生物信息学分析
分析IKBKE在正常组织和骨质疏松患者MSCs中的表达差异
从HPA数据库获取IKBKE表达谱;从GEO获取GSE35959数据集,使用GEO2R识别差异表达基因。
Amlexanox Enforces Osteogenic Differentiation and Bone Homeostasis Through Inhibiting Ubiquitin-Dependent Degradation of β-Catenin.
包含动物模型(OVX小鼠)、细胞模型(mBMSCs、hBMSCs、MC3T3-E1、Raw264.7)、体外功能验证(成骨、成脂、破骨)、机制验证(Western blot、泛素化、TOP/FOP报告基因)和体内外一致性验证。
OVX小鼠骨质疏松模型 小鼠骨髓间充质干细胞(mBMSCs) 人骨髓间充质干细胞(hBMSCs) C3H10T1/2和MC3T3-E1细胞系
OVX小鼠模型双侧卵巢切除,术后8周每日灌胃给予AM(50或100 mg/kg) AM处理浓度(体外):mBMSCs和MC3T3-E1中0、1.5、3 μM等梯度 β-连环蛋白敲低使用siRNA(si-Ctnnb1)转染,Ikbke敲低使用慢病毒shRNA 泛素化检测使用MG132(20 mM)处理8小时,以及PR-619(15 μM)处理48小时 hBMSCs来源于6名骨质疏松患者(补充表1),伦理学批准号LYF 2023049
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析IKBKE在正常组织和骨质疏松患者MSCs中的表达差异
从HPA数据库获取IKBKE表达谱;从GEO获取GSE35959数据集,使用GEO2R识别差异表达基因。
评估AM对OVX小鼠骨丢失、微结构和骨髓脂肪的影响
8周龄雌性C57BL/6J小鼠分为Sham、OVX、OVX+AM-LD (50 mg/kg)、OVX+AM-HD (100 mg/kg)组,灌胃给药8周。通过μCT、三点弯曲力学测试、H&E、TRAP、OCN免疫组化、钙黄绿素双标等分析骨参数。
确定AM对BMSCs成骨、成脂分化以及破骨细胞分化的影响
分离培养mBMSCs和hBMSCs,用不同浓度AM处理,通过ALP和ARS染色评估成骨,Oil Red O评估成脂,TRAP染色评估破骨分化。
验证AM对Wnt/β-catenin通路及β-catenin降解的影响
通过Western blot检测β-catenin蛋白水平,qRT-PCR检测mRNA;免疫荧光观察核转位;TOP/FOP报告基因评估活性;CHX追踪半衰期;泛素化检测评估降解。
验证AM对人BMSCs成骨分化的促进作用
分离培养hBMSCs,AM处理后检测成骨标志物(RUNX2、ALP、COL1α)、β-catenin蛋白和mRNA水平,进行ALP和ARS染色。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 安来洛诺司 | Abcam | ab142825 |
| 细胞培养 | α-MEM培养基 | -- | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素和链霉素 | Gibco | -- | |
| 成骨诱导 | L-抗坏血酸 | -- | -- |
| β-甘油磷酸 | -- | -- | |
| 地塞米松 | -- | -- | |
| 成脂诱导 | 胰岛素 | -- | -- |
| 3-异丁基-1-甲基黄嘌呤 | -- | -- | |
| 流式细胞术 | CD44-PE | Biolegend | -- |
| CD29-PE | ThermoFisher | -- | |
| Sca-1-PE/Cy7 | Elabscience | -- | |
| CD31-PerCP/Cy5.5 | Elabscience | -- | |
| CD19-BV711 | ThermoFisher | -- | |
| CD105-APC | BD Pharmingen | -- | |
| CD14-FITC | BD Pharmingen | -- | |
| CD34-PE | BD Pharmingen | -- | |
| 破骨细胞分化 | RANKL | PeproTech | -- |
| 慢病毒感染 | 对照shRNA慢病毒 | Genechem | -- |
| Ikbke-shRNA慢病毒 | Genechem | -- | |
| siRNA转染 | si-Ctnnb1 | RiboBio | -- |
| HiPerFect转染试剂 | Qiagen | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Boster | -- | |
| 核浆蛋白提取试剂盒 | Beyotime | -- | |
| Western blot | 抗-IKKε抗体 | Santa Cruz | sc-376114 |
| 抗-RUNX2抗体 | Bioss | bs-1134R | |
| 抗-ALP抗体 | Santa Cruz | sc-271431 | |
| 抗-COL1α抗体 | Proteintech | 67288-1-Ig | |
| 抗-PPARγ抗体 | Santa Cruz | sc-7273 | |
