人类样本分析
比较急性血栓和CTEPH血栓的组织学和分子特征
对急性PE(n=6)和CTEPH(n=6)患者的血栓组织进行HE、Masson染色、免疫荧光(CD68、α-SMA)和Western blot(IL-4、IL-13、TGF-β1、SPHK1)分析。
SPHK1-mediated M2 macrophage polarization drives TGF-β1-dependent thrombus fibrosis.
包含人类样本组织学、scRNA-seq、大鼠IVC结扎模型、BMDM敲低和共培养实验及药理抑制验证,涉及体外、体内和临床样本多个层级。
人血栓组织(急性PE和CTEPH) 大鼠IVC结扎血栓模型 大鼠骨髓来源巨噬细胞(BMDMs) 大鼠血栓组织来源成纤维细胞
SPHK1抑制剂PF543的剂量为5 mg/kg,腹腔注射,每日一次,持续7或14天 用于诱导M2极化的IL-4浓度为20 ng/mL,处理时间为48小时 M2巨噬细胞条件培养基(M2-CM)刺激成纤维细胞48小时 TGF-β1受体抑制剂SB525334的使用 IVC结扎后血栓组织收集时间点为第2、3、7、14天(不同实验)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较急性血栓和CTEPH血栓的组织学和分子特征
对急性PE(n=6)和CTEPH(n=6)患者的血栓组织进行HE、Masson染色、免疫荧光(CD68、α-SMA)和Western blot(IL-4、IL-13、TGF-β1、SPHK1)分析。
表征血栓中免疫细胞异质性并鉴定SPHK1在巨噬细胞亚群中的表达
对3例CTEPH和6例急性PE患者的血栓组织进行scRNA-seq,聚类分析、亚聚类和拟时序分析。
评估SPHK1抑制剂PF543对血栓纤维化和巨噬细胞极化的影响
通过IVC结扎建立大鼠血栓模型,给予PF543(5 mg/kg,腹腔注射,每日一次)或生理盐水,在指定时间点收集血栓组织进行HE、Masson、IF(α-SMA)、IHC(TGF-β1)和流式细胞术(CD163+ M2巨噬细胞)分析。
验证SPHK1对M2巨噬细胞极化和促纤维化功能的影响
从大鼠骨髓分离BMDMs,用M-CSF分化,IL-4刺激诱导M2极化,siRNA敲低SPHK1,通过RNA-seq、RT-qPCR、Western blot检测基因和蛋白表达。
验证M2巨噬细胞通过TGF-β1依赖机制促进成纤维细胞活化
收集M2巨噬细胞条件培养基(M2-CM),处理成纤维细胞,并用TGF-β1受体抑制剂SB525334进行干预,检测α-SMA表达和STAT3磷酸化水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织染色 | Masson三色染色试剂盒 | Solarbio | -- |
| 细胞培养 | 巨噬细胞集落刺激因子 | Novoprotein | C470 |
| 白细胞介素-4 | PeproTech | 400-04 | |
| 组织消化 | 组织解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- |
| GentleMACS组织解离器 | Miltenyi Biotec | -- | |
| 免疫荧光 | 抗CD206抗体 | Cst | 24595 |
| 抗CD68抗体 | Abcam | Ab303565 | |
| 抗iNOS抗体 | Abcam | ab283655 | |
| 抗SphK1抗体 | Proteintech | 10670-1-AP | |
| 抗α-SMA抗体 | Abcam | ab124964 | |
| 免疫组化 | 抗TGF-β1抗体 | Proteintech | 21898-1-AP |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| ECL底物 | Meilunbio | MA0186-1 | |
| 化学发光成像系统 | Saivill | SCG-W3000 | |
| 抗SPHK1抗体 | Proteintech | 10670-1-AP | |
| 抗CD68抗体 | Abcam | ERP23917-164 | |
| 抗CD206抗体 | CST | 24595 | |
| 抗iNOS抗体 | Abcam | EPR16635 | |
| 抗精氨酸酶-1抗体 | CST | 93668 | |
| 抗TGF-β1抗体 | Abcam | EPR21143 | |
| 抗α-SMA抗体 | Huabio | ET1607-53 | |
| 抗MMP9抗体 | Abcam | RM1020 | |
| 抗磷酸化STAT3 (Tyr705)抗体 | CST | 9145 | |
| 抗STAT3抗体 | CST | 12640 | |
| RT-qPCR | 快速RNA提取试剂盒 | -- | AG21023 |
| Evo M-MLV反转录预混试剂盒 | -- | AG11728 | |
| SYBR® Green Pro Taq HS预混qPCR试剂盒 | -- | AG11718 | |
| 流式细胞术 | CD11b-FITC抗体 | Biolegend | 201805 |
| CD68-APC抗体 | Bioss | bs-20403R | |
| CD163-RY610抗体 | BD OptiBuild | 759119 | |
| 7-AAD | MultiScience | AP104 | |
| ELISA | 大鼠TGF-β1 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-0162 |
| 药物处理 | PF543 | -- | PF-543 |
| 细胞处理 | SB525334 | -- | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA质量评估 | 2100 Expert生物分析仪 | Agilent | -- |
| RNA测序 | Illumina HiSeq 2000测序平台 | Illumina | -- |
| 全切片扫描 | 全景SCAN II扫描仪 | 3D HISTECH | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人类样本分析 | 急性PE和CTEPH患者的血栓样本数量(各6例)及CTEPH样本的GEO编号(GSE224143) 阅读提示:Materials and methods: Human thrombus sample collection and processing; Results: Figure 1 legend |
| 单细胞测序 | 样本数量(3例CTEPH和6例急性PE)、聚类分辨率(1.2)、批次校正软件(Harmony)、基因表达筛选阈值(线粒体基因含量>10%排除) 阅读提示:Materials and methods: Single-cell RNA sequencing and data analysis |
| 大鼠模型 | IVC结扎方法、PF543剂量(5 mg/kg)、给药方式(腹腔注射)和频率(每日一次)、治疗时间(7或14天),对照组为生理盐水 阅读提示:Materials and methods: Animal model and thrombus tissue collection; Results: Figure 6A |
| BMDM培养与极化 | M-CSF浓度(20 ng/mL)、IL-4浓度(20 ng/mL)、极化时间(48小时)、BMDM分化时间(7天) 阅读提示:Materials and methods: Isolation of rat bone marrow-derived macrophages and induction of M2 polarization |
| 共培养实验 | M2-CM制备(48小时)、成纤维细胞处理时间(48小时)、SB525334浓度(文中未明确说明) 阅读提示:Materials and methods: Co-culture system; Table 1 |