鉴定PPARγ T166磷酸化及其上游激酶
验证T166磷酸化是否发生并确定其上游激酶。
通过HDX-MS发现CDDO改变PPARγ DBD构象;生成p-T166抗体检测磷酸化;使用扫描服务器预测激酶,并通过体外激酶实验和Co-IP验证PKCα介导。
Blockage of PPARγ T166 phosphorylation enhances the inducibility of beige adipocytes and improves metabolic dysfunctions.
包含体外细胞实验、动物模型(基因突变小鼠)、人类样本、HDX-MS、RNA-seq、ChIP等多个独立证据层级,并包含功能验证(CDDO处理、冷刺激)和机制验证(转录活性、Co-IP)。
HEK293T细胞 小鼠原代SVF分化脂肪细胞 PPARγ T166A/T166D基因突变小鼠 人皮下脂肪SVF分化脂肪细胞
T166磷酸化状态(p-T166水平) CDDO处理浓度(100 nM体外,3 mg/kg体内)及时间 PPARγ T166A/T166D突变体对米色脂肪细胞生成的影响 高脂饮食(HFD)诱导的肥胖模型 冷刺激或ISO处理对脂质分解的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证T166磷酸化是否发生并确定其上游激酶。
通过HDX-MS发现CDDO改变PPARγ DBD构象;生成p-T166抗体检测磷酸化;使用扫描服务器预测激酶,并通过体外激酶实验和Co-IP验证PKCα介导。
评估CDDO能否抑制p-T166并促进白色脂肪组织米色化。
在体内小鼠模型和体外分化脂肪细胞中检测p-T166水平、米色细胞标志物表达及线粒体功能。
确定T166磷酸化状态对PPARγ激动剂诱导米色细胞生成的影响。
使用TA(去磷酸化模拟)和TD(磷酸化模拟)小鼠,经CDDO或RSG处理,分析米色细胞形态和标志物。
揭示T166磷酸化如何影响PPARγ的转录功能。
通过荧光素酶报告基因、Co-IP、结构建模分析T166磷酸化对PPARγ与共激活因子结合及转录活性的影响。
探究T166磷酸化是否影响脂肪细胞脂质分解和线粒体功能。
通过RNA-seq、ChIP-qPCR、线粒体功能检测和冷刺激实验,分析T166磷酸化对脂质代谢基因表达和生理功能的影响。
确定p-T166水平是否与肥胖相关代谢紊乱相关,并验证阻断p-T166的改善效果。
检测HFD小鼠p-T166水平及代谢指标;比较TA、TD小鼠在HFD下的代谢表型。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | CDDO | APExBIO | A3220 |
| 罗格列酮 | MedChemExpress | HY-17386 | |
| CDDO-咪唑衍生物 | MedChemExpress | HY-15725 | |
| CDDO-甲酯 | -- | PubChem CID: 400769 | |
| 分子克隆 | Cas9 mRNA | Sigma-aldrich | -- |
| 基因型鉴定 | PCR纯化试剂盒 | QIAQuick | -- |
| 体外转录 | MEGAshortscript T7 试剂盒 | Thermo Fisher | AM1354 |
| 细胞培养 | I型胶原酶 | Worthington | -- |
| DMEM/F12培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 胰岛素 | -- | -- | |
| 三碘甲状腺原氨酸 | -- | -- | |
| 3-异丁基-1-甲基黄嘌呤 | -- | -- | |
| 地塞米松 | -- | -- | |
| 吲哚美辛 | -- | -- | |
| 荧光染色 | MitoTracker Red | ThermoFisher | M7512 |
| BODIPY 493/503 | ThermoFisher | D3922 | |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| Novaseq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| 蛋白质印迹 | 兔抗PPARγ抗体 | Cell Signaling Technology | #81B8 |
| 小鼠抗PPARγ抗体 | Santa Cruz | sc-7273 | |
| 抗UCP1抗体 | Abcam | ab209483 | |
| 抗PRDM16抗体 | Abcam | ab106410 | |
| 抗HA抗体 | Genscript | A01244 | |
| 抗Flag抗体 | Proteintech | 20543-1-AP | |
| 抗p-PKCα抗体 | Abcam | ab32502 | |
| 抗PKCα抗体 | Cell Signaling Technology | #2056 | |
| 抗PPARγ p-Ser273抗体 | Bioss | bs-4888R | |
| 抗PPARγ p-Ser112抗体 | Abcam | ab195925 | |
| 抗p-ERK1/2抗体 | Abcam | ab223500 | |
| 抗ERK1/2抗体 | Abcam | ab17942 | |
| 抗CDK5R1抗体 | Bioss | bs-11611R | |
| 抗CDK5抗体 | Bioss | bs-0559R | |
