检测ZC3H8在肿瘤细胞中的表达
确定ZC3H8在肿瘤细胞和正常细胞中的表达差异。
通过RT-qPCR检测小鼠乳腺肿瘤细胞系中Zc3h8的mRNA表达水平。
Regulation of the oncogenic phenotype by the nuclear body protein ZC3H8.
包含体外功能实验(增殖、迁移、侵袭、软琼脂、球体)和体内异种移植实验,以及机制验证(CK2抑制剂、磷酸化突变体)。
小鼠乳腺癌细胞系cV1A 03-31 正常小鼠乳腺上皮细胞COMMA-D 同基因BALB/c小鼠移植瘤模型
ZC3H8敲降效率(约25-30%降低) shRNA靶序列(shRNA A和shRNA C) CK2抑制剂TBB处理浓度和时间(10 μM,2小时) 磷酸化突变体(T32A和T32E) 体内肿瘤形成实验的细胞注射数量(1×10^6)和观察时间(8周)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定ZC3H8在肿瘤细胞和正常细胞中的表达差异。
通过RT-qPCR检测小鼠乳腺肿瘤细胞系中Zc3h8的mRNA表达水平。
探究降低ZC3H8表达对肿瘤细胞增殖、迁移、侵袭和转化能力的影响。
使用shRNA稳定敲降cV1A 03-31细胞中Zc3h8,进行增殖、迁移、侵袭、软琼脂和球体生长实验。
验证ZC3H8敲降对体内肿瘤生长的影响。
将敲降细胞皮下注射到BALB/c小鼠,监测肿瘤形成和生长。
检测ZC3H8过表达是否赋予非致瘤性细胞恶性特征。
在COMMA-D细胞中稳定过表达Zc3h8,进行增殖、迁移、侵袭和体内成瘤实验。
确定ZC3H8在细胞核中的定位以及与核体的关系。
使用免疫荧光共聚焦显微镜观察内源性ZC3H8与PML、COILIN等标记的共定位。
探究CK2磷酸化对ZC3H8定位和PML体形态的影响。
使用TBB或quinalizarin处理细胞,免疫荧光观察PML和ZC3H8定位变化,以及洗脱后的恢复。
验证ZC3H8的T32磷酸化位点对PML体数量和大小的影响。
瞬时转染野生型或突变型ZC3H8(T32A、T32E)到细胞,免疫荧光检测PML体。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 抗体 | 抗ZC3H8抗体 | AssayBiotech | C19576 |
| 抗ZC3H8抗体 | Lifespan BioSciences | 59503 | |
| 抗PML抗体 | Acris | AM20293AF-N | |
| 抗NONO抗体 | OneWorld | 41152 | |
| 抗COILIN单克隆抗体 | Abnova | B01P | |
| 抗COILIN多克隆抗体 | OneWorld | 41139 | |
| 抗CK2抗体 | Thermo Fisher | PA5-28686 | |
| 抗V5抗体 | Millipore | AB3792 | |
| 抗GAPDH抗体 | GeneTex | GTX100118 | |
| 抗GAPDH抗体 | Origene | TA802519S | |
| 抗FLAG抗体 | Cell Signaling Technologies | 2368 | |
| 抗β-微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technologies | 2128 | |
| 药物处理 | TBB(4,5,6,7-四溴苯并三唑) | Tocris | -- |
| 奎那扎林 | Sigma Aldrich | -- | |
| 载体构建 | pcDNA 3.1 V5 His 载体 | Thermo Fisher | -- |
| pEF6 V5 载体 | Thermo Fisher | -- | |
| pSilencer 4.1 载体 | Ambion/ThermoFisher | -- | |
| 定点突变 | Q5定点突变试剂盒 | New England Biolabs | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 遗传霉素 | -- | -- | |
| 杀稻瘟菌素 | Thermo Fisher | -- | |
| 转染 | 脂质体转染试剂 | Thermo Fisher | -- |
| RNA提取 | Tri试剂 | Sigma/Aldrich | -- |
| 逆转录 | VILO cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher | -- |
| RT-qPCR | Power-UP SYBR Green qPCR预混液 | Thermo Fisher | -- |
| 迁移和侵袭实验 | 硅胶插件 | Ibidi | -- |
| 康宁Biocoat Matrigel侵袭小室 | Corning | -- | |
| 3D生长实验 | 康宁圆底96孔板 | Corning | 4520 |
| 细胞增殖实验 | CellTiter-Glo 2.0发光细胞活力检测试剂盒 | Promega | -- |
| CLARIOstar酶标仪 | BMG Labtech | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Thermo Fisher | -- |
| 磷酸酶抑制剂混合物II | Research Products International | -- | |
| 蛋白酶抑制剂混合物III | Research Products International | -- | |
| Western blot | PVDF膜 | -- | -- |
| 增强化学发光试剂 | Thermo Fisher | -- | |
| 显微镜 | Leica SP8共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| Leica 63X油浸物镜 | Leica | -- | |
| 迁移和侵袭实验 | Olympus IX70显微镜 | Olympus | -- |
| Leica ICC50 HD显微镜 | Leica | -- | |
| 免疫荧光 | Vectashield +DAPI封片剂 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和稳定转染 | 细胞培养基(DMEM+10% FBS),转染试剂Lipofectamine,筛选抗生素浓度(Geneticin 500 μg/ml,Blasticidin 3 μg/ml) 阅读提示:Methods: Cell culture |
| RT-qPCR | 引物序列,SYBR Green master mix,PCR条件(文中未明确说明) 阅读提示:Methods: RNA extraction and RT-qPCR |
| 迁移和侵袭实验 | 划痕实验使用Ibidi插件,侵袭实验细胞数(2.5×10^4),孵育时间(22小时),趋化剂(5% FBS) 阅读提示:Methods: Migration and invasion assays |
| 3D生长实验 | 软琼脂实验细胞数(5×10^4),培养时间(2周),球体实验细胞数(5×10^3),培养时间(观察至多周,文中未明确说明) 阅读提示:Methods: Assays for 3-D growth |
| 细胞增殖实验 | 细胞数(5×10^3),测量时间(每24小时,持续5-7天) 阅读提示:Methods: Cell proliferation assay |
| 体内肿瘤形成实验 | 细胞注射数(1×10^6),小鼠品系(BALB/c),观察时间(8周) 阅读提示:Methods: Tumor growth |
| 免疫荧光和定点突变 | 抗体稀释度,固定和透化条件,突变体构建(T32A, T32E) 阅读提示:Methods: Fluorescence microscopy, Cloning and vectors |