网络药理学预测
预测SH治疗ARS的潜在靶点和信号通路。
利用SwissTargetPrediction预测SH靶点,从GeneCards、OMIM和DrugBank获取ARS相关基因,取交集后构建PPI网络并进行GO和KEGG富集分析。
Dual Effects of Sodium Houttuyfonate Against Acute Rhinosinusitis: Antibacterial Action and Epithelial Barrier Repair Through the p38 MAPK/ERK Pathway.
包含网络药理学预测、体内大鼠模型(症状、CT、病理、ELISA、qPCR)及体外细胞模型(CCK-8、Western blot、qPCR)等多层级验证,并涉及功能验证和机制验证。
金黄色葡萄球菌诱导的急性鼻窦炎大鼠模型 LPS刺激的人鼻上皮细胞(HNEpC)损伤模型
SH剂量:25、50、100 mg/kg(大鼠) SH浓度:60 μM(体外) LPS浓度:10 μg/mL(体外) MAPK调节剂:SB203580(10 μM)和Anisomycin(10 μM) 干预时间:LPS刺激6小时,SH预处理1小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测SH治疗ARS的潜在靶点和信号通路。
利用SwissTargetPrediction预测SH靶点,从GeneCards、OMIM和DrugBank获取ARS相关基因,取交集后构建PPI网络并进行GO和KEGG富集分析。
模拟细菌性急性鼻窦炎的病理过程。
将无菌Merocel海绵插入大鼠右鼻腔,并滴入10 μL金黄色葡萄球菌悬液(1.2×10^9 CFU/mL)诱导感染。
评估SH对ARS大鼠的治疗效果。
造模成功后,大鼠分组并给予不同剂量SH(25、50、100 mg/kg)或阳性药物,通过症状评分、CT、组织病理、ELISA、qPCR和免疫组化评估。
在细胞水平验证SH对LPS诱导的HNEpC损伤的保护作用。
HNEpC细胞用LPS(10 μg/mL)刺激6小时,并分别用SH(60 μM)、SB203580(10 μM)、Anisomycin(10 μM)或SH+Anisomycin预处理1小时,然后检测细胞活力、形态和信号通路。
验证SH是否通过抑制p38 MAPK/ERK通路发挥抗炎作用。
通过Western blot检测p-p38、p-ERK水平,通过qPCR检测IL-1β和IL-6 mRNA表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 网络药理学预测 | Marvin | -- | -- |
| SwissTargetPrediction | -- | -- | |
| GeneCards | -- | -- | |
| OMIM | -- | -- | |
| DrugBank | -- | -- | |
| STRING | -- | -- | |
| Cytoscape 3.10.2 | -- | -- | |
| DAVID | -- | -- | |
| 动物实验 | Merocel鼻海绵 | -- | -- |
| 鱼腥草素钠 | 上海源叶生物科技有限公司 | 83766-73-8 | |
| 阿莫西林克拉维酸钾片 | 鲁南贝特制药有限公司 | H20053424 | |
| 桉油精、柠檬烯、蒎烯肠溶胶囊 | 北京九和制药有限公司 | H20052401 | |
| 小动物活体micro-CT成像系统(Quantum GX) | Quantum GX | -- | |
| 精密pH试纸 | Sanaisi | -- | |
| 兽用全自动血液分析仪(BC-30Vet) | Mindray | -- | |
| ELISA分析 | IL-1β ELISA试剂盒 | RUIXIN | RX302869R |
| IL-6 ELISA试剂盒 | RUIXIN | RX302870R | |
| IL-4 ELISA试剂盒 | RUIXIN | RX302872R | |
| 免疫组织化学 | TNF-α抗体 | Bioss | BS-10802R |
| ICAM-1抗体 | Proteintech | 16174-1-AP | |
| 组织病理学 | RNAex试剂 | Accurate Biology | AG21101 |
| qRT-PCR | RNA提取试剂盒 | Accurate Biology | AG21101-C |
| 逆转录试剂盒 | Accurate Biology | AG11728 | |
| SYBR Green Premix Pro Taq HS qPCR试剂盒 | Accurate Biology | AG11718 | |
| QuantStudio 5实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| NanoDrop分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞培养 | MEM培养基 | BasaMedia | L550KJ |
