell Proliferation Through the PI3K/AKT/CyclinD1 Signaling Pathway.
包含临床组织蛋白质组学、组织验证(WB、IHC、电镜)、细胞功能实验、机制验证(自噬抑制、PI3K激活)等多层级证据。
HaCaT细胞 RHEK-1细胞 中耳胆脂瘤组织及配对耳道皮肤组织
SNCA过表达对细胞增殖和自噬的影响需在HaCaT和RHEK-1细胞中验证 LPS浓度:RHEK-1为400 ng/ml,HaCaT为100 ng/ml 自噬抑制实验:使用氯喹(CQ)或ATG5 siRNA PI3K激活剂740Y-P处理浓度
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定胆脂瘤组织中差异表达蛋白,筛选关键蛋白。
对8对胆脂瘤组织和配对耳道皮肤进行TMT标记定量蛋白质组学分析,鉴定DEPs。
验证SNCA和自噬相关蛋白在胆脂瘤组织中的表达。
通过Western blot、免疫组化和透射电镜检测SNCA、LC3B、p62、ATG7及自噬体。
构建SNCA过表达角质形成细胞模型,模拟胆脂瘤炎症环境。
用慢病毒感染HaCaT和RHEK-1细胞过表达SNCA,并用LPS刺激。
检测SNCA过表达对细胞增殖和迁移的影响。
通过MTT、EdU、集落形成、划痕和Transwell实验评估。
验证SNCA对自噬和自噬流的影响。
通过LC3 puncta、Western blot检测LC3B-II/p62、mRFP-GFP-LC3荧光。
探讨自噬和PI3K/AKT通路在SNCA介导增殖中的作用。
抑制自噬(CQ或siATG5),检测PI3K/AKT通路蛋白;使用PI3K激活剂740Y-P逆转。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| Western blot | GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 5174 |
| SNCA抗体 | ABclonal | A13354 | |
| IL-6抗体 | ABclonal | A0286 | |
| IL-10抗体 | ABclonal | A12255 | |
| TNF-α抗体 | ABclonal | A11534 | |
| p62抗体 | ABclonal | A19700 | |
| LC3B抗体 | ABclonal | A19665 | |
| PIK3CA抗体 | ABclonal | A0265 | |
| CyclinD1抗体 | ABclonal | A11022 | |
| p21抗体 | ABclonal | A19094 | |
| ATG5抗体 | ABclonal | A0203 | |
| ATG7抗体 | Cell Signaling Technology | 2631 | |
| NF-κB抗体 | Cell Signaling Technology | 8242 | |
| p-NF-κB抗体 | Cell Signaling Technology | 3033 | |
| p-AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4685 | |
| 药物处理 | 740Y-P | MedChem Express | -- |
| 氯喹 | MedChem Express | HY-17589 | |
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Hyclone | -- |
| Eagle基础培养基 | Hyclone | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Solarbio Science & Technology Co, Ltd | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000 | Invitrogen | -- |
| 刺激 | 脂多糖 | Sigma-Aldrich | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Biomed | -- |
| RT-qPCR | E.Z.N.A.总RNA提取试剂盒 | Omega Bio-Tek | -- |
| 逆转录试剂盒 | YEASEN | -- | |
| SYBR Green预混液 | YEASEN | -- | |
| LightCycler 96检测系统 | Roche | -- | |
| 细胞增殖 | MTT溶液 | -- | -- |
| EdU检测 | EdU(5-乙炔基-2'-脱氧尿苷) | Beyotime | -- |
| 流式细胞术 | 流式细胞仪 | BD Bioscience | FACS Canto TM II |
| 显微镜 | 共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- |
| LeicaSP8激光共聚焦显微镜 | Leica | -- | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488山羊抗小鼠IgG二抗 | Cell Signaling Technology | -- |
| DAPI | -- | -- | |
| 免疫荧光成像 | Cellomics ArrayScan VTI | Thermo Scientific | -- |
| 质谱分析 | Q Exactive HF-X质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 液相色谱 | EASY-nLC 1200 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 免疫组化 | Elivision超敏HRP(小鼠/兔)免疫组化试剂盒 | Maxim | -- |
| DAB显色试剂盒 | Maxim | -- | |
| 显微镜 | 光学显微镜 | Nikon | -- |
| 透射电镜 | 透射电子显微镜 | FEI | Tecnai G2 Spirit Bio TWIN |
| 蛋白质消化 | 胰蛋白酶 | Promega | -- |
| DL-二硫苏糖醇 | Sigma | -- | |
| Phenomenex Strata X C18 | Phenomenex | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 蛋白质组学分析 | 样本类型(中耳胆脂瘤组织和配对耳道皮肤)、样本数量(8对)、TMT标记、差异蛋白阈值 阅读提示:见Experimental Procedures中Experimental Design and Statistical Rational及Proteins Digestion and Tandem Mass Tag Labeling |
| 组织验证 | 样本数量(Western blot 4对,IHC 12对,电镜3对)、抗体浓度(SNCA 1:200)、染色方法 阅读提示:见Methods中Immunohistochemistry and Transmission Electron Microscopy及Results图2说明 |
| 细胞培养与处理 | 细胞系(HaCaT、RHEK-1)、LPS浓度(HaCaT 100 ng/ml,RHEK-1 400 ng/ml)、刺激时间(24小时) 阅读提示:见Methods中Cell Line and Cell Culture Conditions及Stimulation with Lipopolysaccharide |
| 功能实验 | 细胞密度(MTT:HaCaT 2×10^3/孔,RHEK-1 800/孔;集落形成:HaCaT 1000细胞/孔,RHEK-1 500细胞/孔)、处理时间(MTT 24h,集落2周)、迁移实验细胞数 阅读提示:见Methods中Cell Viability and Proliferation及Wound Healing and Transwell Assay |
| 自噬检测 | 氯喹浓度(MTT用20 nM,其他用20 μM)、血清饥饿或LPS刺激条件、LC3 puncta计数方法 阅读提示:见Results中SNCA Overexpression Enhanced the Sensitivity of Keratinocyte to Autophagy Induction及图5说明 |
| 机制验证 | siRNA序列(ATG5、SNCA、PI3K)、转染方法(Lipofectamine 3000)、740Y-P浓度(25 μg)、检测蛋白(PIK3CA、p-AKT、CyclinD1、p21) 阅读提示:见Methods中Lentivirus Infection and siRNA Transfection及Results中SNCA Overexpression Boosted PI3K/AKT/CyclinD1 Signaling Pathway |