临床样本和数据库分析
评估ZIC5在PCa组织中的表达及其与预后的关系。
使用TCGA、GEO数据库分析ZIC5表达,免疫组化检测临床样本(BPH、局限性PCa、转移性PCa)中ZIC5表达,Western blot和RT-qPCR验证组织中的表达。
AR-regulated ZIC5 contributes to the aggressiveness of prostate cancer.
包含临床样本分析、体外细胞功能实验(迁移侵袭、集落形成、增殖、凋亡)、机制研究(报告基因、ChIP、Co-IP)及体内异种移植模型验证,证据层级丰富。
C4-2B细胞 22RV1细胞 LNCaP细胞 小鼠异种移植模型
ZIC5在PCa组织和细胞系中的表达水平及其与预后的关系 ZIC5对PCa细胞迁移、侵袭、集落形成和EMT的影响 ZIC5对Wnt/β-catenin信号通路及β-catenin-TCF4复合物的调节 AR通过miR-27b-3p调控ZIC5表达的机制 ZIC5对恩扎卢胺敏感性的影响(体外和体内)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估ZIC5在PCa组织中的表达及其与预后的关系。
使用TCGA、GEO数据库分析ZIC5表达,免疫组化检测临床样本(BPH、局限性PCa、转移性PCa)中ZIC5表达,Western blot和RT-qPCR验证组织中的表达。
验证ZIC5对PCa细胞迁移、侵袭、集落形成和增殖的影响。
在C4-2B和22RV1细胞中敲低或过表达ZIC5,进行伤口愈合、Transwell-Matrigel侵袭、集落形成、CCK8和EdU实验。
探究ZIC5是否通过TWIST1调控EMT。
检测EMT标志物表达,预测ZIC5在TWIST1启动子的结合位点,进行荧光素酶报告基因和ChIP实验验证结合。
验证ZIC5是否通过增强β-catenin-TCF4相互作用激活Wnt信号。
检测Wnt靶基因表达,使用TCF/LEF报告基因,检测β-catenin定位,Co-IP分析ZIC5与β-catenin/TCF4的相互作用。
探究AR如何上调ZIC5表达。
用DHT刺激或siRNA敲除AR,检测ZIC5表达;预测miR-27b-3p结合位点,进行荧光素酶报告实验,ChIP检测AR和SRC-3在miR-27b-3p启动子上的结合。
验证ZIC5抑制联合恩扎卢胺对PCa肿瘤生长的影响。
将稳定敲低ZIC5的22RV1细胞皮下接种裸鼠,去势后分组给药恩扎卢胺,测量肿瘤体积和重量,IHC检测Ki-67。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | F12K培养基 | GIBCO | -- |
| RPMI-1640培养基 | GIBCO | -- | |
| 胎牛血清 | GIBCO | -- | |
| 角质形成细胞无血清培养基 | -- | -- | |
| 药物处理 | 双氢睾酮 | Sigma-Aldrich | -- |
| 伏立诺他 | Selleck Chem | S1047 | |
| 恩扎卢胺 | Selleck Chem | S1250 | |
| 蟾毒灵 | Sigma-Aldrich | 203900 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RT-qPCR | PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | -- |
| SYBR Premix Ex Taq试剂盒 | Takara | -- | |
| StepOnePlus实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白检测 | PVDF膜 | Servicebio | -- |
| Western blot | ECL化学发光试剂盒 | Multisciences | -- |
| 细胞增殖 | CCK8试剂 | Dojindo | -- |
| 细胞凋亡 | Annexin V/PI凋亡检测试剂盒 | Multisciences | -- |
| 细胞增殖 | Cell-Light EdU成像检测试剂盒 | RiboBio | -- |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 免疫沉淀 | 蛋白A/G磁珠 | Invitrogen | 88803 |
| 荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Vital River Laboratory Animal | -- |
| 免疫组化 | 抗ZIC5抗体 | Aviva Systems Biology | OAEB00858 |
| 抗ZIC5抗体 | Bioss | bs-12147R | |
| 抗KI67抗体 | Abcam | ab15580 | |
| Western blot | 抗N-cadherin抗体 | Abcam | ab18203 |
| 抗E-cadherin抗体 | Cell Signaling Technology | 3195 | |
| 抗Snail1抗体 | Cell Signaling Technology | 3879 | |
| 抗TWIST1抗体 | Proteintech | 25465-1-AP | |
| 抗ZIC5抗体 | Aviva Systems Biology | ARP33669-P050 | |
| 抗β-actin抗体 | Abcam | ab8227 | |
| 抗β-catenin抗体 | Proteintech | 51067-2-AP | |
| 抗TCF4抗体 | Proteintech | 22337-1-AP | |
| 抗Histone H3抗体 | Abcam | ab1791 | |
| 抗Tubulin抗体 | Cell Signaling Technology | 2148 | |
| 抗AR-V7抗体 | Cell Signaling Technology | 19672 | |
| 抗AR抗体 | Abcam | ab108341 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab9485 | |
| ChIP | 抗Flag抗体 | Cell Signaling Technology | 14793 |
| 抗SRC-1抗体 | Cell Signaling Technology | 2191 | |
| 抗SRC-2抗体 | Cell Signaling Technology | 96687 | |
| 抗SRC-3抗体 | Cell Signaling Technology | 2126 | |
| 抗H3K9Ac抗体 | Thermo | PA5-117092 | |
| 抗H3K9Me2抗体 | Thermo | PA5-120810 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养条件:PCa细胞系(LNCAP, C4-2B, 22RV1, DU145, PC3)和正常前列腺上皮细胞RWPE1;培养基成分(F12K、RPMI-1640、K-SFM)及添加剂(10% FBS、1%青霉素-链霉素);培养环境(37°C、5% CO2) 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and reagents |
| 临床样本分析 | 样本类型和数量:10例BPH、10对PCa及癌旁组织、5例转移样本;样本来源医院;病理诊断确认 阅读提示:Materials and methods: Clinical samples |
| 免疫组化 | 抗体:抗ZIC5 (OAEB00858, Aviva; bs-12147R, Bioss),抗KI67 (ab15580, Abcam);评分标准:阳性细胞百分比和染色强度 阅读提示:Materials and methods: Immunohistochemical staining |
| 细胞功能实验 | 细胞数量(5000细胞/孔用于CCK8,1000细胞/孔用于集落形成,1×10^5细胞/孔用于侵袭实验);处理时间(集落形成10天,侵袭24小时);Matrigel包被Transwell 阅读提示:Materials and methods: Cell proliferation assays, Colony formation assay, Wound healing and cell invasion assays |
| 基因敲低和过表达 | 转染试剂Lipofectamine 2000;shRNA序列及MOI=50;质粒类型(Flag-tagged pcDNA3.1-ZIC5);siRNA浓度未明确说明 阅读提示:Materials and methods: Plasmid construction and transfection |
| 机制实验 | 荧光素酶报告基因载体(TWIST1启动子、miR-27b-3p启动子、TCF/LEF、ZIC5 3'UTR);ChIP抗体(anti-Flag, anti-AR, anti-SRC-1/2/3, anti-H3K9Ac/Me2);Co-IP条件 阅读提示:Materials and methods: Luciferase reporter assay, Chromatin immunoprecipitation, Immunoprecipitation assay |
| 动物实验 | 小鼠品系和年龄:BALB/c裸鼠(4-5周龄);细胞接种量1×10^6;分组及给药:sh-NC+PS、sh-NC+Enz(10 mg/kg)、sh-ZIC5+PS、sh-ZIC5+Enz(10 mg/kg),口服;实验周期30天 阅读提示:Materials and methods: Animal assay |