| 胎牛血清 | BDBIO | F801-500 | |
| 细胞活力测定 | CCK-8试剂盒 | Biosharp | BS350B |
| 细胞处理 | 脂多糖 | Sigma-Aldrich | 93572-42-0 |
| SB203580 | MedChemExpress | 152121-47-6 | |
| 茴香霉素 | MedChemExpress | 22862-76-6 | |
| Western blot | 磷酸化p38抗体 | Abcam | ab178867 |
| p38抗体 | Abcam | ab170099 | |
| 磷酸化ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| β-微管蛋白抗体 | Proteintech | 10068-1-AP | |
| 山羊抗兔IgG | Immunoway | RS0002 | |
| BCA蛋白测定试剂盒 | Beyotime | P0012-1 | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8.0 | GraphPad | -- |
| 图形摘要 | BioRender | BioRender | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 网络药理学预测 | 数据库版本和参数,如STRING最小交互评分0.9 阅读提示:Materials and Methods中的Network Pharmacology Prediction部分 |
| 建立ARS大鼠模型 | 金黄色葡萄球菌浓度(1.2×10^9 CFU/mL),给药体积(10 μL),造模时间(1周) 阅读提示:Materials and Methods中的Establishment and Grouping of ARS Rat Models部分 |
| 动物分组与给药 | SH剂量(25/50/100 mg/kg),阳性药物剂量(AMC 116 mg/kg,ELAP-EC 92.5 mg/kg),给药途径(口服) 阅读提示:Materials and Methods中的Establishment and Grouping of ARS Rat Models部分 |
| CT成像 | 设备型号(Quantum GX)及扫描参数 阅读提示:Materials and Methods中的CT Imaging of the Paranasal Sinuses部分 |
| pH测量 | 试纸品牌和型号,插入时间(10秒) 阅读提示:Materials and Methods中的Measurement of Nasal Secretion PH部分 |
| 血液学分析 | 血样采集量(1-2 mL),分析仪型号(BC-30Vet),检测参数(WBC、NEU、LYM、MONO) 阅读提示:Materials and Methods中的Detection of Hematological部分 |
| ELISA | 血清制备离心条件(3000 rpm,10分钟,4°C),试剂盒货号(RX302869R等) 阅读提示:Materials and Methods中的ELISA Analysis部分 |
| 免疫组织化学 | 一抗稀释比(1:1000),抗原修复条件(微波加热,柠檬酸盐缓冲液pH 6.0) 阅读提示:Materials and Methods中的Immunohistochemistry of Sinonasal Mucosa Tissue部分 |
| 组织病理学 | 固定液(4%多聚甲醛,2.5%戊二醛),切片厚度等 阅读提示:Materials and Methods中的Histopathological Analysis of Sinonasal Mucosal Tissue部分 |
| qRT-PCR(组织) | RNA提取试剂(RNAex),逆转录和qPCR试剂盒货号,内参基因(GAPDH) 阅读提示:Materials and Methods中的Quantification of mRNA Expression in Sinonasal Mucosa of ARS Rats部分 |
| 细胞培养与处理 | 细胞系(HNEpC)来源和编号(BNCC356247),培养基(MEM+10% FBS),LPS浓度(10 μg/mL)和刺激时间(6小时) 阅读提示:Materials and Methods中的Cell Culture和Cell Treatment部分 |
| CCK-8测定 | 细胞密度(5000/孔),SH浓度梯度(0-240 μM),LPS浓度(10 μg/mL),孵育时间 阅读提示:Materials and Methods中的CCK-8测定部分 |
| Western blot | 蛋白上样量(30 μg),一抗稀释比,检测蛋白(p38、p-p38、ERK、p-ERK) 阅读提示:Materials and Methods中的Western Blot部分 |