TIMELESS表达分析
验证TIMELESS在OSCC组织和细胞系中的表达水平及与预后的关联
利用TCGA和CCLE数据库分析,qRT-PCR、Western blot和IHC检测OSCC组织和细胞系中TIMELESS表达,并分析其与临床病理特征及生存率的关系。
TIMELESS promotes reprogramming of glucose metabolism in oral squamous cell carcinoma.
包含临床样本分析、细胞功能实验(增殖、周期)、代谢检测(葡萄糖摄取、乳酸、耗氧)及裸鼠体内成瘤实验,并进行SIRT1回补验证机制。
OSCC细胞系SCC-9、SCC-15 正常口腔角质细胞NOK 裸鼠皮下移植瘤模型 133例OSCC及癌旁组织样本
TIMELESS在OSCC组织和细胞系中的表达水平,与癌旁组织和正常角质形成细胞对比。 SCC-15细胞中TIMELESS过表达,SCC-9细胞中TIMELESS敲低的稳转细胞构建及效率验证。 细胞增殖检测:克隆形成、MTS、EdU和细胞周期分析。 葡萄糖代谢检测:葡萄糖摄取、乳酸产生、耗氧量和培养基pH值。 SIRT1在TIMELESS敲低细胞中的过表达回补实验,验证代谢表型逆转。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证TIMELESS在OSCC组织和细胞系中的表达水平及与预后的关联
利用TCGA和CCLE数据库分析,qRT-PCR、Western blot和IHC检测OSCC组织和细胞系中TIMELESS表达,并分析其与临床病理特征及生存率的关系。
检测TIMELESS对OSCC细胞增殖和细胞周期的影响
构建TIMELESS过表达(SCC-15)和敲低(SCC-9)的稳定细胞系,进行克隆形成、MTS、EdU和细胞周期分析。
验证TIMELESS敲低对OSCC肿瘤生长的影响
将TIMELESS敲低或对照SCC-9细胞皮下注射至裸鼠,定期测量肿瘤体积和体重,分析肿瘤重量、生存期及组织病理。
评估TIMELESS对OSCC细胞糖酵解和氧化磷酸化的影响
检测稳定细胞系的葡萄糖摄取、乳酸产生、培养基pH和耗氧量。
探究TIMELESS调控糖酵解的分子机制,特别是SIRT1的介导作用
分析TIMELESS与SIRT1表达相关性,Western blot和qRT-PCR检测糖酵解基因表达,并在TIMELESS敲低细胞中过表达SIRT1观察代谢表型恢复情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Procell | PM150210 |
| DMEM/F12培养基 | Procell | PM150312 | |
| 青霉素/链霉素 | Procell | PB180120 | |
| 胎牛血清 | Procell | 164210 | |
| 氢化可的松 | Procell | CM-0571 | |
| 基因转染 | 嘌呤霉素 | Beyotime | -- |
| GL401载体 | -- | -- | |
| GL186载体 | -- | -- | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Thermo Fisher | 16096020 |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | Takara | RR047A |
| qRT-PCR | 实时PCR试剂盒 | Takara | DRR081 |
| 免疫组化 | 免疫组化试剂盒 | MXB | KIT-9730 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白浓度测定试剂盒 | Beyotime | P0012S | |
| ECL化学发光试剂 | Beyotime | P0018FS | |
| 细胞活力检测 | MTS溶液 | Bestbio | BB-4204 |
| 克隆形成 | 结晶紫 | Beyotime | C0121 |
| EdU实验 | EdU | Ribobio | C10310-1 |
| 细胞周期 | 碘化丙啶溶液 | Bestbio | BB-4101 |
| 代谢检测 | 葡萄糖摄取比色检测试剂盒 | Sigma | MAK083 |
| 乳酸检测试剂盒 | Sigma | MAK065 | |
| pH计 | Bohlertech Technology | -- | |
| Oxytherm耗氧率测量系统 | Hansatech | -- | |
| 动物实验 | 基质胶 | BD | 354234 |
| Western blot | β-actin一抗 | Proteintech | 66009-1-Ig |
| Cyclin D1一抗 | Proteintech | 60186-1-Ig | |
| Cyclin E1一抗 | Proteintech | 11554-1-AP | |
| CDK2一抗 | Proteintech | 10122-1-AP | |
| CDK4一抗 | Proteintech | 11026-1-AP | |
| 山羊抗小鼠IgG | Jiangsu Cowin Biotech | CW0102 | |
| 山羊抗兔IgG | Jiangsu Cowin Biotech | CW0103 | |
| 免疫组化 | Ki67抗体 | Affinity Biosciences | AF0198 |
| PCNA抗体 | Proteintech | 60097-1-Ig | |
| SIRT1抗体 | Proteintech | 13161-1-AP | |
| HK2抗体 | Proteintech | 66974-1-Ig | |
| PKM2抗体 | Proteintech | 60268-1-Ig | |
| GLUT1抗体 | Proteintech | 66290-1-Ig | |
| LDHA抗体 | Proteintech | 66287-1-Ig | |
| TIMELESS抗体 | Proteintech | 14421-1-AP |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系来源:SCC-4、SCC-9、SCC-15、SCC-25、CAL-27、NOK;培养基:DMEM或DMEM/F12(Procell);添加10% FBS、1%青霉素/链霉素;SCC-4、SCC-15、SCC-25、SCC-9需添加氢化可的松400 ng/mL;培养条件:37°C、5% CO2;转染试剂(未明确说明);筛选:嘌呤霉素处理5天。 阅读提示:Materials and methods: Cell lines and culture and transfections |
| 基因敲低与过表达 | 慢病毒载体:GL401(shRNA)和GL186(过表达);构建公司:上海奥博生物;SIRT1过表达载体由Gene Pharma构建;验证方法:qRT-PCR和Western blot。 阅读提示:Materials and methods: Cell lines and culture and transfections |
| 细胞增殖检测 | 克隆形成:每孔1000细胞,6孔板,培养约2周;MTS:每孔0.5-1×10^4细胞,10 μL MTS,孵育1-4小时,490 nm;EdU:每孔4×10^3-1×10^5细胞,50 μM EdU处理2小时;周期:5-10×10^6细胞,70-90%乙醇固定,RNase A 20 μL,PI 400 μL,流式分析。 阅读提示:Materials and methods: MTS、Clonal formation、EdU assay、Cell cycle analysis |
| 代谢检测 | 细胞密度每孔2000细胞;葡萄糖摄取试剂盒Sigma MAK083;乳酸试剂盒Sigma MAK065;pH计(Bohlertech);耗氧量Hansatech Oxytherm;参数重复三次。 阅读提示:Materials and methods: Measurement of glucose uptake, lactate production, pH, and oxygen consumption rate |
| 动物实验 | 动物:雄性BALB/c裸鼠4-6周龄;分组:对照组和TIMELESS敲低组,每组5只;注射细胞量:1×10^7,悬浮于Matrigel(BD);肿瘤体积测量每5天一次;计算:width^2×length×0.5。 阅读提示:Materials and methods: Subcutaneous tumor xenografts in nude mice |