转录组分析鉴定EOPE差异表达基因
筛选EOPE胎盘组织中异常表达的基因,识别与PE发病相关的候选分子。
对4例EOPE和6例正常妊娠胎盘绒毛组织进行RNA-seq,分析差异表达基因、PCA、GO和KEGG富集。
Activated PRDM1-CREBBP contributes to preeclampsia by regulating apoptosis and invasion of the human trophoblast cells.
包含临床胎盘样本RNA-seq及qPCR/WB验证、L-NAME大鼠模型、原代滋养层细胞及HTR-8/SVneo细胞功能实验,以及ChIP和双荧光素酶报告基因等机制验证。
人胎盘绒毛组织及基底板(EOPE患者与正常妊娠) L-NAME诱导的SD大鼠PE样模型 人原代滋养层细胞 HTR-8/SVneo滋养层细胞系
PRDM1在EOPE胎盘中的表达上调(qPCR、WB、IHC) L-NAME处理大鼠(60 mg/kg/day,孕10-19天)诱导PE样表型,并检测胎盘PRDM1表达 H/R处理原代滋养层细胞(0.5% O2 4h,再氧合18h)后PRDM1和CREBBP表达变化 敲低或过表达PRDM1对滋养层细胞活力、凋亡、侵袭和迁移的影响 CREBBP作为PRDM1直接靶点的验证(双荧光素酶、ChIP、寡核苷酸pull-down)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选EOPE胎盘组织中异常表达的基因,识别与PE发病相关的候选分子。
对4例EOPE和6例正常妊娠胎盘绒毛组织进行RNA-seq,分析差异表达基因、PCA、GO和KEGG富集。
确认PRDM1在EOPE患者胎盘中的表达上调及其细胞定位。
通过qPCR、Western blot和免疫组化检测PRDM1在EOPE和正常胎盘中的表达,并通过免疫荧光双染与CK7和HLA-G共定位。
在体内模型中验证PRDM1表达变化,并评估模型妊娠结局。
对孕鼠从孕10天起灌胃L-NAME(60 mg/kg/day)至孕19天,监测血压、尿蛋白、胎鼠和胎盘重量,TUNEL检测细胞凋亡,并检测胎盘PRDM1表达。
探究H/R条件下PRDM1对原代滋养层细胞和HTR-8/SVneo细胞增殖、凋亡、侵袭和迁移的影响。
分离人原代滋养层细胞,并在H/R条件下培养,使用shRNA敲低PRDM1或过表达质粒,通过CCK-8、流式凋亡检测、Transwell实验评估细胞功能。
探究CREBBP对H/R条件下滋养层细胞增殖、凋亡和侵袭的影响。
敲低CREBBP或使用其抑制剂SGC-CBP30处理,检测细胞活力、凋亡、侵袭和迁移,并检测MMP2和MMP9蛋白表达。
证明PRDM1直接结合CREBBP启动子并调控其转录。
通过Pearson相关分析PRDM1与CREBBP表达相关性;双荧光素酶报告基因检测PRDM1过表达对CREBBP启动子活性的影响;ChIP和寡核苷酸pull-down验证PRDM1结合位点;检测PRDM1敲低后CREBBP表达变化。
证实PRDM1过表达对滋养层细胞功能的影响依赖于CREBBP。
在PRDM1过表达的HTR-8/SVneo细胞中敲低CREBBP,观察细胞活力、凋亡、侵袭和迁移的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA-seq | TRIpure试剂 | BioTeke | RP1001 |
| NanoDrop ND-1000 生物分析仪 | NanoDrop | -- | |
| Bioanalyzer 2100 生物分析仪 | Agilent | -- | |
| Illumina Novaseq 6000 测序平台 | Illumina | -- | |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Solarbio | -- |
| 胎牛血清 | Tianhang Biotechnology Co., Ltd | 11011-8611 | |
| IMDM培养基 | -- | -- | |
| 基质胶 | Corning | 356234 | |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 抗PRDM1抗体 | Novus Biologicals | NB600-235 | |
| 抗CREBBP抗体 | Affinity | AF0861 | |
| 抗MMP2抗体 | Proteintech | 10373-2-AP | |
| 抗MMP9抗体 | Proteintech | 10375-2-AP | |
| 免疫组化 | 抗PRDM1抗体 | Novus Biologicals | NB600-235SS |
| 抗HLA-G抗体 | Bioss | bs-0752R | |
| 免疫荧光 | 抗CK7抗体 | Abcam | ab181598 |
| TUNEL assay | 原位细胞死亡检测试剂盒 | Roche Diagnostics | 12156792910 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | KeyGen | KGA317 |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | KeyGen | KGA108 |
| 药物处理 | SGC-CBP30 | Yuanye Bio-Technology Co., Ltd | S81370 |
| 动物实验 | L-NAME | Yuanye Bio-Technology Co., Ltd | S20013 |
| ChIP | ChIP检测试剂盒 | Beyotime | P2078 |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 荧光素酶检测试剂盒 | KeyGen Biotech | KGAF040 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | EOPE和正常妊娠的纳入标准、样本量、胎盘组织采集区域(绒毛和基底板)、处理条件(-80°C保存) 阅读提示:STAR Methods: Study subjects, Human subjects |
| 动物模型建立 | 大鼠品系(SD)、体重范围、L-NAME剂量(60 mg/kg/day)、给药途径(灌胃)、给药时间(孕10-19天)、对照组处理(生理盐水)、样本量(n=6) 阅读提示:STAR Methods: Animal |
| 细胞培养和H/R处理 | 原代滋养层细胞分离方法、HTR-8/SVneo细胞培养条件、H/R条件(原代:0.5% O2 4h/复氧18h;HTR-8/SVneo: 2% O2 8h/20% O2 16h循环2次) 阅读提示:STAR Methods: Cell culture, Isolation of trophoblasts and cell culture |
| 基因敲低和过表达 | shRNA靶序列、腺病毒载体构建、感染时间(48h)、感染效率验证 阅读提示:STAR Methods: Cell culture |
| ChIP和寡核苷酸pull-down | PRDM1抗体、结合位点引物、生物素化探针序列(位点1和3)、细胞处理条件 阅读提示:STAR Methods: Chromatin immunoprecipitation (ChIP), Oligonucleotide pull-down assay |
| 统计分析 | 统计方法(t检验、单因素方差分析)、显著性阈值(p<0.05)、数据表示(mean ± SD) 阅读提示:STAR Methods: Quantification and statistical analysis |