转录组分析
鉴定GluOC处理后的差异表达基因和富集通路,寻找关键靶分子
将MDA-MB-231细胞分为对照组和160 ng/mL GluOC处理组,进行RNA测序,筛选DEGs并进行KEGG通路富集分析。
GluOC promotes proliferation and metastasis of TNBC through the ROCK1 signaling pathway.
包含转录组分析、体外细胞功能实验、抑制剂干预及体内裸鼠模型,并进行了分子机制验证。
MDA-MB-231乳腺癌细胞系 BALB/c裸鼠异种移植模型
GluOC浓度为160 ng/mL(体外处理) ROCK1抑制剂Y-27632 (MCE, HY-10071)的使用 JAK2抑制剂TG-101209和AKT抑制剂MK-2206的使用 体内GluOC剂量为1 ng和3 ng 每组裸鼠数量为7只
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定GluOC处理后的差异表达基因和富集通路,寻找关键靶分子
将MDA-MB-231细胞分为对照组和160 ng/mL GluOC处理组,进行RNA测序,筛选DEGs并进行KEGG通路富集分析。
验证GluOC是否通过ROCK1促进细胞迁移
使用划痕实验、Transwell实验和细胞粘附实验检测GluOC和ROCK1抑制剂Y-27632处理后的细胞迁移能力变化。
探究GluOC是否通过ROCK1抑制凋亡和氧化应激
通过Hoechst染色、Annexin V-FITC/PI双染、ROS检测、SOD检测、JC-1染色等方法评估细胞凋亡和氧化应激水平。
验证GluOC是否通过ROCK1影响细胞周期和干性
通过qRT-PCR和Western blot检测细胞周期相关基因和干性标记物表达,并用流式细胞术分析细胞周期分布。
验证GluOC在体内对肿瘤生长和转移的影响
将MDA-MB-231细胞接种于BALB/c裸鼠皮下,成瘤后给予不同剂量GluOC,监测肿瘤生长,并通过HE染色、IHC、qRT-PCR等检测肿瘤增殖和转移。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与处理 | Y-27632 | MCE | HY-10071 |
| 细胞迁移实验 | Transwell小室 | Corning Costar | -- |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | VivaCell | C04001-500 |
| 细胞染色 | 结晶紫溶液 | Solarbio | #G1064 |
| 荧光染色 | Hoechst 33258 | Solarbio | C0021 |
| 凋亡检测 | Annexin V/FITC | Solarbio | CA1020 |
| 细胞周期分析 | 碘化丙啶染色液 | Beyotime | C1052 |
| ROS检测 | H2DCFH-DA | Solarbio | CA1410 |
| SOD检测 | SOD WST-1检测试剂盒 | Solarbio | BC5165 |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1 | Lablead Biotech | J22202 |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Lablead Biotech | B5001 |
| β-actin抗体 | Cohesion | CPA9066 | |
| ROCK1抗体 | Cell Signaling Technology | #4035 | |
| P-MYPT1抗体 | Cell Signaling Technology | #5163 | |
| MYPT1抗体 | Cell Signaling Technology | #2634 | |
| P-MLC2抗体 | Cell Signaling Technology | #3671 | |
| MLC2抗体 | Abmart | T55708 | |
| Bcl-2抗体 | Cell Signaling Technology | #15071 | |
| Bax抗体 | Cell Signaling Technology | #2772 | |
| Cleaved-caspase3抗体 | Wanleibio | WL01992 | |
| Caspase3抗体 | Cell Signaling Technology | #14220 | |
| Cleaved-caspase9抗体 | Cell Signaling Technology | #9505T | |
| Caspase9抗体 | Cell Signaling Technology | #9508 | |
| Nrf2抗体 | Abmart | TA0639S | |
| HO-1抗体 | Wanleibio | WL02400 | |
| CDK1抗体 | Abcam | ab13327 | |
| Cyclin A2抗体 | Abcam | AB181591 | |
| Cyclin B1抗体 | Cell Signaling Technology | #12231 | |
| OCT4抗体 | Wanleibio | WL03686 | |
| NANOG抗体 | Wanleibio | WL03273 | |
| SOX2抗体 | Wanleibio | WL03767 | |
| P-JAK2抗体 | Wanleibio | WL02997 | |
| JAK2抗体 | Wanleibio | WL02188 | |
| P-PIK3CA抗体 | Bioss | bs-5570R | |
| PIK3CA抗体 | Bioss | bs-2067R | |
| P-AKT抗体 | Cell Signaling Technology | #4060 | |
| AKT抗体 | Abcam | 179463 | |
| P-CREB抗体 | Abmart | TN23982 | |
| CREB抗体 | Cell Signaling Technology | #9197 | |
| 山羊抗兔IgG (H+L)-HRP | Lablead Biotech | S0101 | |
| 山羊抗小鼠IgG (H+L)-HRP | Lablead Biotech | S0100 | |
| ECL检测试剂盒 | Bio-Rad | #170-5060 | |
| qRT-PCR | RNA简单总RNA提取试剂盒 | Tiangen Biotech | DP419 |
| Hifair III第一链cDNA合成SuperMix | Yeasen Biotechnology | 11141ES60 | |
| SYBR Green qPCR试剂盒 | TransGen Biotech | AQ132-24 | |
| 动物实验 | 基质胶 | 文中未明确说明 | -- |
| 血清检测 | 骨钙素ELISA试剂盒 | Cloud-Clone Corp | SEA471Mu |
| 肝功能检测 | ALT/GPT检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | C009-2-1 |
| AST/GOT检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | C010-2-1 | |
| 免疫组织化学 | Ki67抗体 | Cell Signaling Technology | #12202 |
| DAB显色液 | Solarbio | DA1010 | |
| 组织切片 | OCT包埋剂 | SAKURA | 4583 |
| Masson染色 | Masson三色染色试剂盒 | Solarbio | G1340 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | MDA-MB-231细胞系;GluOC浓度160 ng/mL;处理时间24小时 阅读提示:Materials and Methods中Transcriptomic analysis和Cell culture相关描述 |
| 迁移实验 | 划痕实验细胞密度约90%;Transwell上室细胞密度1×10^3/孔;下室含10% FBS;处理时间24小时 阅读提示:Materials and Methods中Wound healing和Cell migration assay |
| 凋亡与氧化应激 | Y-27632浓度;Hoechst 33258浓度10 μg/mL;Annexin V/FITC用量5 μL;H2DCFH-DA浓度10 μmol/L;SOD检测试剂盒使用 阅读提示:Materials and Methods中Apoptosis assay和Detection of reactive oxygen species (ROS) |
| 细胞周期 | PI染色液(Beyotime, C1052);细胞处理时间24小时;流式细胞术分析 阅读提示:Materials and Methods中Cell-cycle analysis |
| 体内动物模型 | BALB/c裸鼠(6周龄雌性);细胞接种量5×10^5;GluOC剂量1 ng和3 ng;每组7只;肿瘤体积测量方法 阅读提示:Materials and Methods中Mouse xenograft model和Results中GluOC promotes the growth of breast cancer in nude mice |