网络药理学与分子对接预测靶点
预测Hyp治疗LN的潜在核心靶点及结合模式。
通过SwissTargetPrediction预测Hyp靶点,GeneCards获取LN靶点,取交集得49个重叠靶点;构建PPI网络,筛选核心靶点(AKT1等);利用DAVID进行GO和KEGG富集分析;用AutoDock和PyMOL进行分子对接。
Hyperoside ameliorates lupus nephritis by suppressing AKT1-mediated PANoptosis in podocytes: integrating network pharmacology and experimental validation.
包含网络药理学、分子对接、体外细胞模型(MPC-5)及体内MRL/lpr小鼠模型,并进行了功能验证(AKT1敲低/过表达)和机制验证(PI3K/AKT通路)。
MPC-5小鼠足细胞 MRL/lpr小鼠狼疮模型 MRL/MpJ小鼠对照
Hyperoside剂量:50、100、200 mg/kg/天(口服灌胃6周) 免疫复合物(IC)处理足细胞:2 μg/mL dsDNA ICs处理24小时 AKT1敲低/过表达通过AAV尾静脉注射(shRNA/OE)或细胞转染 抑制剂量:VX-765 10 μM、Nec-1 20 μM、Z-VAD 5 μM
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测Hyp治疗LN的潜在核心靶点及结合模式。
通过SwissTargetPrediction预测Hyp靶点,GeneCards获取LN靶点,取交集得49个重叠靶点;构建PPI网络,筛选核心靶点(AKT1等);利用DAVID进行GO和KEGG富集分析;用AutoDock和PyMOL进行分子对接。
验证在LN中足细胞是否存在PANoptosis及其功能意义。
在MRL/lpr小鼠中检测肾病理(H&E)、蛋白尿、足细胞标志物(IHC)、PANoptosis标志物(IF/WB);在MPC-5细胞中用ICs刺激,并用不同抑制剂(VX-765、Nec-1、Z-VAD)处理,检测细胞死亡。
检测Hyp是否能抑制足细胞中的PANoptosis。
在ICs刺激和不同浓度Hyp处理下,检测细胞死亡(TUNEL、流式)、PANoptosis标志物(mRNA/蛋白)及IL-18分泌,并通过Co-IP检测PANoptosome装配。
验证Hyp在动物模型中是否缓解LN相关的肾损伤。
给MRL/lpr小鼠灌胃不同剂量Hyp或泼尼松6周,检测肾组织病理(H&E)、蛋白尿、细胞死亡(TUNEL)、足细胞标志物(IHC)、PANoptosis标志物(IF/WB)。
探究Hyp是否通过PI3K/AKT1通路调控PANoptosis。
检测MRL/lpr小鼠肾组织和MPC-5细胞中AKT1、p-AKT1、p-PI3K的表达,并用PI3K siRNA敲低进一步验证上游调控。
确定AKT1是否作为PANoptosis的上游调节因子参与LN。
在MRL/lpr小鼠中通过AAV敲低或过表达AKT1,检测肾病理和PANoptosis标志物;在MPC-5细胞中敲低或过表达AKT1,检测PANoptosis相关基因和蛋白表达。
验证Hyp对AKT1-PANoptosis轴的抑制作用。
在MRL/lpr小鼠中通过AAV过表达AKT1,并给予Hyp处理,检测肾损伤和PANoptosis标志物;在稳定过表达AKT1的MPC-5细胞中验证Hyp效果是否被逆转。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 金丝桃苷 | Shanghai Yuanye Bio-Technology Co., Ltd. | B20631 |
| 醋酸泼尼松片 | Tianjin Tianyao Pharmaceutical Co., Ltd. | H12020689 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Cytiva | SH30022.01 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099-141 | |
| 青霉素-链霉素 | Beyotime Biotechnology | C0222 | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 2307486 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Biosharp | BS350B |
| 细胞培养 | 胰蛋白酶 | Beyotime Biotechnology | C0201 |
| 磷酸盐缓冲液 | Cytiva | SH30256.01 | |
| RNA提取与qRT-PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018CN |
| PrimeScript™ RT反转录试剂盒(含gDNA Eraser) | TaKaRa | RR047A | |
| qRT-PCR | Novostart SYBR qPCR 预混液 | Novoprotein | E096-01B |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| ECL化学发光试剂盒 | Biosharp | BL520A | |
| 流式分析 | Annexin V-FITC/PI细胞凋亡检测试剂盒 | LiankeBio | AP101 |
| 动物实验 | MRL/MpJ小鼠 | Shanghai SLAC Laboratory Animal Co., Ltd. | SCXK(Hu)2022-0004 |
| MRL/lpr小鼠 | Shanghai SLAC Laboratory Animal Co., Ltd. | SCXK(Hu)2022-0004 | |
| 免疫组化 | 抗Synaptopodin抗体 | Proteintech | 21064-1-AP |
| 抗Nephrin抗体 | Bioss | bs-10233R | |
| 抗Podocalyxin抗体 | Bioss | bs-1345R | |
| 抗Podocin抗体 | Bioss | bs-6597R | |
| 免疫荧光 | 抗NLRP3抗体 | Affinity | DF7438 |
| 抗RIPK3抗体 | Bioss | bs-3551R | |
| 抗Caspase-9抗体 | Bioss | bs-0049R | |
| TUNEL染色 | TUNEL检测试剂盒 | Elabscience | E-CK-A320 |
| 尿蛋白检测 | 尿蛋白检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | C035-2-1 |
| 细胞培养 | 小鼠足细胞MPC-5 | iCell Bioscience Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 网络药理学分析 | Hyp靶点预测概率>0,LN相关靶点评分高于中位数,重叠靶点筛选 阅读提示:Materials and Methods 2.1 |
| 分子对接 | 结合能低于-5 kcal/mol,采用AutoDock Vina默认参数 阅读提示:Materials and Methods 2.1,Figure 2 |
| 细胞培养与IC刺激 | MPC-5细胞培养条件,IC浓度2 μg/mL处理24小时,siRNA/质粒转染试剂及条件 阅读提示:Materials and Methods 2.3, 2.4, Results 3.2 |
| 体外PANoptosis抑制实验 | 抑制剂浓度:VX-765 10μM、Nec-1 20μM、Z-VAD 5μM,预处理时间,细胞死亡检测方法 阅读提示:Results 3.2, Figure 3K |
| 动物实验 | MRL/lpr小鼠雌性8周龄,分组及剂量:Hyp 50/100/200 mg/kg,Pred 5 mg/kg,灌胃6周,麻醉处死方法 阅读提示:Materials and Methods 2.9 |
| AKT1体内敲低/过表达 | AAV注射剂量200 μL(尾静脉),注射时间点(10周龄),实验周期(敲低8周,过表达4周后加Hyp处理4周) 阅读提示:Materials and Methods 2.10 |
| 肾组织病理与功能检测 | H&E、IHC、IF、TUNEL、尿蛋白检测方法及抗体稀释度(文中未明确说明) 阅读提示:Materials and Methods 2.11 |
| 统计分析方法 | 独立样本t检验、单因素方差分析,p<0.05,软件SPSS 26.0 阅读提示:Materials and Methods 2.12 |