WSSV感染后wsv406表达分析
检测wsv406在感染对虾不同组织中的表达动态
取WSSV感染后不同时间点的血细胞、鳃、肝胰腺和肠道,提取RNA,通过qRT-PCR检测wsv406表达。
Modulation of the unfolded protein response by white spot syndrome virus via wsv406 targeting BiP to facilitate viral replication.
包含蛋白互作验证(pull-down、Co-IP、质谱)、细胞定位(免疫荧光)、功能验证(ATPase活性、RNAi敲低、存活率、病毒载量)及UPR通路分析(eIF2α磷酸化、ATF6核转位、XBP1剪接),证据层级丰富。
凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei) WSSV感染模型 果蝇S2细胞系 对虾血细胞和鳃组织
wsv406与LvBiP的相互作用通过pull-down、Co-IP和免疫荧光验证 wsv406对LvBiP ATPase活性的抑制效果 RNAi敲低wsv406或LvBiP后WSSV复制和存活率的变化 wsv406对eIF2α磷酸化和ATF6核转位的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测wsv406在感染对虾不同组织中的表达动态
取WSSV感染后不同时间点的血细胞、鳃、肝胰腺和肠道,提取RNA,通过qRT-PCR检测wsv406表达。
鉴定与wsv406相互作用的宿主蛋白
纯化wsv406-MBP重组蛋白,与对虾血细胞裂解液孵育,进行MBP pull-down,随后SDS-PAGE和质谱鉴定。
验证wsv406与LvBiP的相互作用及结合结构域
在果蝇S2细胞中共表达wsv406-HA与LvBiP-V5或LvBiP截短突变体,进行Co-IP;同时进行MBP pull-down和免疫荧光共定位实验。
检测wsv406是否影响LvBiP的ATPase活性
将BiP-GST与wsv406-MBP或MBP共孵育,加入ATP,检测ATP水解量。
评估wsv406和LvBiP在WSSV感染中的作用
注射dsRNA敲低wsv406或LvBiP,随后感染WSSV,检测病毒拷贝数、VP28表达和存活率。
研究wsv406对PERK-eIF2α、ATF6和IRE1-XBP1通路的影响
敲低wsv406后,通过Western blot检测eIF2α磷酸化水平,免疫荧光检测ATF4和ATF6核转位,qRT-PCR检测ATF4和ATF6调控的病毒基因表达,通过DdeI酶切检测XBP1剪接。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 质粒构建 | pAc5.1-HA载体 | -- | -- |
| pAc5.1-V5载体 | Invitrogen | V4110-20 | |
| pMAL-c2x载体 | New England Biolabs | N8076S | |
| pET-32a (+)载体 | Merck Millipore | 69015-3 | |
| pGEX-4T-1载体 | MiaoLing | pGEX-4T-1 | |
| 免疫共沉淀 | IP裂解液 | Beyotime | P0013 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | CWBio | CW2200S | |
| 抗V5亲和凝胶珠 | Sigma | A7345 | |
| 抗GFP磁珠 | Smart-lifesciences | SM038001 | |
| Western blot | 兔抗V5抗体 | Merck Millipore | AB379 |
| 兔抗GFP抗体 | Sigma | G1544 | |
| 兔抗HA抗体 | CST | 3724S | |
| 抗兔IgG HRP偶联物 | Promega | W4011 | |
| 蛋白表达与纯化 | 大肠杆菌Rosetta菌株 | TransGen Biotech | CD801-02 |
| 蛋白纯化 | 直链淀粉树脂 | Smart-lifesciences | SA077025 |
| Ni-NTA琼脂糖 | Yeasen | 20502ES50 | |
| 谷胱甘肽树脂 | GenScript | L00206-50 | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Fdbio science | FD2001 |
| Western blot(抗体) | 小鼠抗GST抗体 | Abbkine | ABT2030 |
| 小鼠抗His抗体 | Abbkine | ABT2050 | |
| 小鼠抗MBP抗体 | Abbkine | ABT2070 | |
| dsRNA合成 | T7 RiboMAX Express RNAi系统试剂盒 | Promega | P1700 |
| 免疫荧光 | FuGENE HD转染试剂 | Promega | E2311 |
| 山羊血清 | BOSTER | AR0009 | |
| 兔抗V5抗体 | Abclonal | AE089 | |
| 小鼠抗钙联蛋白抗体 | Proteintech | 66903-1 | |
| Hoechst 33258 | Beyotime | C1018 | |
| 共聚焦显微镜 | Leica | Stellaris 5 | |
| 兔抗ATF4抗体 | Bioss | bs-1531R | |
| 兔抗ATF6抗体 | Bioss | bs-1634R | |
| 小鼠抗β-肌动蛋白抗体 | Sigma | A1978 | |
| ATPase活性检测 | ATP检测试剂盒 | Beyotime | S0026 |
| 信号通路分析(Western blot) | 兔抗eIF2α抗体 | CST | 9722S |
| 兔抗磷酸化eIF2α抗体 | CST | 3398S | |
| 兔抗VP28抗体 | Genecreate | -- | |
| 病毒拷贝数检测 | 基因组DNA提取试剂盒 | Genstar | D111-01 |
| XBP1剪接检测 | DdeI限制性内切酶 | Takara | 1248A |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| WSSV感染 | WSSV毒株(中国株)、感染剂量、注射体积、注射部位 阅读提示:Materials and methods, 2.1 Shrimp and WSSV |
| 质粒构建 | 载体、标签、克隆位点、引物序列 阅读提示:Materials and methods, 2.2 Plasmid construction |
| 蛋白互作实验 | 细胞系(S2)、转染试剂、孵育时间、抗体 阅读提示:Materials and methods, 2.3 Co-immunoprecipitation and Western blot |
| ATPase活性检测 | 蛋白浓度、ATP浓度、反应时间、温度 阅读提示:Materials and methods, 2.9 ATPase assays |
| RNAi敲低 | dsRNA剂量、注射方式、敲低效率验证 阅读提示:Materials and methods, 2.7 Double-stranded RNA (dsRNA) synthesis; 2.11 WSSV challenge experiments |
| UPR通路分析 | 检测时间点、组织、抗体(eIF2α, p-eIF2α, ATF4, ATF6)、XBP1剪接检测方法 阅读提示:Materials and methods, 2.10 Phosphorylation assays; 2.12 XBP1 mRNA splicing assay |