药物筛选与体外活性评价
筛选能抑制ES细胞生长的化合物并验证其抗增殖作用
使用294种化合物库对A673进行筛选,发现TCS7010;CCK-8和集落形成实验检测细胞活力与增殖
AURKA inhibition induces Ewing's sarcoma apoptosis and ferroptosis through NPM1/YAP1 axis.
包含细胞系体外实验、裸鼠移植瘤模型、患者样本分析及分子机制验证(Co-IP、WB等),并采用多种抑制剂和基因敲降验证功能。
尤文肉瘤细胞系A673、RDES、SKNMC、SK-NEP-1 BMSC正常对照细胞 A673细胞裸鼠异种移植瘤模型 患者肿瘤组织样本
TCS7010处理浓度:1μM(多数实验) 细胞死亡抑制剂浓度:ZVAD-FMK、necrostatin-1、ferrostatin-1均为10μM,chloroquine为50μM 体内给药:TCS7010腹腔注射40mg/kg/d,共14天 细胞接种数量:A673细胞4×10^6皮下注射裸鼠 存活分析队列:R2平台n=88,本中心患者样本量未明确
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选能抑制ES细胞生长的化合物并验证其抗增殖作用
使用294种化合物库对A673进行筛选,发现TCS7010;CCK-8和集落形成实验检测细胞活力与增殖
检测AURKA在ES中的表达及与患者生存的关系
RT-qPCR和WB检测ES细胞系中AURKA表达;利用R2平台及本中心样本进行生存分析;IHC检测组织表达
确定TCS7010诱导的细胞死亡类型
使用凋亡、坏死、自噬和铁死亡抑制剂,结合CCK-8和集落形成实验
验证AURKA抑制对凋亡和铁死亡的影响
检测凋亡率(流式)、ROS、脂质ROS、Fe2+水平,WB检测相关蛋白
评估AURKA抑制在体内的抗肿瘤作用
建立A673裸鼠移植瘤模型,给予TCS7010或敲降AURKA,监测肿瘤生长,IHC和Tunel检测
阐明AURKA调控凋亡和铁死亡的分子机制
Co-IP和质谱鉴定相互作用蛋白;验证NPM1磷酸化位点;检测YAP1稳定性
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | TCS7010 | TargetMol | -- |
| 细胞凋亡抑制 | ZVAD-FMK | TargetMol | -- |
| 细胞坏死抑制 | Necrostatin-1 | TargetMol | -- |
| 铁死亡抑制 | Ferrostatin-1 | TargetMol | -- |
| 细胞自噬抑制 | 氯喹 | TargetMol | -- |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | -- | -- |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-Alexa Fluor 647/7-AAD凋亡检测试剂盒 | 4A Biotech Co., Ltd. | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | KeyGene | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| PVDF膜 | Sigma-Aldrich | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | TaKaRa Bio Inc. | -- |
| 逆转录试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| SYBR Premix Ex Taq II | Takara | -- | |
| ABI-7300实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| iTaq Universal SYBR Green一步法试剂盒 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | -- | |
| ROS检测 | DCFH-DA探针 | Beyotime | S0033S |
| 脂质ROS检测 | BODIPY 581/591 C11十一酸 | Thermo Fisher Scientific | D3861 |
| 铁离子检测 | 铁检测试剂盒 | Solarbio | BC5415 |
| 转染 | 小干扰RNA | GenePharma | -- |
| 短发夹RNA | GeneCopoeia | -- | |
| 免疫组化 | 抗人AURKA抗体 | Cell Signaling Technology | 14475 |
| 抗Ki67抗体 | Proteintech | 27309-1-AP | |
| 抗GPX4抗体 | Proteintech | 67763-1-Ig | |
| 抗NPM1抗体 | Proteintech | 10306-1-AP | |
| 蛋白检测 | 抗PARP抗体 | Proteintech | 66520-1-Ig |
| 抗Bax抗体 | ABclonal | A19684 | |
| 抗Bcl2抗体 | ABclonal | A0208 | |
| 抗YAP1抗体 | ABclonal | A1002 | |
| 抗p-NPM1 Thr95抗体 | Affinity Biosciences | AF2372 | |
| 抗p-NPM1 Ser125抗体 | Affinity Biosciences | AF3740 | |
| 抗p-NPM1 Ser4抗体 | Affinity Biosciences | AF8496 | |
| 抗p-NPM1 Thr199抗体 | ABclonal | AP0836 | |
| 抗GAPDH抗体 | ABclonal | AC001 | |
| 流式细胞术 | 流式细胞仪SP6800 | Sony | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 药物筛选 | 化合物库来源(TargetMol)、A673细胞接种密度4000/孔,处理浓度2μM,处理时间72h 阅读提示:Methods 中 High-throughput drug library screening 部分 |
| 细胞培养 | ES细胞系和BMSC的来源(Cobioer),培养基含10%或15% FBS,37°C,5% CO2 阅读提示:Methods 中 Cell culture 部分 |
| 细胞死亡方式鉴定 | TCS7010浓度1μM,抑制剂浓度ZVAD-FMK、necrostatin-1、ferrostatin-1为10μM,chloroquine为50μM,处理时间48h 阅读提示:Results 中 'TCS7010 induced the apoptosis and ferroptosis of ES cells' 及图3图例 |
| 凋亡检测 | Annexin V-Alexa Fluor 647/7-AAD试剂盒,细胞数4×10^5,染色时间5分钟,流式检测 阅读提示:Methods 中 Apoptosis assay 部分 |
| 铁死亡检测 | ROS检测使用DCFH-DA 10μM,孵育20分钟;脂质ROS使用BODIPY 581/591 C11 孵育30分钟;铁离子使用Iron Assay Kit(Solarbio BC5415) 阅读提示:Methods 中 ROS/lipid ROS/iron assay 部分 |
| 体内实验 | 小鼠品系(裸鼠)、周龄(3-4周)、接种细胞数(4×10^6)、给药剂量(40mg/kg/d,腹腔注射14天)、肿瘤体积计算公式 阅读提示:Methods 中 In vivo xenograft mouse models 部分 |
| 生存分析 | R2平台样本量(n=88),本中心临床样本量需核对,分组标准(AURKA表达高低) 阅读提示:Results 中 'AURKA was upregulated' 部分和图2 |