临床流行病学分析
评估糖尿病患者患重症登革热的风险。
利用台湾NHIRD数据库,进行巢式病例对照研究,比较DM与非DM患者中DENV感染和DHF的发生率。
Hyperglycemia exacerbates dengue virus infection by facilitating poly(A)-binding protein-mediated viral translation.
包含临床队列分析、体外细胞实验、机制验证(siRNA、抑制剂)和体内小鼠模型,证据层级丰富。
BHK-21细胞 A549细胞 DENV感染的小鼠模型 STZ诱导的糖尿病小鼠
HG浓度:25 mM葡萄糖处理48小时 PABP siRNA敲低验证 PI3K/AKT抑制剂(LY294002、AKTi)处理 PDI抑制剂P1处理 STZ诱导糖尿病小鼠模型
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估糖尿病患者患重症登革热的风险。
利用台湾NHIRD数据库,进行巢式病例对照研究,比较DM与非DM患者中DENV感染和DHF的发生率。
验证高糖是否增强DENV感染及病毒蛋白表达和病毒释放。
BHK-21和A549细胞用5.5或25 mM葡萄糖处理48小时,然后感染DENV,通过Western blot和空斑实验检测病毒蛋白表达和病毒滴度。
确定高糖是否影响病毒结合、进入、内体酸化、脱壳和基因组复制。
通过流式细胞术、共聚焦显微镜、吖啶橙染色、Western blot检测衣壳蛋白和dsRNA染色等方法分析。
检验高糖是否增强DENV RNA翻译。
使用DENV-FLuc报告基因和复制子细胞系BHK-D2-Fluc-SGR-Neo-1,检测荧光素酶活性,并用根皮苷抑制葡萄糖摄取。
探究高糖如何调控PABP表达及其对病毒翻译的影响。
通过Western blot检测多种翻译因子的表达,使用PI3K/AKT抑制剂和siRNA敲低PABP,再进行病毒滴度检测。
确定PDI是否参与PABP-eIF4G复合物的形成及DENV感染。
使用PDI抑制剂P1处理细胞,通过免疫共沉淀检测PABP-eIF4G相互作用,并检测病毒滴度。
验证高血糖是否加剧DENV感染和死亡率。
用STZ诱导糖尿病小鼠,然后感染DENV,监测生存率、病毒蛋白表达和病毒载量。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 胎牛血清 | Biological Industries | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| HEPES | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 非必需氨基酸 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| G418 | MilliporeSigma | -- | |
| 病毒扩增 | MEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Western blot | 蛋白酶抑制剂混合物 | MilliporeSigma | -- |
| PVDF膜 | MilliporeSigma | -- | |
| 脱脂奶粉 | -- | -- | |
| 吐温-20 | -- | -- | |
| ECL蛋白质印迹检测试剂盒 | PerkinElmer | ORT2655 | |
| 空斑实验 | 甲基纤维素 | MilliporeSigma | M0512 |
| 结晶紫 | MilliporeSigma | C0775 | |
| 甲醛 | MilliporeSigma | -- | |
| 流式分析 | 牛血清白蛋白 | MilliporeSigma | -- |
| 免疫荧光染色 | Triton X-100 | -- | -- |
| 鬼笔环肽 | Invitrogen | A12379 | |
| DAPI | MilliporeSigma | D9542 | |
| Hoechst 33258 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| dsRNA染色 | 抗dsRNA J2抗体 | SCICONS | 10010200 |
| Alexa Fluor 488偶联的山羊抗小鼠抗体 | Thermo Fisher Scientific | A-11029 | |
| 药物处理 | 链脲佐菌素 | MilliporeSigma | S0130 |
| FCCP | MilliporeSigma | C2920 | |
| 吖啶橙 | MilliporeSigma | A6014 | |
| 根皮苷 | MilliporeSigma | P7912 | |
| 雷帕霉素 | MilliporeSigma | 553210 | |
| AKT抑制剂 | MilliporeSigma | B2311 | |
| LY294002 | Cayman Chemical | 70920 | |
| P1 | Tocris Bioscience | 5127 | |
| 二甲基亚砜 | Bionovas | AD0470 | |
| 细胞活性检测 | MTT | Bio Basic | T0793 |
| LDH检测试剂盒 | Roche | 11644793001 | |
