生物信息学分析
评估IL6ST在CRC中的表达及其预测价值
利用TCGA-COAD数据库分析IL6ST在CRC与正常组织中的表达差异,并绘制ROC曲线评估诊断价值。
IL6ST: A Novel Therapeutic Target for Managing and Treating Colorectal Cancer Via Ferroptosis.
包含TCGA数据库分析、临床样本IHC、细胞功能实验(敲低/过表达)、铁死亡表型检测及免疫浸润分析,但缺乏动物模型和体内验证。
SW480结直肠癌细胞系 SW620结直肠癌细胞系 结直肠癌患者组织样本 TCGA-COAD数据库队列
IL6ST在CRC组织中的表达上调(TCGA及IHC) IL6ST敲低和过表达对细胞活力、铁积累、ROS产生的影响 IL6ST对铁死亡相关基因(FTH1、GPX4、PTGS2、NOX1、ACSL4)表达的调控 IL6ST与免疫细胞浸润的相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估IL6ST在CRC中的表达及其预测价值
利用TCGA-COAD数据库分析IL6ST在CRC与正常组织中的表达差异,并绘制ROC曲线评估诊断价值。
验证IL6ST在CRC组织中的蛋白表达
通过免疫组织化学检测CRC组织和癌旁组织中IL6ST的表达。
比较IL6ST在多种CRC细胞系和正常结肠上皮细胞中的表达
利用RT-qPCR检测NCM-460、HCT116、HT-29、SW620和SW480细胞中IL6ST mRNA水平。
构建IL6ST敲低和过表达细胞模型以研究其功能
在SW480细胞中敲低IL6ST,在SW620细胞中过表达IL6ST,并通过RT-qPCR和Western blot验证效率。
评估IL6ST对CRC细胞活力的影响
使用CCK-8试剂盒检测敲低或过表达IL6ST后细胞的活力。
评估IL6ST对铁死亡表型的影响
通过透射电镜观察线粒体形态,检测细胞内总铁含量和ROS水平。
检测IL6ST对铁死亡相关基因表达的影响
通过RT-qPCR和Western blot检测PTGS2、NOX1、FTH1、GPX4、ACSL4的表达水平。
分析IL6ST表达与免疫细胞浸润的相关性
基于R分析TCGA数据中IL6ST表达与多种免疫细胞浸润分数的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | IL6ST抗体 | Bioss | bs-34036R |
| 两步法检测试剂盒 | Golden Bridge International | PV9000 | |
| DAB显色液 | Golden Bridge International | ZLI-9018 | |
| 扫描全息显微镜 | 3DHISTECH | Pannoramic | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| McCoy's 5A培养基 | Gibco | -- | |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Lifetech | 15596026 |
| 反转录 | FastKing反转录试剂盒 | TIANGEN | -- |
| 转基因建立 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 杀稻瘟菌素 | -- | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | TIANGEN | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | Roche | -- | |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | TIANGEN | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| ECL化学发光液 | Applygen | -- | |
| PTGS2抗体 | Bioss | bs-0732R | |
| NOX1抗体 | Bioss | bs-3682R | |
| FTH1抗体 | Abcam | ab75972 | |
| GPX4抗体 | Bioss | bs-3884R | |
| ACSL4抗体 | Abcam | ab155282 | |
| GAPDH抗体 | abmart | P30008 | |
| 抗兔二抗 | CST | 7074 | |
| CCK-8分析 | CCK-8溶液 | -- | -- |
| 铁含量检测 | 铁分析试剂盒 | Abcam | ab83366 |
| ROS检测 | ROS检测试剂盒 | Beyotime | S0033S |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 免疫组织化学 | IL6ST抗体稀释度(1:100)、二步法检测试剂盒(PV9000)、DAB显色时间(5-10分钟)、苏木素复染时间(2分钟) 阅读提示:详见Materials and Methods中的Sample Collection and Immunohistochemistry |
| 细胞培养 | 细胞系培养基条件(DMEM、McCoy's 5A、RPMI 1640)、血清浓度(10%FBS)、抗生素浓度(1%青霉素-链霉素) 阅读提示:详见Materials and Methods中的Cell Lines and Cell Culture |
| 基因敲低与过表达 | shRNA序列(#1、#2、#3)、载体构建(pGMLV-SC5 RNAi、PGMLV-CMV-MCS-3×Flag-EF1-ZsGreen1-T2A-Puro)、筛选浓度(嘌呤霉素2 µg/mL、杀稻瘟菌素10 µg/mL) 阅读提示:详见Materials and Methods中的Establishment of Transfected Cell Lines |
| 铁死亡表型检测 | 样品处理步骤(电镜固定、脱水、包埋、切片)、铁含量检测试剂盒(ab83366)用量和检测波长(550 nm)、ROS检测试剂(H2DCFDA、DHR123)浓度(10 μM)和孵育时间(30分钟) 阅读提示:详见Materials and Methods中的Transmission Electron Microscopy、Iron Assay和Quantification of ROS Assay |