检测PCO患者组织和TGF-β2诱导的LECs中NEAT1和miR-486-5p的表达
评估NEAT1和miR-486-5p与PCO的关联
收集PCO患者和正常供体的后囊膜组织;用不同浓度TGF-β2 (0, 1, 5, 10 ng/mL)处理SRA01/04细胞48小时;通过qRT-PCR检测NEAT1和miR-486-5p表达。
LncRNA NEAT1 promotes proliferation, migration, invasion and epithelial-mesenchymal transition process in TGF-β2-stimulated lens epithelial cells through regulating the miR-486-5p/SMAD4 axis.
包含患者组织样本、细胞模型、功能实验(增殖、迁移、侵袭、EMT)、分子机制验证(双荧光素酶、RIP、RNA pull-down)及通路验证,多个证据层级且包含功能与机制验证。
人晶状体上皮细胞系SRA01/04 TGF-β2诱导的SRA01/04细胞(PCO体外模型) PCO患者后囊膜组织
TGF-β2处理浓度:0、1、5和10 ng/mL,处理48小时 NEAT1敲低(si-NEAT1)和miR-486-5p抑制剂(anti-miR-486-5p)的转染 SMAD4过表达质粒转染 miR-486-5p与NEAT1和SMAD4的相互作用通过双荧光素酶、RIP和RNA pull-down验证 TGF-β/SMAD通路蛋白p-SMAD2和p-SMAD3的表达变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估NEAT1和miR-486-5p与PCO的关联
收集PCO患者和正常供体的后囊膜组织;用不同浓度TGF-β2 (0, 1, 5, 10 ng/mL)处理SRA01/04细胞48小时;通过qRT-PCR检测NEAT1和miR-486-5p表达。
验证NEAT1是否参与调节LECs的增殖、迁移、侵袭和EMT
将si-NEAT1或si-NC转染至SRA01/04细胞,再用10 ng/mL TGF-β2处理;通过MTT、Transwell和WB检测细胞增殖、迁移、侵袭和EMT标志蛋白表达。
确定NEAT1是否直接结合miR-486-5p
通过StarBase v2.0预测结合位点;进行双荧光素酶报告基因实验、RIP实验和生物素标记RNA pull-down实验。
确认NEAT1通过吸附miR-486-5p调控LECs进展
在TGF-β2刺激的SRA01/04细胞中共转染si-NEAT1和anti-miR-486-5p;检测细胞增殖、迁移、侵袭和EMT标志蛋白。
确认miR-486-5p直接靶向SMAD4
通过StarBase v2.0预测并结合双荧光素酶、RIP和RNA pull-down验证;检测PCO组织及TGF-β2诱导细胞中SMAD4表达;进一步检测miR-486-5p调控SMAD4表达。
确认miR-486-5p通过SMAD4影响LECs进展
在TGF-β2刺激的SRA01/04细胞中共转染miR-486-5p mimic和SMAD4过表达载体;检测增殖、迁移、侵袭和EMT标志蛋白。
阐明NEAT1轴是否通过TGF-β/SMAD通路发挥作用
通过WB检测p-SMAD2和p-SMAD3蛋白水平,在NEAT1敲低、miR-486-5p inhibitor或SMAD4过表达条件下观察变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Invitrogen | 12100-046 |
| 胎牛血清 | Invitrogen | 10437028 | |
| 青霉素/链霉素 | Invitrogen | 15140148 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596-026 |
| cDNA合成 | BeyoRT II cDNA合成试剂盒 | Beyotime | D7170S |
| qRT-PCR | SYBR Green荧光染料 | Invitrogen | 11762500 |
| TaqMan microRNA检测试剂盒 | Applied Biosystems | 4440887 | |
| 细胞增殖实验 | MTT检测试剂盒 | Beyotime | C0009 |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning Inc. | 3422 |
| 基质胶 | Corning Inc. | 354234 | |
| 显微镜观察 | 显微镜DM500 | Leica | DM500 |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013K |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| Chemistar ECL Western blot底物 | Tanon | 180-501 | |
| E-cadherin抗体 | Bioss | bs-1519R | |
| Vimentin抗体 | Bioss | bs-23063R | |
| α-SMA抗体 | Bioss | bsm-52392R | |
| SMAD4抗体 | Bioss | bs-23966R | |
| SMAD2抗体 | Bioss | bs-0718R | |
| p-SMAD2抗体 | Bioss | bs-20341R | |
| SMAD3抗体 | Bioss | bsm-52224R | |
| p-SMAD3抗体 | Bioss | bs-5235R | |
| GAPDH抗体 | Bioss | bs-10900R | |
| 一抗稀释液 | Beyotime | P0023A | |
| 双荧光素酶实验 | pGL3报告载体 | Promega | -- |
| 双荧光素酶检测试剂盒 | Solarbio | D0010 | |
| RIP实验 | Magna RIP试剂盒 | Millipore | 17-700 |
| RNA pull-down | Dynabeads M-280链霉亲和素磁珠 | Invitrogen | 11205D |
| 统计分析 | GraphPad Prism 6.0软件 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | PCO患者后囊膜组织和正常供体组织的来源、例数、年龄范围、PCO分级 阅读提示:Materials and methods 中的 Sample tissues collection |
| 细胞培养和处理 | SRA01/04细胞来源、培养基成分、TGF-β2浓度(0、1、5、10 ng/mL)和处理时间(48小时) 阅读提示:Materials and methods 中的 Cell culture, TGF-β2 treatment and cell transfection |
| 细胞转染 | si-NEAT1、miR-486-5p mimic/inhibitor、SMAD4过表达载体及阴性对照的序列和转染试剂 阅读提示:Materials and methods 中的 Cell culture, TGF-β2 treatment and cell transfection |
| qRT-PCR | RNA提取试剂、cDNA合成试剂盒、SYBR Green/TaqMan探针、内参(GAPDH和U6)、引物序列 阅读提示:Materials and methods 中的 Quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) |
| 细胞增殖实验 | MTT试剂盒、接种密度、MTT孵育时间(4小时)、溶解时间(10分钟)、检测波长(490 nm) 阅读提示:Materials and methods 中的 Cell proliferation assay |
| Transwell实验 | Transwell小室型号、Matrigel包被与否、细胞接种数、血清浓度、孵育时间(24小时)、固定和染色方法 阅读提示:Materials and methods 中的 Transwell assay |
| Western blot | 蛋白提取方法、上样量(30 μg)、分离胶浓度(10%)、转膜条件、一抗和二抗浓度、ECL底物 阅读提示:Materials and methods 中的 Western blot (WB) analysis |
| 双荧光素酶实验 | 报告载体(NEAT1-WT/MUT和SMAD4 3'UTR-WT/MUT)构建、共转染miRNA、检测试剂盒 阅读提示:Materials and methods 中的 Dual-luciferase reporter assay |
| RIP实验 | RIP试剂盒、抗体(IgG和Ago2)、裂解和洗涤步骤 阅读提示:Materials and methods 中的 RNA immunoprecipitation (RIP) assay |
| RNA pull-down | 生物素标记探针(bio-miR-486-5p和bio-miR-NC)、细胞裂解、磁珠孵育时间(48小时) 阅读提示:Materials and methods 中的 Biotin-labeled RNA pull-down assay |
| 统计分析 | 统计方法(t检验或单因素方差分析)、相关性分析、显著性阈值(P<0.05)、重复次数(至少三次) 阅读提示:Materials and methods 中的 Statistical analysis |