网络药理学靶点预测和通路富集
预测丹参酮IIA治疗EMs的潜在靶点和信号通路
利用TCMSP、PharmMapper和Swiss Target Prediction数据库获取丹参酮IIA靶点,利用Genecards、OMIM和DrugBank获取EMs靶点,取交集获得64个共同靶点。构建PPI网络筛选14个核心靶点,并进行GO和KEGG富集分析。
Tanshinone ⅡA participates in the treatment of endometriosis by regulating adhesion, invasion, angiogenesis and inhibition of PI3K/Akt/mTOR signaling pathway.
包含网络药理学预测和动物实验验证两个层级,但缺乏细胞实验等体外模型,机制验证主要依赖体内蛋白和基因表达检测。
SD大鼠自体移植EMs模型 网络药理学靶点预测
SD大鼠自体移植EMs模型的建立方法 丹参酮IIA给药剂量(3和12 mg/kg/天)及给药方式(腹腔注射) 阳性药物醋酸甲羟孕酮的给药剂量(2 mg/kg/天)及给药方式(灌胃) 检测时间点(给药21天后) 每组样本量(n=6)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测丹参酮IIA治疗EMs的潜在靶点和信号通路
利用TCMSP、PharmMapper和Swiss Target Prediction数据库获取丹参酮IIA靶点,利用Genecards、OMIM和DrugBank获取EMs靶点,取交集获得64个共同靶点。构建PPI网络筛选14个核心靶点,并进行GO和KEGG富集分析。
在体内验证丹参酮IIA对EMs的治疗作用
通过自体移植建立EMs大鼠模型,随机分为假手术组、模型组、阳性组、丹参酮IIA低剂量组和高剂量组,每组6只。阳性组灌胃给予醋酸甲羟孕酮2mg/kg/d,丹参酮IIA组腹腔注射3或12mg/kg/d,持续21天。
评估丹参酮IIA对异位病灶病理形态的影响
取异位组织,固定、包埋、切片,进行H&E染色,在光学显微镜下观察病理形态变化。
检测丹参酮IIA对血清TNF-α和IL-1β水平的影响
收集大鼠血清,采用ELISA试剂盒检测TNF-α和IL-1β浓度。
检测异位组织中ICAM-1、MMP-9和VEGF的表达水平
对异位子宫内膜组织切片进行免疫组化染色,使用抗MMP-9、抗ICAM-1和抗VEGF抗体,DAB显色,显微镜下观察并定量分析。
检测PI3K/Akt/mTOR信号通路相关蛋白的表达
提取异位内膜组织蛋白,BCA定量,SDS-PAGE电泳,转膜,抗体孵育,化学发光检测。
检测PI3K和mTOR的mRNA表达水平
提取异位内膜组织RNA,反转录成cDNA,进行RT-qPCR,GAPDH作为内参,使用2^-ΔΔCq方法计算表达量。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 丹参酮IIA | Shanghai No.1 biochemical pharmaceutical Co., Ltd. | -- |
| 药物处理(阳性对照) | 醋酸甲羟孕酮 | Zhejiang Xianju Pharmaceutical Co., Ltd. | -- |
| 免疫组化 | 抗MMP9抗体 | Bioss | bs-4593R |
| 抗ICAM-1抗体 | Bioss | bs-0608R | |
| 抗VEGF抗体 | Abcam | ab46154 | |
| HRP标记二抗 | Beijing Dingguo Changsheng Biotechnology Co., LTD | IH-0061 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beijing Dingguo Changsheng Biotechnology Co., LTD | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beijing Dingguo Changsheng Biotechnology Co., LTD | -- | |
| β-actin抗体 | Immunoway | YM3028 | |
| PI3K抗体 | Bioss | bs-0128R | |
| p-PI3K抗体 | Bioss | bs-3332R | |
| Akt抗体 | Bioss | bs-6951R | |
| p-Akt抗体 | Bioss | bs-5182R | |
| mTOR抗体 | Bioss | bs-1992R | |
| p-mTOR抗体 | Bioss | bs-3495R | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| ECL检测试剂 | -- | -- | |
| 凝胶成像系统 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| M-MLV逆转录酶试剂盒 | Invitrogen | AM2044 | |
| SYBR Green预混液 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| Applied Biosystems 7500系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 微量紫外分光光度计 | Quawell | Q5000 | |
| ELISA | 酶标仪 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| 组织学 | 光学显微镜 | Olympus Corporation | BX53 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | SD大鼠自体移植EMs模型的具体手术方法,供体组织来源、移植部位 阅读提示:Materials and methods, Experimental design and treatment |
| 药物处理 | 丹参酮IIA剂量(3和12 mg/kg/d)、给药方式(腹腔注射)、给药周期(21天);阳性对照药醋酸甲羟孕酮剂量(2 mg/kg/d)、给药方式(灌胃) 阅读提示:Materials and methods, Experimental design and treatment |
| 样本采集 | 麻醉方法(戊巴比妥钠40 mg/kg腹腔注射)、采血时间(给药21天后)、组织固定条件(4%多聚甲醛24小时) 阅读提示:Materials and methods, Experimental design and treatment |
| ELISA | 血清处理(1,200 × g离心10分钟)、ELISA试剂盒货号(CSB-E11987r、CSB-E08055r)、检测波长450 nm 阅读提示:Materials and methods, Enzyme-linked immunosorbent assay |
| 免疫组化 | 一抗稀释比例(anti-MMP9、anti-ICAM-1、anti-VEGF均为1:400)、二抗稀释比例(1:200)、DAB显色浓度0.01% 阅读提示:Materials and methods, Immunohistochemical staining |
| Western blot | 蛋白上样量80 µg、一抗稀释比例(β-actin 1:5000,PI3K 1:500,p-PI3K 1:1000,Akt 1:1000,p-Akt 1:1000,mTOR 1:1000,p-mTOR 1:1000) 阅读提示:Materials and methods, Western blotting analysis |
| RT-qPCR | PCR循环条件(35个循环,预变性95°C 2min,变性95°C 15s,退火62°C 30s,延伸72°C 30s)、引物序列(见表I)、内参GAPDH 阅读提示:Materials and methods, Reverse transcription-quantitative PCR |