临床样本中CYP1A1编辑水平检测
验证CYP1A1_I462V RNA编辑在NSCLC患者中的存在及其与临床病理特征的相关性。
对34对NSCLC组织和癌旁组织、103例NSCLC患者血清和87例健康对照血清进行Sanger测序和qRT-PCR检测,分析编辑水平与肿瘤分期、复发及预后的关系。
A novel mechanism for A-to-I RNA-edited CYP1A1 in promoting cancer progression in NSCLC.
包含临床样本分析、细胞功能实验、动物模型、RNA测序、蛋白质组学及机制验证等多层级证据。
NSCLC患者组织及血清样本 A549、H1299、95D等肺癌细胞系 皮下及原位异种移植瘤裸鼠模型 293T细胞
CYP1A1_I462V RNA编辑在A549和H1299细胞中的过表达 使用CRISPR/Cas9在A549细胞中引入I462V点突变 皮下及原位移植瘤模型中使用A549和A549I462V细胞 AKT抑制剂OXA处理A549I462V细胞 细胞培养条件:37℃、5% CO2,RPMI 1640培养基+10% FBS
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证CYP1A1_I462V RNA编辑在NSCLC患者中的存在及其与临床病理特征的相关性。
对34对NSCLC组织和癌旁组织、103例NSCLC患者血清和87例健康对照血清进行Sanger测序和qRT-PCR检测,分析编辑水平与肿瘤分期、复发及预后的关系。
明确ADAR1还是ADAR2负责CYP1A1的A-to-I RNA编辑。
在A549细胞中分别过表达ADAR1或ADAR2,在95D细胞中敲低ADAR1或ADAR2,通过Sanger测序评估CYP1A1编辑水平的变化。
评估CYP1A1_I462V编辑对NSCLC细胞增殖、侵袭和迁移的影响。
将编辑型CYP1A1过表达于A549和H1299细胞,并使用CRISPR/Cas9在A549中引入I462V突变,进行CCK-8、EdU、Transwell和伤口愈合实验。
验证CYP1A1_I462V编辑在体内对肿瘤生长和转移的影响。
将A549或A549I462V细胞皮下或原位注射至裸鼠,监测肿瘤体积、重量、生物发光信号及肺结节形成。
探索CYP1A1_I462V编辑影响的信号通路和差异蛋白。
对A549和A549I462V细胞进行RNA-seq和LC-MS/MS蛋白质组学分析,进行KEGG和GSEA富集分析,鉴定与氧化应激相关的蛋白如HO-1。
验证CYP1A1_I462V通过PI3K/Akt和HO-1核转位抵抗氧化应激的机制。
通过Western blot检测Akt磷酸化水平;使用AKT抑制剂OXA处理A549I462V细胞检测ROS;通过co-IP验证CYP1A1与HO-1的相互作用;通过亚细胞分级和免疫荧光检测HO-1核定位。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | PrimeScript反转录试剂盒 | Takara | -- |
| qPCR | HiScript Q RT SuperMix | Vazyme | -- |
| ABI Prism 7900序列检测系统 | Applied Biosystems | -- | |
| CCK-8实验 | CCK8试剂 | Sangon Biotech | -- |
| EdU实验 | Cell-Light EdU DNA细胞增殖试剂盒 | Sangon Biotech | -- |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| Matrigel基质胶 | -- | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 质粒构建 | 快速突变系统 | Transgen Biotech | -- |
| pSpCas9(BB)-2A-Puro (px459)载体 | Addgene | 62988 | |
| RNA-seq | QIAquick PCR纯化试剂盒 | Qiagen | -- |
| 免疫共沉淀 | 细胞裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白G磁珠 | Invitrogen | -- | |
| 免疫荧光 | 抗HO-1抗体 | Abcam | ab189491 |
| Alexa Fluor 488标记的山羊抗兔IgG抗体 | Servicebio | GB25301 | |
| 亚细胞分级 | Minute™细胞质和细胞核提取试剂盒 | Invent Biotech | -- |
| LC-MS/MS | Vanquish纳升液相色谱系统 | Thermo Scientific | -- |
| Orbitrap Exploris 480质谱仪 | Thermo Scientific | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo Fisher | -- |
| 血清蛋白提取试剂盒 | BestBio | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher | -- | |
| 抗GAPDH抗体 | Bioss | bs-10900R | |
| 抗ADAR1抗体 | Bioss | bs-2168R | |
| 抗ADAR2抗体 | Sigma-Aldrich | SAB1405426 | |
| 抗β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 4967 | |
| 抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9272 | |
| 抗磷酸化Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 9271 | |
| 抗Flag抗体 | Abcam | ab205606 | |
| 抗HA抗体 | Abcam | ab236632 | |
| 抗CYP1A1抗体 | Abcam | ab235185 | |
| ECL Western印迹底物 | Thermo Fisher | -- | |
| 动物实验 | AMI系统(Ami-HT型号) | Spectral Instruments Imaging | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本检测 | 患者肿瘤组织和血清样本的收集时间、数量(34对组织、103例血清)及处理方式(速冻于液氮) 阅读提示:Materials and methods中的Clinical samples |
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养条件(37℃、5% CO2)、培养基(RPMI 1640+10% FBS) 阅读提示:Materials and methods中的Cell lines |
| RNA编辑检测 | CYP1A1编辑水平的检测方法(Sanger测序)、引物序列(见表S4) 阅读提示:Materials and methods中的RNA extraction, PCR amplification, and qRT-PCR |
| 细胞功能实验 | CCK-8实验的细胞接种密度(A549 3×10^3,H1299 2.5×10^3)、EdU浓度(50 μM)和处理时间(2 h)、Transwell实验的细胞数量(A549 4×10^4,H1299 3.5×10^4)及Matrigel覆盖情况 阅读提示:Materials and methods中的CCK-8 assay, EdU assay, and Transwell assay |
| 基因编辑 | CRISPR/Cas9构建A549I462V细胞时sgRNA序列(表S3)、嘌呤霉素筛选浓度(0.7 μg/mL) 阅读提示:Materials and methods中的CRISPR/Cas9 system-mediated single-nucleotide mutation |
| 动物实验 | 小鼠品系(Balb/c-nu)、年龄(6-8周)、性别(雄性)、细胞注射数量(1×10^6)、监测时间(4周) 阅读提示:Materials and methods中的Animal study |
| 机制验证 | AKT抑制剂OXA的浓度(1 μM)、ROS检测用DCF-DA浓度(10 μM) 阅读提示:Results中关于ROS measurement及图6的说明 |