鉴定与P57相互作用的蛋白
寻找与P57相互作用的新蛋白,以探索P57调控滋养层融合的机制。
通过免疫沉淀-质谱分析人早期胎盘绒毛组织,鉴定P57相互作用蛋白,并通过Venn分析、分子对接和Co-IP验证STK40与P57的相互作用。
STK40 inhibits trophoblast fusion by mediating COP1 ubiquitination to degrade P57Kip2.
包含细胞模型(BeWo、PHT)、分子对接、Co-IP、泛素化实验、转录组测序和临床样本,但缺少动物模型。
BeWo细胞系 原代人滋养层细胞(PHT) 人胎盘绒毛组织 HEK-293T细胞
STK40与P57的相互作用通过Co-IP验证 STK40表达下调在PHT自发融合和BeWo FSK诱导融合中验证 STK40过表达抑制融合,敲低促进融合(通过E-CAD和CGβ检测) STK40与P57的CDK结合域和Cyclin结合域结合(通过截短突变体Co-IP) COP1介导P57泛素化,STK40增强此效应(MG132处理)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
寻找与P57相互作用的新蛋白,以探索P57调控滋养层融合的机制。
通过免疫沉淀-质谱分析人早期胎盘绒毛组织,鉴定P57相互作用蛋白,并通过Venn分析、分子对接和Co-IP验证STK40与P57的相互作用。
评估STK40表达是否在滋养层融合过程中发生变化。
通过IF和Western blot检测PHT自发融合和BeWo FSK诱导融合模型中STK40的表达,以及人绒毛组织中STK40的定位。
确定STK40表达改变是否影响滋养层融合。
通过慢病毒感染构建STK40过表达和敲低的BeWo稳转细胞系,用CCK8、EdU、IF和Western blot检测细胞融合相关指标。
确定STK40与P57结合的具体区域。
构建P57截短突变体,通过Co-IP确定STK40与P57的结合区域,并通过流式细胞术检测细胞周期变化。
探究STK40是否通过COP1促进P57的泛素化降解。
在HEK-293T细胞中共转染相关质粒,用MG132抑制蛋白酶体,通过Co-IP和Western blot检测P57泛素化水平。
通过转录组测序寻找STK40调控的下游靶基因,支持其调控机制。
对STK40过表达和敲低的BeWo细胞进行RNA-seq,分析DEGs并进行GO和KEGG富集。
探索STK40异常表达与先兆子痫的相关性。
利用GEO数据集GSE149812分析STK40表达,并通过IF和Western blot验证PE胎盘中STK40的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | F12K培养基 | ATCC | -- |
| DMEM培养基 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 细胞融合诱导 | 毛喉素 | Sigma-Aldrich | -- |
| 细胞培养 | 胰蛋白酶 | Sigma-Aldrich | -- |
| 中性蛋白酶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶 | Roche | -- | |
| 细胞分离 | Percoll分离液 | GE Healthcare | -- |
| 细胞培养 | 聚凝胺 | -- | -- |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 质粒构建 | ECoR-I限制性内切酶 | NEB | -- |
| Not-I限制性内切酶 | NEB | -- | |
| 凝胶回收试剂盒 | Omega Bio-Tek | -- | |
| Exnase II连接酶 | Vazyme | -- | |
| 慢病毒包装 | 线性聚乙烯亚胺转染试剂 | Polysciences | -- |
| 蛋白提取和Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白定量 | BCA蛋白测定试剂盒 | Beyotime | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| ECL-Plus化学发光试剂盒 | NCM Biotech | -- | |
| 抗STK40抗体 | Invitrogen | PA5-22165 | |
| 抗P57抗体 | Proteintech | 66794-1-Ig | |
| 抗CGβ抗体 | Proteintech | 11615-1-AP | |
| 抗E-CAD抗体 | CST | #14472 | |
| 抗GAPDH抗体 | Beyotime | AF0006 | |
| 抗Myc标签抗体 | CST | #2276 | |
| 抗COP1抗体 | Abcam | ab56400 | |
| 抗泛素抗体 | Abmart | T55965 | |
| 免疫荧光 | 抗Vimentin抗体 | Bioss | BS-0756R |
| 抗细胞角蛋白7抗体 | ZSbio | ZM-007 | |
| 抗STK40抗体 | Biorbyt | orb101780 | |
| 山羊抗兔IgG Alexa Fluor 488 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 山羊抗小鼠IgG Alexa Fluor 594 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| DAPI染色液 | Beyotime | -- | |
| 免疫共沉淀 | 蛋白A/G磁珠 | Thermo Scientific Pierce | 88802 |
| 抗P57抗体 | CST | 2557S | |
| 正常兔IgG | CST | 2729 | |
| RNA提取和RT-qPCR | Trizol试剂 | Takara | -- |
| RT-qPCR | SYBR Green qPCR预混液 | TransGen Biotech | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | NCM Biotech | -- |
| 细胞增殖检测 | EdU试剂盒 | Beyotime | -- |
| 细胞周期检测 | 碘化丙啶 | Beyotime | -- |
| 仪器设备 | 共聚焦激光扫描显微镜 | Nikon | -- |
| 酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| BD FACSCelesta多色流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| Q Exactive质谱仪 | Thermo Scientific | -- | |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| 实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| 微型电泳系统 | Bio-Rad | -- | |
| 软件 | GRAMM-X蛋白-蛋白对接服务器 | -- | -- |
| PDBePISA服务器 | -- | -- | |
| PyMOL | -- | -- | |
| GraphPad Prism | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | BeWo细胞使用F12K培养基添加10% FBS;HEK-293T使用DMEM添加10% FBS;培养条件37℃、5% CO2 阅读提示:Materials and methods, Cell culture |
| 原代人滋养层细胞分离 | 正常足月胎盘经胰蛋白酶、DNase、Dispase消化,Percoll梯度离心富集VCT,培养于DMEM添加10% FBS 阅读提示:Materials and methods, Human placental tissue collection |
| 融合诱导 | BeWo细胞用25 μM FSK处理48-72小时;PHT自发融合需培养48小时 阅读提示:Materials and methods, Cell culture |
| 慢病毒感染 | 使用psPAX2、pVSVG和靶质粒共转染HEK-293T包装病毒,感染时添加2 μg/ml polybrene,筛选使用6 μg/ml嘌呤霉素 阅读提示:Materials and methods, Lentivirus packaging |
| 泛素化实验 | HEK-293T细胞共转染HA-UB、HA-STK40、P57、COP1质粒,并用MG132处理,然后进行Co-IP检测泛素化水平 阅读提示:Results, section 6 |
| RNA-seq | STK40-OE和sh-STK40 BeWo细胞及对照进行转录组测序,DEGs筛选标准为P<0.05和|log2FC|>0.5 阅读提示:Materials and methods, RNA sequencing |