验证Rab32依赖性防御途径对B. pseudomallei的限制作用
确认Rab32在宿主抵抗B. pseudomallei感染中的作用。
在RAW264.7细胞中过表达或敲低Rab32,感染B. pseudomallei(MOI=10),通过免疫荧光观察共定位,并通过CFU测定细菌胞内载量。
Burkholderia pseudomallei BopE suppresses the Rab32-dependent defense pathway to promote its intracellular replication and virulence.
包含细胞实验(RAW264.7、HEK293T)、转录组分析、蛋白互作验证(Co-IP、Y2H)、功能性验证(基因敲除与回补)及小鼠体内实验。
RAW264.7小鼠巨噬细胞 HEK293T细胞 BALB/c小鼠感染模型 类鼻疽伯克霍尔德菌BPC006菌株
Rab32过表达与敲低RAW264.7细胞模型 BopE基因敲除及回补菌株(ΔbopE和ΔbopE/bopE) 小鼠感染剂量4×10^5 CFU,每组12只,观察5天 MOI=10感染多时间点(2,4,8 hpi)检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认Rab32在宿主抵抗B. pseudomallei感染中的作用。
在RAW264.7细胞中过表达或敲低Rab32,感染B. pseudomallei(MOI=10),通过免疫荧光观察共定位,并通过CFU测定细菌胞内载量。
鉴定B. pseudomallei在感染过程中可能用于逃避宿主防御的毒力因子。
对体外培养和胞内感染的B. pseudomallei进行RNA-seq,比较差异表达基因,并通过RT-qPCR验证T3SS-3相关基因表达。
鉴定能与宿主Rab32直接结合的效应蛋白,以解释细菌逃逸机制。
构建Flag标签的效应蛋白表达质粒,与GFP-Rab32共转染HEK293T细胞,进行免疫共沉淀(Co-IP)和酵母双杂交(Y2H)验证,并用共聚焦显微镜观察共定位。
确定BopE是否通过干扰核苷酸交换抑制Rab32,并验证其不依赖GEF活性。
体外核苷酸交换实验使用Mant-GDP荧光标记,检测BopE及其突变体对Rab32或Rac1的核苷酸交换影响;通过共定位观察突变体与Rab32的相互作用。
验证BopE在B. pseudomallei逃避Rab32防御和致病性中的功能作用。
构建BopE敲除菌株(ΔbopE)和回补菌株(ΔbopE/bopE),感染RAW264.7细胞检测Rab32阳性囊泡比例和胞内细菌载量;感染BALB/c小鼠观察存活率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | Thermo Fisher | C11995500BT |
| 胎牛血清 | Gibco | 10091148 | |
| 卡那霉素 | -- | -- | |
| 转染 | Advanced DNA RNA转染试剂 | ZETA LIFE | -- |
| 基因敲低 | 靶向小鼠Rab32的siRNA | Santa Cruz | sc-152636 |
| 细菌培养 | LB琼脂 | -- | -- |
| 细菌筛选 | 甲氧苄啶 | -- | -- |
| 免疫印迹 | 聚偏二氟乙烯膜 | Millipore | IPVH00010 |
| Rab32抗体 | Proteintech | 10999-1-AP | |
| Flag标签抗体 | ZENBIO | R24091 | |
| GFP标签抗体 | Bioss | bsm-33019M | |
| HRP标记的抗兔IgG | CST | 7074S | |
| HRP标记的抗小鼠IgG | CST | 91196S | |
| GAPDH抗体 | CST | 8884 | |
| DnaK抗体 | CUSABIO | CSB-PA633459HA01EGW | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 647抗小鼠二抗 | Thermo Fisher | A-31571 |
| Alexa Fluor 488抗兔二抗 | Thermo Fisher | A-11008 | |
| DAPI | Thermo Fisher | 62248 | |
| 抗荧光淬灭封片剂 | Invitrogen | S36967 | |
| Triton X-100 | amresco | 0694-1L | |
| 细菌裂解 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013D |
| RNA提取 | RNAprep Pure细胞/细菌RNA提取试剂盒 | Tiangen | DP340 |
| TRIzol试剂 | Invitrogen Life Technologies | -- | |
| RT-qPCR | PrimeScript RT试剂盒(含gDNA去除剂) | Takara | -- |
| SYBR Premix Ex Taq II | Takara | -- | |
| 免疫共沉淀 | 抗Flag M2亲和凝胶 | Sigma-Aldrich | A2220 |
| 蛋白纯化 | HisTrap FF柱 | Cytiva | 17-5255-01 |
| NAP-5柱 | Cytiva | 17085301 | |
| 核苷酸交换实验 | Mant-GDP | Jena Bioscience | NU-204S |
| GTP | Macklin | G810427 | |
| 蛋白表达 | Rab32蛋白 | Origene | TP502577 |
| Rac1蛋白 | Origene | TP527648 | |
| 菌株构建 | pK18mobsacB载体 | -- | -- |
| T4 DNA连接酶 | Tiangen Biotech | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与感染 | 细胞系(RAW264.7和HEK293T)、培养基(DMEM+10%FBS)、MOI(10:1)、感染时间(1.5小时)、细胞外细菌清除(使用250μg/mL kanamycin) 阅读提示:见Materials and Methods中'Cell culture and infection' |
| 基因敲低与过表达 | siRNA靶序列(NM_026405)、转染试剂(ZETA LIFE)、转染时间(24小时)、NC(无处理) 阅读提示:见Materials and Methods中'Gene silence and overexpression' |
| 细菌存活实验 | 细胞裂解液(0.1% Triton X-100)、CFU计数(LB琼脂培养36小时)、重复次数(3次) 阅读提示:见Materials and Methods中'Bacterial survival assays' |
| 蛋白互作验证 | 质粒(pEGFP-Rab32、pcDNA4-Flag-效应蛋白)、共转染时间(24小时)、Co-IP条件(anti-Flag M2亲和凝胶)、Y2H菌株(Y2HGold) 阅读提示:见Materials and Methods中'Co-immunoprecipitation'和'Yeast two-hybrid assay' |
| 核苷酸交换实验 | 蛋白质浓度(30 μM)、Mant-GDP浓度(20倍过量)、GTP浓度(200 μM)、缓冲液成分(HEPES, NaCl, MgCl2, DTT)、检测波长(激发360nm/发射440nm) 阅读提示:见Materials and Methods中'Nucleotide exchange assay' |
| 动物实验 | 小鼠品系(BALB/c)、年龄(6-8周)、感染途径(腹腔注射)、剂量(4×10^5 CFU)、每组数量(12只)、观察时间(5天) 阅读提示:见Materials and Methods中'Infection-induced mouse melioidosis model' |