建立MSL1-KO和NSL3-KO细胞系
通过CRISPR/Cas9敲除关键亚基,分别破坏MSL和NSL复合物的完整性,以研究其对细胞功能的影响。
利用CRISPR/Cas9技术针对MSL1外显子3和NSL3外显子2设计sgRNA,构建pX459载体,转染293T细胞后经嘌呤霉素筛选获得单克隆细胞系,并通过Western blot验证敲除效率。
Two distinct males absent on the first (MOF)-containing histone acetyltransferases are involved in the epithelial-mesenchymal transition in different ways in human cells.
包含CRISPR/Cas9基因敲除细胞系、体外功能实验(增殖、侵袭、EMT标志物)、转录调控机制验证(荧光素酶报告、ChIP)及体内小鼠转移模型等多个独立证据层级。
HEK293T细胞(MSL1-KO和NSL3-KO) 乳腺癌细胞系MCF-7和MDA-MB-231 B16F10黑色素瘤细胞(小鼠尾静脉转移模型) Balb/c小鼠移植瘤模型
CRISPR/Cas9介导的MSL1-KO和NSL3-KO在293T细胞中的敲除效率通过Western blot验证 Transwell迁移实验中使用的细胞数量和培养时间(2×10^4细胞,24小时) 体内实验中B16F10细胞注射数量(未明确说明,但每组5只小鼠) 荧光素酶报告实验中的质粒转染量和时间(0.4μg报告质粒,48小时) ChIP-seq数据分析使用的抗体和细胞系(WT、MSL1-KO、NSL3-KO)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
通过CRISPR/Cas9敲除关键亚基,分别破坏MSL和NSL复合物的完整性,以研究其对细胞功能的影响。
利用CRISPR/Cas9技术针对MSL1外显子3和NSL3外显子2设计sgRNA,构建pX459载体,转染293T细胞后经嘌呤霉素筛选获得单克隆细胞系,并通过Western blot验证敲除效率。
评估MSL1和NSL3缺失对细胞增殖和克隆形成能力的影响。
通过MTT细胞增殖实验检测5天内细胞活力,通过克隆形成实验观察细胞集落形成能力。
检测MSL1-KO和NSL3-KO对细胞周期进程的影响。
通过流式细胞术分析碘化丙啶染色的细胞DNA含量,比较不同细胞周期的细胞比例。
观察MSL1和NSL3缺失引起的细胞形态变化,特别是纺锤体极性和细胞形态。
通过免疫荧光染色观察α-微管蛋白、中心粒蛋白和细胞核,分析多极纺锤体和腔样细胞的比例。
评估MSL1和NSL3表达水平对细胞迁移能力的影响。
使用Transwell小室进行迁移实验,计数迁移细胞数量,比较不同处理组的细胞迁移能力。
检测MSL1和NSL3对上皮和间充质标志物表达的影响。
通过Western blot检测E-钙黏蛋白、N-钙黏蛋白、波形蛋白、Snail和SMAD3的蛋白水平。
确定MSL1是否直接调控Snail的转录,并定位其结合区域。
构建Snail启动子不同截短体的荧光素酶报告质粒,与MSL1共转染后检测荧光素酶活性,并通过ChIP实验验证MSL1结合。
验证MSL1沉默对体内肿瘤生长和肺转移的影响。
将MCF-7细胞(shNT或shMSL1)皮下注射裸鼠,观察肿瘤生长;将B16F10细胞(shNT或shMSL1)尾静脉注射Balb/c小鼠,观察肺转移情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | CLARK Bioscience | -- | |
| 青链霉素混合物 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 基因敲除 | pX459载体 | Addgene | Cat#48139 |
| 聚乙烯亚胺 | Polysciences | 23966 | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 流式细胞术 | 碘化丙啶 | 北京鼎国 | CF0031 |
| 核糖核酸酶A | Sigma | R5500 | |
| 曲拉通X-100 | Sigma | T8787 | |
| 细胞增殖分析 | CellTiter 96水溶性细胞增殖检测试剂盒 | Promega | G3580 |
| 迁移实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 免疫荧光 | 含DAPI的Vectashield封片液 | Vector Laboratories | H-1200 |
| FITC偶联二抗 | -- | sc-2010 | |
| RNA提取 | RNAiso Plus | Takara | 9109 |
| cDNA合成 | PrimeScript第一链cDNA合成试剂盒 | Takara | 6110A |
| 实时定量PCR | TB Green Premix Ex Taq II | Takara | RR820A |
| RT-qPCR | Eco实时PCR系统 | Illumina | -- |
| Western blot | 抗H4K16ac抗体 | Sigma-Aldrich | H9164 |
| 抗H4K5ac抗体 | Merck Millipore | 07-327 | |
| 抗H4K8ac抗体 | Merck Millipore | 07-328 | |
| 抗H3K4me1抗体 | Merck Millipore | 07-436 | |
| 抗H3K4me2抗体 | Merck Millipore | 07-030 | |
| 抗H3K4me3抗体 | Merck Millipore | 07-473 | |
| 抗H3抗体 | Merck Millipore | 06-755 | |
| 抗组蛋白H4抗体 | Proteintech | 16047-1-AP | |
| 抗MSL1抗体 | Proteintech | 24373-1-AP | |
| 抗SMAD3抗体 | Proteintech | 66516-1-Ig | |
| 抗MOF抗体 | Boster | BM1942 | |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-59778 | |
| 抗N-钙黏蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-393933 | |
| 抗波形蛋白抗体 | Solarbio | K200054M | |
| 抗MSL2抗体 | Abcam | ab83911 | |
| 抗Snail抗体 | ABclonal | A11794 | |
| 抗MMP9抗体 | ABclonal | A0289 | |
| 抗MMP2抗体 | Bioss | bs-4599R | |
| ChIP-seq | NEBNext Ultra DNA文库制备试剂盒 | NEB | E7370 |
| 显微观察 | Olympus BX40F显微镜 | Olympus | -- |
| 细胞增殖检测 | Infinite F200 Pro酶标仪 | TECAN | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养基组成,包括DMEM、10% FBS和1%青链霉素,以及培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| 基因敲除 | sgRNA序列、质粒构建、转染试剂和筛选浓度(2μg/mL嘌呤霉素) 阅读提示:Materials and methods: Generation of the CRISPR/Cas9-mediated human MSL1-KO cell line |
| 细胞增殖和克隆形成 | 细胞接种数量(MTT实验3000细胞/孔;克隆形成2000/3000细胞/孔)和检测时间点 阅读提示:Figure 1G-L以及Materials and methods: Cell viability assay和Colony formation assay |
| 细胞周期分析 | 固定条件和PI染色浓度(50μg/mL),以及流式细胞仪型号 阅读提示:Materials and methods: Flow cytometry analysis |
| 免疫荧光染色 | 抗体稀释比例(1:300)、固定和透化条件 阅读提示:Materials and methods: Immunofluorescence staining |
| 迁移实验 | Transwell孔径(8μm)、细胞数量(2×10^4)和培养时间(24小时) 阅读提示:Materials and methods: Transwell® migration assay |
| 荧光素酶报告实验 | 质粒转染量(报告质粒0.4μg,效应质粒总量1.7μg)和检测时间(48小时) 阅读提示:Materials and methods: Luciferase reporter assay |
| 体内实验 | 动物品系、年龄、体重、分组和每组数量(n=5),细胞注射方式和数量,以及观察时间(28天或21天) 阅读提示:Materials and methods: In vivo tumor metastasis experiments和Figure 8图注 |