检测IBD患者和结肠炎小鼠巨噬细胞Tim-3表达
确认Tim-3在炎症性肠病中的表达变化。
通过双重免疫荧光染色和单细胞RNA测序检测患者结肠组织,以及DSS诱导小鼠结肠中巨噬细胞Tim-3表达。
Macrophage Tim-3 maintains intestinal homeostasis in DSS-induced colitis by suppressing neutrophil necroptosis.
包含患者样本、巨噬细胞特异性敲除小鼠模型、体外细胞共培养、RNA-seq及多种抑制剂验证,功能与机制验证完整。
DSS诱导的结肠炎小鼠模型(WT与Tim-3M−KO) THP-1巨噬细胞系 HL-60中性粒细胞样细胞系 IBD患者结肠组织样本
巨噬细胞特异性Tim-3敲除小鼠(Tim-3M−KO)的构建与验证 DSS诱导结肠炎模型:3% DSS饮水7天 体内给药:Nec-1(5 mg/kg/day)、GSK-872(10 mg/kg/day)、NAC(100 mg/kg/day) 体外共培养:THP-1(PMA分化后LPS刺激)与HL-60细胞共培养 关键信号通路:TLR4/NF-κB通路及ROS水平检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认Tim-3在炎症性肠病中的表达变化。
通过双重免疫荧光染色和单细胞RNA测序检测患者结肠组织,以及DSS诱导小鼠结肠中巨噬细胞Tim-3表达。
评估巨噬细胞Tim-3缺失对DSS结肠炎易感性的影响。
将Tim-3fl/fl与LysM-Cre小鼠杂交获得Tim-3M−KO小鼠,给予DSS诱导结肠炎,监测疾病活动指数、生存率、结肠长度和组织病理变化。
检测Tim-3缺陷对炎症因子表达和免疫细胞浸润的影响。
通过qRT-PCR检测促炎因子和趋化因子表达,免疫组化检测M1巨噬细胞标志物和Th2标志物,免疫荧光检测巨噬细胞和中性粒细胞浸润。
确定巨噬细胞Tim-3缺失是否诱导结肠组织坏死性凋亡。
通过TUNEL染色排除凋亡,RNA-seq和GSEA分析富集通路,免疫组化和Western blot检测p-RIP1、p-RIP3、p-MLKL表达。
验证坏死性凋亡在Tim-3缺陷介导的结肠炎中的功能作用。
给予Tim-3M−KO小鼠Nec-1或GSK-872治疗,评估结肠炎严重程度、中性粒细胞浸润和坏死性凋亡标志物。
证明Tim-3敲低巨噬细胞通过分泌因子诱导中性粒细胞趋化和坏死性凋亡。
将PMA分化的THP-1巨噬细胞(Scr或ShTim-3)用LPS刺激,收集上清液作用于DMSO分化的HL-60细胞或原代小鼠中性粒细胞,检测迁移、F-actin聚合、坏死性凋亡标志物。
确定TNF-α和IL-8介导的中性粒细胞坏死性凋亡和趋化作用。
ELISA检测巨噬细胞上清液TNF-α和IL-8水平,使用中和抗体阻断,用重组TNF-α直接刺激HL-60细胞,检测坏死性凋亡。
阐明巨噬细胞Tim-3抑制炎症的分子机制。
Western blot和免疫荧光检测TLR4和p-p65表达,用TAK-242和BAY11-7082抑制后检测细胞因子释放、巨噬细胞迁移和中性粒细胞坏死性凋亡。
确定ROS是否参与巨噬细胞Tim-3缺陷介导的中性粒细胞坏死性凋亡。
检测体内和体外ROS水平,用ROS清除剂NAC处理小鼠和细胞,观察坏死性凋亡标志物变化。
证明中性粒细胞坏死性凋亡导致肠道屏障破坏。
检测小鼠结肠ZO-1表达,体外用巨噬细胞上清液或与中性粒细胞共培养处理Caco2细胞,检测ZO-1和HMGB1水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| IMDM培养基 | -- | -- | |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| 细胞处理 | 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | -- | -- |
| 脂多糖 | -- | -- | |
| 动物模型 | 葡聚糖硫酸钠 | MP Biomedicals | -- |
| 药物处理 | Nec-1 | MCE | HY-15760 |
| GSK-872 | MCE | HY-101872 | |
| N-乙酰半胱氨酸 | MCE | HY-B0215 | |
| 细胞因子处理 | 重组人TNF-α | PeproTech | -- |
| 重组人IL-8 | PeproTech | -- | |
| 中和实验 | 抗TNF-α单克隆抗体 | Bio X cell | SIM0001 |
| 抗IL-8单克隆抗体 | R&D Systems | MAB208 | |
| 信号通路抑制 | BAY11-7082 | Selleck | S2913 |
| TAK-242 | Selleck | S7455 | |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | Yeasen Biotechnology | 19221 |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | Yeasen Biotechnology | 11184ES08 |
| qPCR | Hieff® qPCR SYBR Green预混液 | Vazyme Biotechnology | 11184ES08 |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解缓冲液 | Solarbio | R0020 |
| Western blot | ECL检测试剂盒 | Thermo Fisher | -- |
| ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| RNA-seq | Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| Illumina HiSeq 2500测序平台 | Illumina | -- | |
| Qubit 2.0荧光计 | Invitrogen | -- | |
| ROS检测 | ROS检测试剂盒 | Thermo Fisher | -- |
| 中性粒细胞分离 | 小鼠中性粒细胞分离试剂盒 | Solarbio | P9201 |
| 细胞染色 | Alexa Fluor 488标记的鬼笔环肽 | Invitrogen | -- |
| 组织保存 | RNAlater | New Cell & Molecular Biotech Co., Ltd | M6101 |
| 显微镜检查 | 光学显微镜 | Nikon | Optithot |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 巨噬细胞Tim-3敲除小鼠构建 | 小鼠品系:C57BL/6背景,Tim-3fl/fl与LysM-Cre杂交;基因型验证 阅读提示:见2.3节 |
| DSS诱导结肠炎模型 | DSS浓度(3%或4%),给药时间7天,DSS更换频率(每两天),小鼠周龄、性别 阅读提示:见2.4节,图2A |
| 体内药理学抑制 | 药物剂量:Nec-1(5 mg/kg/day)、GSK-872(10 mg/kg/day)、NAC(100 mg/kg/day);给药途径:腹腔注射;给药周期 阅读提示:见2.6节,图5A,图10E |
| 体外巨噬细胞与中性粒细胞共培养 | THP-1细胞分化(PMA 100 ng/ml 48h),LPS刺激浓度(400 ng/ml)和时间(6h),HL-60细胞分化(1.3% DMSO 6天),共培养条件 阅读提示:见2.7,2.9,4.7节 |
| 信号通路抑制实验 | 抑制剂浓度:BAY11-7082(50 μM)、TAK-242(50 μM)、Nec-1(30 μM)、GSK-872(50 μM);预处理时间(30min) 阅读提示:见2.8,4.8节,图9D-H |