| 抗-FABP4抗体 | Santa Cruz | sc-271529 | |
| 抗-β-连环蛋白抗体 | Proteintech | 51067-2-AP | |
| 抗-GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 免疫组织化学 | 抗-OCN抗体 | Bioss | bs-4917R |
| HRP标记二抗 | Boster | -- | |
| DAB显色试剂盒 | Boster | -- | |
| 免疫荧光 | 抗活化β-连环蛋白抗体 | Millipore | -- |
| 荧光标记二抗 | Proteintech | -- | |
| DAPI | Solarbio | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RT-qPCR | PrimeScript逆转录试剂盒 | TaKaRa | RR047A |
| TB Green Premix Ex Taq | TaKaRa | RR820A | |
| TOP/FOP报告基因 | TOP flash质粒 | Beyotime | D2505 |
| FOP flash质粒 | Beyotime | D2507 | |
| 海肾荧光素酶质粒(pRL-TK) | Promega | -- | |
| GP转染试剂 | GenePharma | G04008 | |
| 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Promega | #E1960 | |
| 泛素化检测 | MG-132 | Beyotime | -- |
| PR-619 | MedChemExpress | HY-13814 | |
| 3-甲基腺嘌呤 | Selleck | -- | |
| 细胞裂解液 | Beyotime | -- | |
| 蛋白酶抑制剂 | Cwbio | -- | |
| PMSF | Beyotime | -- | |
| Protein A+G琼脂糖珠 | Beyotime | -- | |
| Western blot | 抗-泛素抗体 | Santa Cruz | sc-8017 |
| ECL化学发光试剂 | Millipore | -- | |
| Amersham Imager 600成像系统 | GE | -- | |
| 动物实验 | 钙黄绿素 | Sigma-Aldrich | -- |
| 显微CT | 显微CT Skyscan 1176 | Bruker | -- |
| 细胞培养 | C3H10T1/2细胞系 | -- | -- |
| Raw 264.7细胞系 | -- | -- | |
| MC3T3-E1细胞系 | -- | -- | |
| 动物实验 | C57BL/6J小鼠 | -- | -- |
| Ikbkefl/fl小鼠 | Cyagen Bioscience | -- | |
| Prx1-Cre小鼠 | Cyagen Bioscience | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型与给药 | 8周龄雌性C57BL/6J小鼠,OVX手术,AM剂量50或100 mg/kg,灌胃,持续8周,AM溶解于250 mM Tris-HCl缓冲液 阅读提示:Materials and methods: Animals and amlexanox treatment; Figure 2A示意图 |
| 细胞培养与成骨诱导 | mBMSCs培养条件(α-MEM+10% FBS+1% P/S),成骨诱导培养基组成(50 μM L-抗坏血酸,10 mM β-甘油磷酸,0.1 μM地塞米松),AM浓度梯度 阅读提示:Materials and methods: Isolation, culture and characterization of BMSCs; Cell culture and treatments |
| 基因敲低与敲除 | Ikbke敲低使用慢病毒shRNA,β-catenin敲低使用siRNA序列,转染试剂HiPerFect,敲除小鼠模型Prx1-Cre; Ikbkefl/fl 阅读提示:Materials and methods: Lentivirus infection; siRNA-mediated β-Catenin knockdown; Figure 5A-C |
| Wnt/β-catenin机制验证 | CHX追踪(50 μg/mL),MG132处理(20 mM),PR-619处理(15 μM),泛素化检测流程 阅读提示:Materials and methods: Cycloheximide chase assay; Immunoprecipitation and ubiquitylation assay; Figure 7 |
| 人BMSCs实验 | hBMSCs来源于6名骨质疏松患者(补充表1),伦理批准号LYF 2023049,培养条件(低糖DMEM+10% FBS+1% P/S),AM浓度梯度 阅读提示:Materials and methods: Isolation, culture and characterization of BMSCs; Figure 8 |