CSC富集与特性鉴定
从肿瘤组织中富集CSC群体,并验证其干性特征和化疗耐药性。
从A549和H1299荷瘤小鼠的肿瘤组织中消化制备单细胞悬液,通过无血清成球培养富集CSC,并用流式细胞术和Western blot验证CD44、CD133及干性转录因子表达。
A novel pathway for stemness propagation and chemoresistance in non-small cell lung cancer via phosphorylated PKM2-loaded small extracellular vesicles.
包含体外细胞实验、体内动物模型、患者样本分析及组学数据,并明确进行了功能验证和机制验证。
A549细胞系及衍生稳转株 H1299细胞系 Balb/c裸鼠皮下移植瘤模型 NSCLC患者肿瘤组织样本
PKM2基因敲除及PKM2WT/PKM2Y105F回补的A549稳转细胞系构建 CSC富集方法:从荷瘤小鼠肿瘤中分离,无血清成球培养 sEVs分离:超速离心法,并表征大小和标志物 体内实验:sEVs瘤周注射剂量(1×10^9颗粒/次)及频率(每三天) 患者样本:80对肿瘤及癌旁组织的免疫组化分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从肿瘤组织中富集CSC群体,并验证其干性特征和化疗耐药性。
从A549和H1299荷瘤小鼠的肿瘤组织中消化制备单细胞悬液,通过无血清成球培养富集CSC,并用流式细胞术和Western blot验证CD44、CD133及干性转录因子表达。
分离并验证不同来源细胞的sEVs,确认其纯度、大小和形态。
收集细胞培养上清,通过差速离心和超速离心提取sEVs,用NTA、纳米流式、透射电镜和Western blot表征。
评估CSC来源的sEVs对受体细胞干性和化疗耐药的影响,并探究pY105-PKM2的作用。
用来自不同细胞系的sEVs处理A549细胞,检测干性标志物、细胞活力、凋亡和细胞周期。
验证IQGAP1作为衔接蛋白将pY105-PKM2与TSG101连接,促进其分选进入sEVs。
免疫沉淀、邻近连接实验和免疫荧光检测PKM2、IQGAP1和TSG101的相互作用;敲低IQGAP1或TEPP-46处理观察对pY105-PKM2进入sEVs的影响。
验证sEVs介导的pY105-PKM2传递对肿瘤生长、干性和代谢的影响。
裸鼠皮下接种A549细胞,肿瘤约100 mm³时瘤周注射不同来源的sEVs,监测肿瘤生长,并进行PET-CT和免疫组化分析。
评估pY105-PKM2、IQGAP1与临床病理特征和预后的关系。
对80例NSCLC患者的肿瘤和癌旁组织进行免疫组化,分析PKM2、pY105-PKM2、CD133和IQGAP1的表达,并关联生存数据。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | 文中未明确说明 | -- |
| 胎牛血清 | Yeasen Biotechnology | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| DMEM/F12培养基 | Absin Bioscience Inc. | -- | |
| B-27添加剂 | Absin Bioscience Inc. | -- | |
| N2添加剂 | Absin Bioscience Inc. | -- | |
| 人重组表皮生长因子 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 超低吸附6孔板 | Corning | 3471 | |
| 药物处理 | 顺铂 | Selleck Chemicals | -- |
| 紫杉醇 | Selleck Chemicals | -- | |
| TEPP-46 | Selleck Chemicals | -- | |
| Apcin | Selleck Chemicals | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine RNAiMAX | Thermo Fisher | -- |
| Opti-MEM培养基 | Thermo Fisher | -- | |
| CSC富集 | I型胶原酶 | Sigma-Aldrich | C0130 |
| 氯化钙 | Sigma-Aldrich | C1016 | |
| 透明质酸酶 | Sigma-Aldrich | H3506 | |
| 40 µm细胞筛网 | Corning | 431750 | |
| 流式分析 | 抗CD133-APC抗体 | Miltenyi Biotec | 130-113-668 |
| 抗CD44-PE抗体 | Miltenyi Biotec | 130-113-342 | |
| 凋亡检测 | Annexin V-PE/7-AAD凋亡检测试剂盒 | Yeasen Biotechnology | -- |
| 细胞活力 | CCK-8试剂盒 | Yeasen Biotechnology | -- |
| 蛋白质组学 | RIPA裂解液 | Epizyme | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | 文中未明确说明 | -- | |
| Q Exactive HF-X四极杆-轨道阱质谱仪 | Thermo Fisher | -- | |
| Ultimate 3000 RSLCnano系统 | Thermo Fisher | -- | |
| sEVs分离 | 0.45 μm滤膜 | MilliporeSigma | -- |
| Optima XPN-100超速离心机 | Beckman Coulter | -- | |
| sEVs表征 | ZetaView纳米颗粒追踪分析仪 | Particle Metrix | -- |
| FEI Tecnai G2 Spirit透射电镜 | FEI | -- | |
| 荧光标记 | PKH67染料 | Sigma-Aldrich | PKH67GL |
| DAPI | Yeasen Biotechnology | 40728ES03 | |
| 鬼笔环肽 | Yeasen Biotechnology | 40762ES75 | |
| 体内追踪 | Dir近红外染料 | MedchemExpress | HY-D1048 |
| 体内成像 | IVIS Spectrum成像系统 | PerkinElmer | -- |
| 代谢检测 | 葡萄糖摄取检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| 乳酸生成检测试剂盒 | Jiancheng Bioengineering Institute | -- | |
| Seahorse XF96分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| RNA-seq | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| NEBNext Ultra RNA文库制备试剂盒 | NEB | -- | |
