鉴定下调的OE miRNA
识别在卵泡闭锁期间下调且在卵巢中高表达的miRNA。
利用9个猪组织的miRNA表达谱鉴定OE miRNA,并结合转录组数据筛选闭锁期间下调的miRNA,通过ROC分析和功能预测选择miR-184。
miR-184, a downregulated ovary-elevated miRNA transcriptionally activated by SREBF2, exerts anti-apoptotic properties in ovarian granulosa cells through inducing SMAD3 expression.
包含体外细胞实验、卵泡培养、RNA-seq、ChIP、RIP、RNA pull-down、RACE、Luciferase报告基因等多层次证据,并有功能验证和机制验证。
猪原代颗粒细胞(DLY母猪) 人颗粒细胞系KGN 人胚肾细胞系HEK-293T 体外培养猪卵泡
miR-184 mimics和inhibitor的浓度(50 nM)及转染时间 SMAD3-siRNA和SB431542的处理浓度及时间 BCI-121、ITSA-1和5-AzaC的处理浓度(0.5-100 μM)及时间(48小时) 体外卵泡培养系统的培养条件和处理时间
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别在卵泡闭锁期间下调且在卵巢中高表达的miRNA。
利用9个猪组织的miRNA表达谱鉴定OE miRNA,并结合转录组数据筛选闭锁期间下调的miRNA,通过ROC分析和功能预测选择miR-184。
确认miR-184在卵泡闭锁中的表达变化及其保守性。
通过RT-qPCR、RNA FISH检测猪卵泡中miR-184表达,并利用公共数据库分析人和其他物种的表达。
验证miR-184对颗粒细胞凋亡和增殖的作用。
在猪原代GC和KGN细胞中过表达或敲低miR-184,通过形态学观察、FACS、TUNEL、ELISA、CCK-8、EdU等检测凋亡和增殖。
确定介导miR-184抗凋亡作用的关键靶基因。
通过RNA-seq分析miR-184抑制后的DEGs,结合生信分析和共表达网络确定SMAD3为候选,并验证miR-184对SMAD3表达和TGF-β通路的影响。
阐明miR-184如何调控SMAD3转录和mRNA稳定性。
通过RACE鉴定SMAD3启动子,构建WT/MUT报告载体进行Luciferase实验,ChIP验证AGO2结合,RNA pull-down和RIP验证miR-184与SMAD3 mRNA结合,ActD chase实验检测mRNA稳定性。
阐明闭锁期间miR-184下调的转录调控机制。
通过启动子截短分析确定核心启动子,预测并验证SREBF2结合位点,使用抑制剂处理GC检测miR-184表达和组蛋白修饰变化,并比较健康与闭锁卵泡中SREBF2和H3K4me3水平。
在离体卵泡水平确认miR-184的抗闭锁作用。
在体外培养的猪卵泡中过表达或敲低miR-184,观察卵泡形态变化,并检测内部GC的凋亡相关指标和SMAD3表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L13778 |
| 药物处理 | 转化生长因子-β1 | Novoprotein | P01137 |
| SB431542 | Selleck | S1067 | |
| 5-氮杂胞苷 | Yeasen | 53160ES50 | |
| BCI-121 | MCE | HY-21972 | |
| ITSA-1 | MCE | HY-100508 | |
| RNA提取与qPCR | TRIzol试剂 | Vazyme | R411 |
| cDNA合成 | HiScript III第一链cDNA合成试剂盒 | Vazyme | R312 |
| qPCR | AceQ qPCR SYBR Green PCR预混试剂盒 | Vazyme | Q111 |
| qPCR仪器 | QuantStudio7实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC和碘化丙啶 | Vazyme | A211-01 |
| TUNEL凋亡试剂盒 | Elabscience | E-CK-A32 | |
| 增殖检测 | CCK-8溶液 | Vazyme | A311-01 |
| BeyoClick™ EdU-488细胞增殖检测试剂盒 | APExBIO | K1076 | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 | |
| ECL化学发光液 | Vazyme | E423 | |
| 化学发光成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| SMAD3抗体 | Sangon Biotech | D155234 | |
| 磷酸化SMAD3抗体 | Sangon Biotech | D155153 | |
| TGF-β1抗体 | Bioss | bs-0086R | |
| TGFBR2抗体 | Santa Cruz | sc-400 | |
| SMAD4抗体 | Santa Cruz | sc-1909R | |
| SMAD7抗体 | Sangon Biotech | D160746 | |
| AGO2抗体 | ABclonal | A6023 | |
| SREBF2抗体 | Proteintech | 28212-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| ChIP | H3K4me2抗体 | Cell Signaling Technology | 9725 |
| H3K9Ac抗体 | Cell Signaling Technology | 9649 | |
| H3K4me3抗体 | Proteintech | 91264 | |
| IgG抗体 | Santa Cruz | sc-2358 | |
| RACE | SMARTer RACE 5′/3′试剂盒 | Clontech Laboratories Inc. | 634858 |
| 克隆 | pClone007载体 | Tsingke | TSV-007BS |
| RNA pull-down | 链霉亲和素磁珠 | Sangon | D112005 |
| RIP | Protein A磁珠 | Invitrogen | 10008D |
| 质粒构建 | pGL3-Basic载体 | Promega | E1751 |
| pGL3-promoter载体 | Promega | E1761 | |
| pmirGLO载体 | Promega | E1330 | |
| Trelief® SoSoo克隆试剂盒 | TsingKe | TSV-S2 | |
| 荧光素酶报告基因检测 | 双荧光素酶报告基因试剂盒 | Promega | E1910 |
| ELISA | 雌二醇检测试剂盒 | BNIBT | ARE-8800 |
| 孕酮检测试剂盒 | -- | FRE-2500 | |
| 凋亡检测 | Caspase3活性检测试剂盒 | Beyotime | C1116 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞类型(猪原代GC、KGN、HEK-293T)、培养基(DMEM/F12或DMEM)、FBS浓度(10%)、PS浓度(1%)、转染试剂(Lipofectamine 3000)、转染量(3.2 μg质粒或50 nM寡核苷酸)、培养条件 阅读提示:见Methods:Cell culture and treatment |
| 药物处理 | TGF-β1、SB431542、5-AzaC、BCI-121、ITSA-1的浓度和处理时间 阅读提示:见Methods:Cell culture and treatment |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC和PI染色时间(15分钟)、TUNEL实验步骤、Caspase3活性检测条件(37°C孵育1.5小时) 阅读提示:见Methods:Apoptosis detection 和 E2, P4, and Caspase3 activity detection |
| 增殖检测 | CCK-8实验细胞密度(2000/孔)、孵育时间(2小时);EdU实验细胞密度(10,000/盖玻片) 阅读提示:见Methods:Proliferation analysis |
| 基因表达检测 | RNA提取试剂、反转录试剂盒、qPCR试剂、引物序列、内参基因(GAPDH、U6)、计算方法(2−∆∆CT) 阅读提示:见Methods:RNA extraction and reverse transcription quantitative PCR (RT-qPCR) 及附表S4 |
| 蛋白质检测 | 抗体种类及稀释比例、内参蛋白(GAPDH)、ECL检测 阅读提示:见Methods:Immunoblotting |
| 启动子活性检测 | 报告基因载体构建、突变位点、双荧光素酶检测方法 阅读提示:见Methods:Luciferase reporter assay 和 Plasmids construction |
| RNA稳定性实验 | ActD浓度(10 μg/mL)及处理时间(2、4、6小时) 阅读提示:见Methods:RNA polymerase II inhibitor ActD chase assay |