转录组分析
识别PVNS与OA滑膜之间的差异表达基因和富集通路,探究其生物学特征
从GEO下载GSE3698、GSE175626、GSE176133的基因表达数据,使用limma识别DEGs,通过GSEA和KEGG分析功能富集。
Mechanistic Study of CD90-Positive Synovial Fibroblasts in the Invasion and Recurrence of Pigmented Villonodular Synovitis.
研究包含整合转录组分析、CIBERSORT免疫浸润评估、免疫组化/免疫荧光验证、原代细胞培养、流式分选、Transwell、伤口愈合和Western blot等体外功能与机制验证,但缺乏体内动物模型验证。
PVNS患者滑膜组织 OA患者滑膜组织 PVNS和OA来源的原代滑膜成纤维细胞(FLSs) GEO数据集(GSE3698, GSE175626, GSE176133, GSE155527)
PVNS与OA滑膜组织的样本来源及纳入排除标准 CD90和PDPN双阳性FLSs的鉴定方法和流式分选纯度(>95%) Transwell迁移和侵袭实验的细胞数量(4×10^4或2×10^4)、处理时间(12小时)和基质胶浓度 Western blot检测的蛋白(MMP9、M-CSF、IL-1β、TNF-α、OPG)及其抗体来源和稀释度 scRNA-seq数据处理的质控标准和聚类方法(Seurat、t-SNE)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别PVNS与OA滑膜之间的差异表达基因和富集通路,探究其生物学特征
从GEO下载GSE3698、GSE175626、GSE176133的基因表达数据,使用limma识别DEGs,通过GSEA和KEGG分析功能富集。
评估PVNS与OA滑膜中免疫细胞浸润差异
使用CIBERSORT算法计算GSE3698中22种免疫细胞比例,并通过免疫组化验证CD206(M2巨噬细胞)和CXCR2(中性粒细胞)的表达。
在单细胞水平鉴定PVNS滑膜中的细胞亚群和CD90+PDPN+ FLSs比例
分析scRNA-seq数据GSE155527,使用Seurat包进行质量控制、聚类和注释,鉴定16个细胞亚群,并通过免疫荧光验证CD90和PDPN表达。
比较PVNS和OA来源的FLSs在迁移和侵袭能力上的差异
从PVNS和OA滑膜中分离FLSs,通过流式分选获得CD90+PDPN+细胞,进行Transwell迁移和侵袭实验以及伤口愈合实验。
验证CD90+PDPN+ FLSs中炎症和骨吸收相关蛋白的表达水平
提取PVNS和OA FLSs的总蛋白,通过Western blot检测CD90, PDPN, IL-1β, TNF-α, M-CSF, MMP9, OPG的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞分离与培养 | I型胶原酶 | Solarbio | C8140 |
| 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | C11995500BT | |
| 胎牛血清 | Invitrogen | 10099141C | |
| 免疫组化/免疫荧光染色 | 胰蛋白酶 | Gibco | 25200072 |
| 抗人CD90抗体 | Proteintech | 66766-1-Ig | |
| 抗人PDPN抗体 | Proteintech | 11629-1-AP | |
| 抗人CD206抗体 | Proteintech | 18704-1-AP | |
| 抗人CXCR2抗体 | Proteintech | 20634-1-AP | |
| Alexa Fluor Plus 488山羊抗兔IgG | Bioss | bs-0295G-BF488 | |
| Alexa Fluor Plus 594山羊抗小鼠IgG | Bioss | bs-0296G-BF594 | |
| 辣根过氧化物酶标记山羊抗兔IgG | Fdbio Science | FDR007 | |
| 辣根过氧化物酶标记山羊抗小鼠IgG | Fdbio Science | FDM007 | |
| 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | Solarbio | S2110 | |
| 曲拉通X-100 | Biofroxx | 1139ML100 | |
| 流式细胞术与细胞分选 | 抗CD90抗体 | BioLegend | 328107 |
| 抗PDPN抗体 | BioLegend | 337021 | |
| 细胞培养 | 牛血清白蛋白 | MRC | CCS30014.01D |
| 迁移和侵袭实验 | Transwell板 | FALCON | REF353097 |
| 基质胶 | Biosharp | BL1834B | |
| Western Blot | RIPA裂解液 | Fdbio Science | FD008 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Fdbio Science | FD1001 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Abbkine | KTD3010 | |
| 抗人M-CSF抗体 | Abcam | ab233387 | |
| 抗人OPG抗体 | Affinity | DF6824 | |
| 抗人MMP9抗体 | Proteintech | 10375-2-AP | |
| 抗人TNF-α抗体 | Proteintech | 60291-1-Ig | |
| 抗人IL-1β抗体 | Proteintech | 26048-1-AP |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本收集 | PVNS、OA和ACL损伤患者的纳入标准、样本数量(6例PVNS、6例OA、3例ACL)以及滑膜采集部位和手术类型 阅读提示:Materials and Methods: Patients |
| 细胞分离与培养 | 酶消化方法(2 mg/mL I型胶原酶,37°C,2-4小时),培养基成分(高糖DMEM、10% FBS、100 U/mL青霉素、100 μg/mL链霉素),培养条件(37°C, 5% CO2),流式分选纯度(>95%) 阅读提示:Materials and Methods: Cell Isolation and Culture |
| Transwell迁移和侵袭实验 | 细胞数量(迁移2×10^4,侵袭4×10^4),Matrigel量(25 μg),处理时间(12小时),下室血清浓度(10% FBS) 阅读提示:Materials and Methods: Migration and Invasion Assays |
| Western Blot分析 | 细胞数量(2×10^6),裂解液成分(RIPA:蛋白酶抑制剂:PMSF = 100:1:1),抗体稀释度(如PDPN 1:2000, CD90 1:1000等) 阅读提示:Materials and Methods: Western Blot Analysis |
| 流式细胞术 | 抗体用量(5 μL/百万细胞),固定条件(4%甲醛,室温15分钟),洗涤缓冲液配方(0.5 g BSA + 50 mL PBS) 阅读提示:Materials and Methods: Flow Cytometry and Cell Sorting |