OTUD7B在肥大心脏中的表达分析
探究OTUD7B在心肌肥大中的表达变化及细胞定位
分析公开转录组数据集,通过RT-qPCR、Western blot和免疫荧光检测人和小鼠心脏中OTUD7B的表达,并通过scRNA-seq和免疫荧光确定细胞类型。
Cardiomyocyte-derived OTUD7B promotes cardiac hypertrophy by deubiquitinating SERCA2a.
包含细胞实验、心肌细胞特异性敲除/过表达小鼠模型、定量泛素组学、机制验证及双重肥大模型,功能与机制验证齐全。
心肌细胞特异性OTUD7B敲除小鼠(OTUD7BCKO) 心肌细胞特异性OTUD7B过表达小鼠(OTUD7BOE) 新生大鼠心肌细胞 成年小鼠心肌细胞
OTUD7B在肥大心脏中的表达上调 OTUD7B去泛素化SERCA2a K628 SERCA2a-PLN相互作用 Ca2+处理功能 体内过表达验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究OTUD7B在心肌肥大中的表达变化及细胞定位
分析公开转录组数据集,通过RT-qPCR、Western blot和免疫荧光检测人和小鼠心脏中OTUD7B的表达,并通过scRNA-seq和免疫荧光确定细胞类型。
验证OTUD7B在体内对心脏肥大和功能障碍的功能影响
构建OTUD7BCKO小鼠,通过Ang II输注或TAC手术诱导心脏肥大,进行心脏超声、形态学、组织学及基因表达分析。
验证OTUD7B在心肌细胞中是否促进肥大及其催化活性依赖性
通过siRNA敲低或质粒过表达OTUD7B(野生型或突变体),在NRCMs中检测Ang II诱导的细胞大小和肥大标志物表达。
鉴定OTUD7B的底物并确定其相互作用结构域
通过定量泛素组学筛选底物,通过免疫共沉淀和免疫荧光验证OTUD7B与SERCA2a的相互作用,并确定OTU结构域为结合域。
确定OTUD7B对SERCA2a去泛素化的具体位点和链类型
通过体内泛素化实验和定点突变,验证OTUD7B去除SERCA2a K63连接的K628位点泛素。
研究OTUD7B对SERCA2a功能的影响
通过免疫共沉淀检测SERCA2a-PLN相互作用,分离成年小鼠心肌细胞测量Ca2+瞬变和收缩功能。
验证OTUD7B通过去泛素化SERCA2a K628促进心脏肥大
使用AAV9载体心肌细胞特异性过表达OTUD7B和SERCA2a(野生型或K628R),结合TAC模型评估心脏功能和肥大表型。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| Western blotting | GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 5174 |
| PLN抗体 | Cell Signaling Technology | 14562 | |
| 免疫染色 | F4/80抗体 | Abcam | ab6640 |
| Western blotting | SERCA2a抗体 | Abcam | ab3625 |
| 免疫染色 | α-actinin抗体 | Abcam | ab137346 |
| Western blotting | OTUD7B抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-514402 |
| Flag抗体 | Proteintech | 20543-1-AP | |
| Flag抗体 | Proteintech | 66008-4-Ig | |
| HA抗体 | Proteintech | 51064-2-AP | |
| HA抗体 | Proteintech | 66006-2-Ig | |
| Myc抗体 | Proteintech | 60003-2-Ig | |
| Myc抗体 | Proteintech | 16286-1-AP | |
| OTUD7B抗体 | Proteintech | 16605-1-AP | |
| 免疫染色 | 波形蛋白抗体 | Bioss | bs-0756R |
| Western blotting | MYH7抗体 | ABclonal | A7564 |
| ANP抗体 | ABclonal | A1609 | |
| 药物处理 | 血管紧张素II | MedChemExpress | HY-13948 |
| 他莫昔芬 | MedChemExpress | HY-13757A | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | BioChannel | BC-SE-FBS01 | |
| 青霉素/链霉素 | Invitrogen | -- | |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 2000 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Lipofectamine 3000 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 蛋白质提取 | 蛋白提取试剂 | Boster | AR0103 |
| 免疫共沉淀 | 蛋白A/G琼脂糖珠 | Beyotime | P2012 |
| RT-qPCR | RNAiso Plus | Takara | -- |
| PrimeScript RT试剂盒 | Takara | -- | |
| QuantStudio 3系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 组织学 | Masson三色染色 | Solarbio | G1340 |
| 小麦胚芽凝集素 | -- | -- | |
| 免疫荧光 | DAPI | -- | -- |
| 动物模型 | Alzet微渗透泵 | Alzet | -- |
| 血压测量 | BP-2010A | Softron | -- |
| 超声心动图 | Vevo 3100 | VisualSonics | -- |
| 显微镜 | Nikon 80i | Nikon | -- |
| 共聚焦显微镜 | Nikon A1 | Nikon | -- |
| 钙成像 | SpinSR | Olympus | -- |
| 钙瞬变测量 | MyoPacer EP细胞刺激器 | IonOptix | -- |
| IonOptix系统 | IonOptix | -- | |
| 细胞培养 | Fluo-4 AM | -- | -- |
| Fura-2-AM | -- | -- | |
| siRNA合成 | siRNA | Genepharma | -- |
| 质粒合成 | 质粒构建 | GENEWIZ | -- |
| AAV9载体 | AAV9载体 | Genechem | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 心脏肥大模型建立 | 小鼠品系、性别、年龄,他莫昔芬剂量和给药方式,Ang II剂量和输注时间,或TAC手术步骤 阅读提示:见材料和方法中的‘Animal experiments’部分,以及图2A和图3A的示意图 |
| 体外心肌细胞处理 | NRCMs的分离方法,Ang II浓度和刺激时间,转染试剂和siRNA/质粒浓度 阅读提示:见材料和方法中的‘Cell culture and transfection’部分,以及图4和图6的图注 |
| 泛素化实验 | 质粒共转染的组合,免疫沉淀抗体,泛素突变体(K48, K63),突变构建(K611R, K628R) 阅读提示:见材料和方法中的‘Western blotting and co-immunoprecipitation’部分,以及图6A-E的图注 |
| 钙处理测量 | 成年小鼠心肌细胞分离方法,荧光探针浓度和负载时间,电刺激频率,数据采集和分析参数 阅读提示:见材料和方法中的‘Intracellular Ca2+ detection’和‘Ca2+ transient measurement’部分,以及图5L-Q的图注 |