| 抗p-组蛋白H1抗体 | Millipore | 05-1324 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Genscript | A00702 | |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | #3683 | |
| p-T166单克隆抗体 | -- | -- | |
| RT-qPCR | 5× All-In-One RT MasterMix逆转录试剂盒 | abm | G486 |
| AceQ qPCR SYBR Green预混液 | Vazyme | Q111-02 | |
| StepOnePlus实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| 激酶实验 | 人PPARγ蛋白 | Cayman Chemical | 61700 |
| 活性人PKCα蛋白 | Millipore | 14-484 | |
| ATP | Cell Signaling Technology | 9804S | |
| PKC脂质激活剂 | Millipore | 20-133 | |
| 组蛋白H1 | Millipore | 14-155 | |
| 报告基因实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 |
| 质谱分析 | Lys-C蛋白酶 | Promega | V167A |
| 蛋白相互作用 | Western blotting和IP裂解液 | Cell Signaling Technology | 9803S |
| 兔IgG | Cell Signaling Technology | #3900 | |
| Protein A+G琼脂糖珠 | Abcam | ab193262 | |
| ChIP | Protein G磁珠 | Cell Signaling Technology | #9006 |
| HDX-MS | 胃蛋白酶柱 | ThermoFisher | -- |
| Acclaim PepMap300 C18色谱柱 | ThermoFisher | -- | |
| ACQUITY UPLC Peptide CSH C18色谱柱 | Waters | -- | |
| Orbitrap Fusion质谱仪 | ThermoFisher | -- | |
| BioPharm Finder软件 | ThermoFisher | -- | |
| HD-Examiner软件 | Sierra Analytics | -- | |
| 代谢检测 | XF24海马细胞外流量分析仪 | Seahorse Biosciences | -- |
| 组织学分析 | TissueFAXS定量成像系统 | TissueGnostics | -- |
| StrataQuest 6.0.182图像分析软件 | TissueGnostics | -- | |
| Nikon A1R共聚焦激光扫描显微镜 | Nikon | -- | |
| 动物实验 | 高脂饮食 | Research Diets Inc. | D12492 |
| 生化和血清分析 | 甘油三酯检测试剂盒 | -- | -- |
| 磷酸化分析 | LTQ-Orbitrap质谱仪 | ThermoFisher | -- |
| 纳升液相色谱系统 | Microtech Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与分化 | SVF细胞分离方法、分化培养基组成(Insulin 850 nM, T3 1 nM, IBMX 0.5 mM, Dex 5 μM, Indomethacin 125 nM)、分化时间(8天) 阅读提示:Materials and methods: Primary adipocyte differentiation and culture |
| 动物模型与处理 | 小鼠品系(C57BL/6J)、年龄(6-8周)、药物剂量(CDDO 3 mg/kg, RSG 5 mg/kg)、处理时间(14天/7天)、HFD配方(D12492)和时长(16周) 阅读提示:Materials and methods: Generation of PPARγ-T166A (TA) and PPARγ-T166D (TD) mice and animal study |
| 磷酸化检测 | p-T166抗体特异性、细胞处理(PMA 100 nM, Ro 2 μM, CDDO 100 nM) 阅读提示:Results: Identification of T166 phosphorylation pattern in PPARγ; Figure 1d-f |
| 转录活性测定 | 报告基因实验转染比例(PPARγ:PPRE-Luc:pRL = 50:50:1)、处理时间(24h)、配体浓度 阅读提示:Materials and methods: PPARγ gene-luciferase reporter assay; Figure 4a-e |
| 脂质代谢分析 | RNA-seq样本数(n=4)、冷刺激条件(禁食过夜后4°C 3h或6h)、ISO处理浓度和时间(6h) 阅读提示:Results: T166 phosphorylation reprograms lipid metabolism in adipocytes; Figure 5 |