血浆蛋白质组学分析
比较AD患者与健康对照的外周血蛋白质差异,识别与AD相关的炎症和NETs通路。
对30例AD患者和30例匹配健康者的血浆进行4D-DIA质谱蛋白质组学分析,并进行GO、KEGG和GSEA富集分析。
Integrated multi-omics profiling reveals neutrophil extracellular traps potentiate Aortic dissection progression.
整合了血浆蛋白质组、单细胞转录组、体外组织免疫荧光、小鼠BAPN模型及前瞻性临床队列等多层次证据,并进行了功能验证和机制验证。
BAPN诱导的雄性C57BL/6J小鼠主动脉夹层模型 主动脉夹层患者外周血和主动脉组织样本 健康对照外周血和主动脉组织样本
BAPN给药剂量5 mg/mL(0.5% wt/vol)于饮用水中,持续4周 Cl-amidine剂量10 mg/kg,每日腹腔注射,从4周龄开始共3周 DNase I剂量5 mg/kg,每日腹腔注射 CXCL3抗体(2 mg/kg)和CXCR2抗体(2 mg/kg)腹腔注射,每三天一次 AD患者血浆CitH3水平临界值6.91 ng/ml用于预测AAEs
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较AD患者与健康对照的外周血蛋白质差异,识别与AD相关的炎症和NETs通路。
对30例AD患者和30例匹配健康者的血浆进行4D-DIA质谱蛋白质组学分析,并进行GO、KEGG和GSEA富集分析。
解析AD主动脉的免疫微环境,识别与疾病表型相关的细胞亚群。
对3例AD患者和3例健康者的主动脉组织进行单细胞RNA测序,经Scissor算法整合公共bulk数据(GSE52093)鉴定表型相关细胞。
探究巨噬细胞与中性粒细胞之间的配体-受体相互作用,验证CXCL3/CXCR2轴在NETs形成中的作用。
利用CellChat分析细胞通讯,结合免疫荧光共染和相关性分析验证人及小鼠主动脉中CXCL3+巨噬细胞与CXCR2+中性粒细胞的关系。
验证抑制NETs形成是否可减轻主动脉夹层的进展和破裂。
使用BAPN诱导小鼠AD模型,分别给予Cl-amidine、DNase I或二者联合处理,监测主动脉扩张、破裂率和生存率。
验证阻断CXCL3/CXCR2轴是否可抑制NETs形成并减轻AD进展。
在BAPN诱导的AD小鼠中给予抗CXCL3或抗CXCR2抗体,评估主动脉形态、弹性纤维降解和NETs标志物。
评估血浆NETs标志物对AD患者TEVAR后AAEs的预测价值。
收集116例接受TEVAR的B型AD患者术前血浆,检测CitH3、MPO等NETs标志物,随访分析AAEs发生。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织解离 | 杜氏磷酸盐缓冲液 | Thermo Fisher | 14190144 |
| 0.25%胰酶 | Thermo Fisher | 25200-072 | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Sigma | -- | |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher | SV30087.02 | |
| 红细胞裂解液 | Thermo Fisher | 00-4333-57 | |
| 台盼蓝 | Thermo Fisher | 14190144 | |
| Countess II自动细胞计数器 | Thermo Fisher | -- | |
| 单细胞RNA测序 | 生物分析仪2100 | Agilent | -- |
| NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| 蛋白质组学分析 | Evosep One系统 | Evosep | -- |
| timsTOF Pro质谱仪 | Bruker | -- | |
| 血浆标志物检测 | 瓜氨酸化组蛋白H3 ELISA试剂盒 | Cayman Chemical | 501620 |
| MPO ELISA试剂盒 | Thermo Fisher | -- | |
| NE ELISA试剂盒 | Thermo Fisher | -- | |
| IL-1β ELISA试剂盒 | Thermo Fisher | -- | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Thermo Fisher | -- | |
| Quant-iT PicoGreen dsDNA试剂 | Invitrogen | P7589 | |
| 动物实验 | 血管紧张素II | -- | -- |
| 微型渗透泵(型号1003D) | Alzet | 1003D | |
| Cl-amidine | Sigma-Aldrich | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Roche Diagnostics | -- | |
| CXCL3抗体 | R&D systems | AF5568 | |
| CXCR2抗体 | R&D systems | MAB2164-100 | |
| 免疫荧光染色 | MPO抗体 | Abcam | ab208670 |
| 瓜氨酸化组蛋白H3抗体 | Abcam | ab5103 | |
| CXCL3抗体 | Sigma-Aldrich | AV07037 | |
| CXCR2抗体 | Abcam | ab225732 | |
| Ly6G抗体 | Abcam | ab238132 | |
| CXCL3抗体 | Abcam | ab220431 | |
| CXCR2抗体 | Bioss | bs-12257R | |
| Alexa Fluor 647山羊抗小鼠IgG | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Alexa Fluor 555驴抗兔IgG | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| DAPI | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 血浆蛋白质组学 | AD患者与健康对照的匹配条件(年龄、性别),样本量(30 vs 30),质谱平台 阅读提示:Methods: Proteomic analysis |
| 单细胞RNA测序 | 样本来源(AD和健康主动脉),细胞数量,Scissor参数(alpha=0.05) 阅读提示:Methods: Single-cell RNA-sequencing data processing, Integrated scRNA and bulk RNA-sequencing analysis |
| 小鼠模型 | 小鼠品系(C57BL/6J雄性)、年龄(3周龄)、BAPN剂量(5 mg/mL)、给药途径(饮水)、持续时间(4周) 阅读提示:Methods: Mice and in vivo experimental strategies |
| 药物干预 | Cl-amidine(10 mg/kg,腹腔,每日)、DNase I(5 mg/kg,腹腔,每日)、CXCL3抗体(2 mg/kg,腹腔,每三天)、CXCR2抗体(2 mg/kg,腹腔,每三天) 阅读提示:Methods: Mice and in vivo experimental strategies |
| 血浆标志物检测 | ELISA试剂盒(CitH3:Cayman Chemical,其他:Thermo Fisher),cf-DNA:PicoGreen法 阅读提示:Methods: Measurement of human plasma |