一种指导骨肉瘤预后和免疫微环境的新型特征：铜死亡相关的长链非编码RNA

目的：骨肉瘤（OS）是一种常见骨恶性肿瘤，预后差。我们旨在研究铜死亡相关lncRNA（CRLncs）与OS患者生存结局之间的关系。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）下载86例OS患者的转录组和临床数据。从基因表达综合（GEO）数据库下载GSE16088数据集。10个铜死亡相关基因（CRGs）来自最近在《科学》杂志上发表的一篇关于铜死亡的文章。结合OS转录组数据和GSE16088数据集的联合分析，鉴定了与OS相关的差异表达CRGs。接下来，进行通路富集分析。共表达分析获得与OS相关的CRLncs。使用单变量COX回归分析和最小绝对收缩和选择算子（LASSO）回归分析构建CRLncs的风险预后模型。样本被平均分为训练组和测试组以验证模型的准确性。进行了风险曲线、生存、受试者工作特征（ROC）曲线和独立预后分析。接下来，进行主成分分析（PCA）和t分布随机邻域嵌入（t-SNE）分析。使用单样本基因集富集分析（ssGSEA）探讨风险预后模型与OS免疫微环境之间的相关性。药物敏感性分析确定了在OS中具有潜在疗效的药物。实时定量PCR、Western blotting和免疫组织化学分析验证了CRGs在OS中的表达。实时定量PCR用于验证CRLncs在OS中的表达。结果：获得了六个可指导OS预后和免疫微环境的CRLncs，包括三个高风险CRLncs（AL645608.6、AL591767.1和UNC5B-AS1）和三个低风险CRLncs（CARD8-AS1、AC098487.1和AC005041.3）。在高风险组中，免疫细胞如B细胞、巨噬细胞、T辅助2型（Th2）细胞、调节性T细胞（Treg）以及免疫功能如APC共抑制、检查点和T细胞共抑制显著下调。此外，我们获得了四种对OS具有潜在疗效的药物：AUY922、硼替佐米、来那度胺和Z.LLNle.CHO。与正常成骨细胞hFOB1.19相比，OS细胞系中LIPT1、DLAT和FDX1在mRNA和蛋白水平的表达均显著升高。AL591767.1的mRNA表达水平在OS中降低，而AL645608.6、CARD8-AS1、AC005041.3、AC098487.1和UNC5B-AS1在OS中上调。结论：本研究中获得的能指导OS预后和免疫微环境的CRLncs以及对OS可能具有潜在疗效的药物，为OS生存研究和临床决策提供了理论基础。