小鼠感染模型建立与表型分析
建立PCV2感染的小鼠模型,观察病毒复制和脾脏病理变化。
BALB/c小鼠腹腔注射PCV2或PBS,检测血清和器官病毒载量,进行脾脏组织学观察。
PCV2 Infection Represses the Differentiation of Light Zone Germinal Center B Cells by Inhibiting Their Interaction with Helper Cells.
研究包含scRNA-seq、流式细胞术、RT-qPCR、Western blot及小鼠模型,涵盖体外和体内验证,且包含功能验证与机制验证。
BALB/c小鼠PCV2感染模型 小鼠脾脏B细胞
PCV2感染剂量:105 TCID50/500 μL,腹腔注射 感染时间:28天 对照组:PBS注射 样本量:每组3只小鼠(流式和测序) 检测指标:B细胞亚群比例、功能基因表达、细胞间相互作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立PCV2感染的小鼠模型,观察病毒复制和脾脏病理变化。
BALB/c小鼠腹腔注射PCV2或PBS,检测血清和器官病毒载量,进行脾脏组织学观察。
鉴定脾脏细胞类型和B细胞亚群,比较PCV2感染组和对照组的细胞组成变化。
取脾脏制备单细胞悬液,进行10x Genomics scRNA-seq,使用Seurat进行聚类和注释。
验证PCV2感染对B细胞亚群比例的影响。
脾脏淋巴细胞染色,检测初始B细胞、GC B细胞、记忆B细胞、浆细胞及GC B细胞亚群。
评估PCV2感染对B细胞功能基因表达的影响。
流式分选初始B细胞、GC B细胞、LZ GC B细胞,提取RNA或蛋白,进行RT-qPCR和Western blot。
分析PCV2感染对B细胞与辅助细胞间信号交流的影响。
使用CellChat分析scRNA-seq数据推断细胞间配体-受体相互作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | ExCell | FSP500 | |
| 病毒检测 | 病毒RNA/DNA提取试剂盒Ver.5.0 | Takara | 9766 |
| qPCR | 通用SYBR Green快速qPCR预混液 | ABclonal | RK21203 |
| 单细胞悬液制备 | IV型胶原酶 | -- | -- |
| 木瓜蛋白酶 | -- | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶I | -- | -- | |
| 红细胞裂解液 | Miltenyi Biotec | 130-094-183 | |
| 死细胞去除磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-090-101 | |
| 单细胞测序 | 10x Genomics Chromium单细胞3'试剂盒(V3) | 10x Genomics | -- |
| Illumina NovaSeq 6000测序系统 | Illumina | -- | |
| 细胞分离 | 小鼠脾脏淋巴细胞分离试剂盒 | Solarbio | P8860 |
| 流式细胞术 | 染色缓冲液 | Biolegend | 420201 |
| PE/Cyanine7抗B220抗体 | Biolegend | 103222 | |
| PE抗CD138抗体 | Biolegend | 142503 | |
| PerCP/Cyanine5.5抗CD38抗体 | Biolegend | 102721 | |
| APC抗GL7抗体 | Biolegend | 144617 | |
| FITC抗CD86抗体 | Biolegend | 105109 | |
| APC/Cyanine7抗CXCR4抗体 | Biolegend | 146523 | |
| FITC抗Ki67抗体 | Biolegend | 151211 | |
| APC抗IgD抗体 | Elabscience | E-AB-F1189E | |
| FITC抗IgM抗体 | Elabscience | E-AB-F1190C | |
| FITC抗IgG抗体 | Biolegend | 406001 | |
| 抗ZNF318抗体 | Biorbyt | orb1088967 | |
| APC抗兔IgG抗体 | R&D Systems | F0111 | |
| 固定液 | Bioss | CO3-02001 | |
| 胞内染色透化洗涤缓冲液 | Biolegend | B205349 | |
| RT-qPCR | 无RNA酶DNA酶 | Roche | 4716728001 |
| HiScript RT SuperMix qPCR反转录预混液 | Vazyme | R323-01 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白上样缓冲液 | Beyotime | PP117-01 | |
| 抗MHC II类抗体 | abcam | ab139365 | |
| 抗MYC抗体 | abcam | ab195207 | |
| 抗AICDA抗体 | Immunoway | YT5566 | |
| 抗BACH2抗体 | Immunoway | YN16971 | |
| HRP抗大鼠IgG H&L抗体 | abcam | ab205720 | |
| HRP抗兔IgG H&L抗体 | Thermo Fisher | 31460 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 病毒制备与感染 | PCV2毒株(GenBank MH492006),感染剂量105 TCID50/500 μL腹腔注射,对照组PBS 500 μL,感染周期28天 阅读提示:材料与方法:病毒、细胞和动物;小鼠实验;图1A |
| 单细胞测序 | 小鼠脾脏单细胞悬液制备,细胞活力(对照组93.4%,PCV2组94.4%),细胞浓度(1060 cells/μL对照,1070 cells/μL PCV2),捕获细胞数(9665对照,6477 PCV2),测序平台和深度(NovaSeq 6000,20,000 reads/cell) 阅读提示:材料与方法:组织解离与单细胞悬液制备;Chromium 10x Genomics文库和测序 |
| 流式细胞术 | 抗体克隆号及荧光标记(如B220, CD138, CD38, GL7, CD86, CXCR4),染色条件(室温避光30分钟),细胞分选和检测仪器(BD FACSAria III, Agilent NovoCyte),数据分析软件(De Novo) 阅读提示:材料与方法:流式细胞术检测和分离细胞;表1及正文 |
| RT-qPCR | 引物序列(表S2),内参基因Gapdh,反应条件(预变性95°C 3min;95°C 5s,60°C 30s,45循环) 阅读提示:材料与方法:定量RT-PCR;表S2 |
| Western blot | 裂解液(RIPA含PMSF),上样缓冲液,抗体信息(见表),封闭条件(5% BSA,2小时),一抗孵育(4°C过夜),二抗孵育(室温2小时) 阅读提示:材料与方法:Western blotting |