单细胞测序数据分析
评估AD患者外周血中Th17细胞比例是否增加。
下载GSE181279数据集,用Seurat处理scRNA-seq数据,注释细胞类型,比较AD与对照组中CD4+ T细胞及Th17相关基因表达比例。
Myricetin Suppresses Inflammatory Th17 Polarization to Mitigate Alzheimer's Disease Pathogenesis.
包含虚拟筛选与分子动力学模拟、体外Th17极化与机制验证(ChIP、EMSA、MST)、体内AD小鼠模型行为学与病理学检测,多层级功能与机制验证。
3xTg-AD小鼠模型(APPSwe, tauP301L)PS1tm1 CD4+幼稚T细胞体外Th17极化模型 AD患者外周血单核细胞(scRNA-seq数据)
AD小鼠模型:雌性3xTg-AD小鼠,8-10周龄(购买时),8月龄开始给药,持续8周 杨梅素给药剂量:50 mg/kg/天,灌胃,溶解于0.5% CMC-Na 体外Th17极化:CD4+ T细胞培养3天,加细胞因子,杨梅素浓度100 μM处理24小时 RORγt结合亲和力:Kd = 6.40 μM(MST),结合能 -7.42 kcal/mol(对接) 行为学测试:新物体识别(NOR)和水迷宫(MWM),每组n=10
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估AD患者外周血中Th17细胞比例是否增加。
下载GSE181279数据集,用Seurat处理scRNA-seq数据,注释细胞类型,比较AD与对照组中CD4+ T细胞及Th17相关基因表达比例。
识别潜在的RORγt抑制剂,并验证其结合稳定性。
从ZINC15数据库筛选47,963个化合物,用Glide HTVS、SP和XP对接,进行100 ns分子动力学模拟,计算结合能。
评估杨梅素对AD小鼠认知功能和病理的影响。
对3xTg-AD小鼠灌胃杨梅素(50 mg/kg/天)8周,进行NOR和MWM行为测试,并通过HE、Nissl、ThT染色、IHC、Western blot等检测病理和分子标志物。
验证杨梅素对Th17极化的抑制作用及其分子机制。
分离CD4+ T细胞,在Th17极化条件下培养,加或不加杨梅素,检测IL-17A阳性细胞比例、IL-17A分泌及mRNA水平;通过ChIP、双荧光素酶、EMSA、MST验证杨梅素与RORγt的结合及其对RORγt-DNA结合的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 虚拟筛选与分子模拟 | ZINC15数据库 | -- | -- |
| Schrödinger软件 | Schrödinger | -- | |
| Desmond | Schrödinger | -- | |
| 动物实验 | 3xTg-AD小鼠(B6-Tg(APPSwe,tauP301L)PS1tm1) | HFK Bioscience Co. Ltd. | -- |
| 杨梅素 | Macklin Co. | M813619 | |
| 动物实验(灌胃) | 羧甲基纤维素钠 | -- | -- |
| 体外Th17极化 | 磁珠细胞分选试剂盒 | Miltenyi | 130-104-453 |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 谷氨酰胺 | -- | -- | |
| β-巯基乙醇 | -- | -- | |
| 非必需氨基酸 | -- | -- | |
| 抗CD3和抗CD28包被磁珠 | Thermo Fisher Scientific Inc. | 11452D | |
| 白细胞介素-2 | -- | -- | |
| 白细胞介素-6 | -- | -- | |
| 转化生长因子-β | -- | -- | |
| 白细胞介素-23 | -- | -- | |
| 抗IL-4抗体 | -- | -- | |
| 抗干扰素-γ抗体 | BD Bioscience | -- | |
| 组织染色 | 甲苯胺蓝 | -- | -- |
| 硫黄素T | -- | -- | |
| 免疫组化 | Iba-1抗体 | WAKO | 019-19741 |
| Aβ抗体 | Abcam | ab201061 | |
| GFAP抗体 | Abcam | ab207165 | |
| APP抗体 | Proteintech | 255241-AP | |
| 磷酸化tau抗体 | Proteintech | 28666-1-AP | |
| RORγt抗体 | Bioss | bs-10647R | |
| IL-17A抗体 | Bioss | bs-2140R | |
| Western blot | GAPDH抗体 | Beyotime | AF2819 |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| QuantScript逆转录试剂盒 | Tiangen | KR103 | |
| SYBR Green实时荧光定量PCR试剂盒 | Roche | 04707516001 | |
| LightCycler 480系统 | Roche | -- | |
| 流式细胞术 | Percoll分离液 | TBD | LTS1092 |
| 抗IL-17A抗体 | Invitrogen | 17-7177-81 | |
| 抗RORγt抗体 | Abcam | ab104906 | |
| 流式细胞仪 | Sysmex | -- | |
| ELISA | IL-17A ELISA试剂盒 | Jonln bio. | JL20251 |
| 可溶性Aβ ELISA试剂盒 | Jonln bio. | JL11386 | |
| ChIP | EZ-ChIP试剂盒 | Sigma-Aldrich | 17-371 |
| 双荧光素酶报告 | pGL4.20[luc2Puro]载体 | -- | -- |
| PRL-TK Renilla载体 | -- | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 双荧光素酶报告检测系统 | Promega | E1910 | |
| EMSA | RORγt抗体 | Bioss | bs-10647R |
| 生物素标记探针 | Sangon | -- | |
| MST | 纯化RORγt蛋白 | CUSABIO | CSB-MP020071MO |
| Monolith NT蛋白质标记试剂盒RED | NanoTemper Technologies | -- | |
| Monolith NT.115仪器 | NanoTemper Technologies | -- | |
| 显微镜 | 奥林巴斯显微镜 | Olympus | -- |
| 切片扫描 | 奥林巴斯SlideView VS200切片扫描仪 | Olympus | -- |
| 图像分析 | ImageJ软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 虚拟筛选与分子模拟 | 筛选化合物库来源和数量(ZINC15,47,963个化合物);RORγt蛋白结构来源(PDB);虚拟筛选软件模块(Glide HTVS, SP, XP);分子动力学模拟参数(100 ns,TIP3P水模型) 阅读提示:Materials and Methods 2.2-2.4 |
| 体内动物实验 | 3xTg-AD小鼠背景和性别(雌性,8-10周龄购买,8月龄开始给药);给药途径和剂量(灌胃,50 mg/kg/天);给药时长(8周);行为测试方案(NOR和MWM的具体参数);样本量(行为n=10,病理n=5) 阅读提示:Materials and Methods 2.5, 2.7, 2.8;Figure legends 2-4 |
| 体外Th17极化 | CD4+ T细胞分离方法(磁珠分选);极化条件(细胞因子和抗体浓度);培养时间(3天);杨梅素处理浓度和时间(100 μM,24小时) 阅读提示:Materials and Methods 2.6;Figure 5 |
| 分子机制验证 | ChIP实验条件(EZ-ChIP试剂盒,引物序列);双荧光素酶报告(pGL4.20载体,内参);EMSA探针序列和竞争实验;MST结合实验(Kd = 6.40 μM) 阅读提示:Materials and Methods 2.17-2.21;Figure 5F-I |
| 病理检测 | 染色方法(HE, Nissl, ThT, IHC);抗体信息和稀释度(需核对原文);图像定量分析方法(ImageJ) 阅读提示:Materials and Methods 2.9-2.12;Figures 3-4 |