单细胞转录组图谱构建
鉴定早期伤口中细胞类型和凋亡相关基因表达变化
对小鼠伤口24h和48h的细胞进行scRNA-seq,使用神经网络注释细胞类型,并进行差异表达和GO富集分析。
Apoptosis recognition receptors regulate skin tissue repair in mice.
包含scRNA-seq图谱、免疫荧光验证、功能阻断抗体体内实验、人类样本分析及qPCR等至少两个独立证据层级,并明确包含功能验证。
小鼠皮肤伤口模型 人类糖尿病足溃疡样本 小鼠巨噬细胞、树突状细胞、成纤维细胞等细胞类型
C57BL/6J小鼠(7-9周龄雄性) 使用4mm活检打孔器制作全层伤口 单细胞RNA测序使用10X Genomics平台 功能阻断抗体:anti-Axl(R&D)和anti-Timd4(BioXCell) 统计分析采用t检验或ANOVA,p<0.05为显著性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定早期伤口中细胞类型和凋亡相关基因表达变化
对小鼠伤口24h和48h的细胞进行scRNA-seq,使用神经网络注释细胞类型,并进行差异表达和GO富集分析。
验证伤口中确实发生凋亡
通过免疫荧光染色检测cleaved caspase 3阳性细胞,并量化比较24h和48h伤口。
确定胞葬受体及其配体在伤口细胞中的表达模式
分析scRNA-seq数据中胞葬相关基因的表达,并通过免疫荧光验证Axl和Timd4蛋白表达。
评估伤口愈合过程中胞葬作用的活性
将CFSE标记的凋亡中性粒细胞注射到伤口床,1小时后收集并量化被胞葬的细胞。
比较糖尿病和非糖尿病伤口中凋亡和胞葬通路表达差异
分析人类伤口scRNA-seq数据,使用CellChat推断细胞通讯,并通过免疫荧光验证Gas6表达。
探究TLR3信号是否足以或必要诱导Axl表达
在WT和TLR3 KO小鼠皮肤中注射poly(I:C)或IFN-β,检测Axl表达;再分析TLR3 KO伤口中Axl表达。
确定Axl和Timd4在伤口修复中的功能需求
腹腔注射anti-Axl或anti-Timd4功能阻断抗体,分析伤口愈合表型(组织学、免疫荧光、基因表达)。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型 | C57BL/6J小鼠 | The Jackson Laboratories | :000664 |
| TLR3敲除小鼠 | The Jackson Laboratories | :005217 | |
| Lyz2CreER小鼠 | The Jackson Laboratories | :031674 | |
| mTmG小鼠 | The Jackson Laboratories | :007676 | |
| 伤口制造 | 4毫米活检打孔器 | Millitex | -- |
| 单细胞消化 | Liberase TM | Roche | -- |
| 细胞培养 | RPMI培养基 | Gibco | -- |
| qPCR | SYBR green | -- | -- |
| 免疫染色 | Cleaved Caspase 3抗体 | Cell Signaling Technology | 9661 |
| Axl抗体 | Bioss | bs-5180R | |
| CD31抗体 | BD Biosciences | 550274 | |
| Gas6抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-103199 | |
| Lyve1抗体 | Abcam | ab14917 | |
| Timd4抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-116045 | |
| aSMA抗体 | Abcam | ab5694 | |
| 流式细胞术 | Axl抗体(流式) | BD Biosciences | 748032 |
| Ly6G抗体 | BioLegend | 127654 | |
| CD11c抗体 | BioLegend | 117318 | |
| CD64抗体 | BioLegend | 139304 | |
| CD45抗体 | Thermo Fisher Scientific | 47-0451-82 | |
| 功能阻断 | 抗Axl抗体 | R&D Systems | AF154 |
| 抗Timd4抗体 | Bio X Cell | BE0171 | |
| 细胞标记 | CFSE细胞标记试剂盒 | Abcam | ab113853 |
| RNA提取 | TRIzol LS试剂 | Invitrogen | -- |
| RNeasy Plus微型试剂盒 | QIAGEN | -- | |
| cDNA合成 | Superscript III第一链合成试剂盒 | Invitrogen | -- |
| qPCR | LightCycler 480实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- |
| 成像 | 蔡司AxioImager M1显微镜 | Zeiss | -- |
| 流式细胞术 | FACS Aria III流式细胞分选仪 | BD Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系、年龄、性别、饲养条件、伤口数量与大小 阅读提示:Methods: Animals, Wounding |
| 单细胞RNA测序 | 伤口时间点、消化方法、测序平台、细胞过滤标准 阅读提示:Methods: Single-cell digestion of mouse wounds, Single-cell data of mouse samples |
| 功能阻断实验 | 抗体种类、剂量、注射途径、注射时间、对照组设置 阅读提示:Methods: Injections |
| 胞葬活性检测 | 凋亡中性粒细胞制备、标记方法、注射细胞数、注射后收集时间 阅读提示:Methods: Neutrophil injection |
| 人类样本分析 | 患者诊断、样本处理流程、scRNA-seq数据分析参数 阅读提示:Methods: Human skin collection and processing for scRNA-seq, Single-cell data of human samples |