| miRNA-seq | miRNeasy微型试剂盒 | Qiagen | -- |
| NEBNext多重小RNA文库制备试剂盒 | NEB | -- | |
| 细胞周期 | 碘化丙啶染色液 | BD Biosciences | -- |
| 免疫沉淀 | 抗Flag免疫磁珠 | Epizyme | YJ007 |
| Protein A/G琼脂糖珠 | Bimake | B23201 | |
| Western blot | PKM2抗体 | Cell Signaling Technology | 3198S |
| 磷酸化PKM2(Tyr105)抗体 | Cell Signaling Technology | 3827 | |
| IQGAP1抗体 | Cell Signaling Technology | 20648 | |
| NANOG抗体 | Proteintech | 14295-1-AP | |
| OCT4抗体 | Proteintech | 11263-1-AP | |
| SOX2抗体 | Proteintech | 11064-1-AP | |
| Calnexin抗体 | Proteintech | 10427-2-AP | |
| CD44抗体 | Proteintech | 60224-1-Ig | |
| CD133抗体 | Proteintech | 18470-1-AP | |
| TSG101抗体 | Proteintech | 67381-1 | |
| 磷酸化CDK1(T14+Y15)抗体 | Abcam | ab277772 | |
| JAK3抗体 | Abways | CY7016 | |
| ITK抗体 | Abways | CY6933 | |
| Yes1抗体 | Zen Bioscience | R26126 | |
| Src抗体 | Zen Bioscience | R25792 | |
| AXL抗体 | Zen Bioscience | R23576 | |
| FAK抗体 | Zen Bioscience | R24277 | |
| Cyclin B1抗体 | Zen Bioscience | R23324 | |
| CDK1抗体 | Zen Bioscience | R23884 | |
| CDC25B抗体 | Zen Bioscience | R381486 | |
| β-actin抗体 | ABclonal | AC206 | |
| FLAG抗体 | Epizyme | LF304 | |
| 信号检测 | ECL发光液 | Yeasen Biotechnology | -- |
| 化学发光检测系统 | Tanon | -- | |
| 邻近连接 | Duolink邻近连接分析试剂盒 | Sigma-Aldrich | DUO92007 |
| 免疫荧光 | TSG101抗体 | Proteintech | 14497-1-AP |
| 抗兔IgG-Alexa Fluor Cy3 | Yeasen Biotechnology | 33108ES60 | |
| 抗鼠IgG-Alexa Fluor 647 | Yeasen Biotechnology | WA3323060 | |
| 动物实验 | D-荧光素 | Yeasen Biotechnology | -- |
| PET/CT | Siemens Inveon PET/CT系统 | Siemens Medical Solutions | -- |
| 免疫组化 | PKM2抗体 | Bioss | bs-0102M |
| 磷酸化PKM2(Tyr105)抗体 | Bioss | bs-3334R | |
| OCT4抗体 | Proteintech | 11263-1-AP | |
| SOX2抗体 | Proteintech | 11064-1-AP | |
| CDC25B抗体 | Zen Bioscience | R381486 | |
| CyclinB1抗体 | Zen Bioscience | R23324 | |
| CDK1抗体 | Zen Bioscience | R23884 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG二抗 | Proteintech | SA00001-2 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG二抗 | Proteintech | SA00001-1 | |
| DAB显色底物 | ZSGB-BIO | ZLI-9018 | |
| CD133抗体 | Abclonal | A0818 | |
| IQGAP1抗体 | Cell Signaling Technology | 20648 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与稳转株构建 | A549细胞来源;PKM2敲除的gRNA序列;稳转株筛选的嘌呤霉素浓度未明确说明 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture, Cell line establishment |
| CSC富集 | 肿瘤组织消化酶浓度及时间(100 mg/mL胶原酶I,3 mM CaCl2,10 mg/mL透明质酸酶,37°C 4h);无血清成球培养条件(B-27、N2、EGF 20 ng/mL,7-14天) 阅读提示:Materials and Methods: CSC enrichment |
| sEVs分离与表征 | 超速离心条件(120,000 g,90 min);0.45 μm过滤;标志物检测 阅读提示:Materials and Methods: Isolation and characterization of sEVs |
| sEVs功能验证(体外) | sEVs处理浓度未明确说明;处理时间48h;化疗药物浓度(顺铂5 μg/mL,紫杉醇200 ng/mL) 阅读提示:Results: sEV-mediated pY105-PKM2 induces...; Figure S3 |
| 机制验证(IQGAP1) | siRNA靶序列;TEPP-46处理浓度未明确说明;免疫沉淀抗体 阅读提示:Materials and Methods: Immunoprecipitation and immunoblotting; Results: IQGAP1 serves as an adaptor... |
| 体内动物实验 | 动物品系、性别、周龄(6-8周雄性Balb/c);细胞接种数(5×10^6);sEVs注射剂量(1×10^9颗粒)及频率(每三天);肿瘤体积测量方法 阅读提示:Materials and Methods: Tumor formation and in vivo limiting dilution assays; Results: Figure 2, Figure 6 |
| 临床样本分析 | 患者样本数量(80对肿瘤和癌旁组织);免疫组化评分标准(阳性细胞比例×染色强度) 阅读提示:Materials and Methods: Immunohistochemical analysis; Results: Figure 3, Figure 8 |