| 转染 | TurboFect转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | R0531 |
| siRNA转染 | PABP siRNA | Dharmacon Inc. | -- |
| Stealth RNAi siRNA阴性对照 | Invitrogen | 12935 | |
| RNA提取 | TRIzol | Invitrogen | -- |
| RT-qPCR | 高容量cDNA逆转录试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 4368814 |
| qPCRBIO SyGreen Mix Hi-ROX | PCR Biosystems | PB20.12 | |
| StepOnePlus实时PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 免疫沉淀 | 蛋白A琼脂糖珠 | MilliporeSigma | 16-156 |
| 酶联免疫吸附试验 | 细胞毒性检测试剂盒 | Roche | 11644793001 |
| 抗体 | 抗eEF1A1抗体 | GeneTex | GTX102285 |
| 抗PDI抗体 | GeneTex | GTX25484 | |
| 抗DENV NS1抗体 | GeneTex | GTX124280 | |
| 抗NS4B抗体 | GeneTex | GTX103349 | |
| 抗衣壳抗体 | GeneTex | GTX103343 | |
| 抗PABP抗体 | Novus Biologicals | NB120-6125 | |
| 抗dsRNA抗体 | SCICONS | 10010200 | |
| 抗磷酸化IRF3抗体 | Bioss | bs-3195R | |
| 抗β-actin抗体 | MilliporeSigma | A5441 | |
| 抗IRF3抗体 | Cell Signaling Technology | 4302 | |
| 抗磷酸化STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 9167 | |
| 抗STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 9172 | |
| HRP偶联的山羊抗兔IgG | Cell Signaling Technology | 7074S | |
| HRP偶联的马抗小鼠IgG | Cell Signaling Technology | 7076S | |
| 抗hnRNP A2B1抗体 | Abcam | ab24409 | |
| 抗eIF4G1抗体 | Abcam | ab2609 | |
| 抗YB-1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-18057 | |
| 抗NF90抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-22530-R | |
| HRP偶联的驴抗山羊IgG | Santa Cruz Biotechnology | sc-2020 | |
| 抗PTBP1抗体 | Thermo Fisher Scientific | 32-4800 | |
| 小鼠IgG2b κ同型对照 | Thermo Fisher Scientific | 14-4732-85 | |
| 显微镜 | 共聚焦显微镜 | Leica | TCS SP5 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床数据分析 | 病例和对照的匹配条件、DM定义、OR值计算 阅读提示:Methods: Ethics statement and data collection; Results: Patients with DM... |
| 细胞培养 | 细胞系、培养基(葡萄糖浓度)、处理时间 阅读提示:Methods: Cell, virus, and mice |
| 高糖处理 | 葡萄糖浓度(25 mM)、处理时间(48小时)、对照(甘露糖) 阅读提示:Methods: Cell culture; Figure 1 legend |
| 病毒感染 | DENV株(PL046)、感染复数、感染时间(48小时) 阅读提示:Methods: Cell, virus, and mice; Figure 1 legend |
| 病毒翻译检测 | DENV-FLuc报告基因、复制子细胞系、根皮苷浓度(40 μM) 阅读提示:Methods: DENV-FLuc assay, Reporter assay; Figure 3 legend |
| 机制研究 | 抑制剂浓度(LY294002、AKTi)、siRNA序列、处理时间 阅读提示:Methods: Western blotting, siRNA knockdown; Figure 4 legend |
| 体内实验 | STZ剂量(200 mg/kg)、注射次数(3次)、感染剂量、时间点 阅读提示:Methods: Hyperglycemic adult mouse model, Hyperglycemic suckling-mouse model; Figure 6 legend |