质粒构建与mRNA合成
构建携带重编程因子ORF的质粒,并通过体外转录合成mRNA
从鼠组织(睾丸、小肠、结肠)中RT-PCR扩增Oct4、Sox2、c-Myc和Klf4的cDNA,克隆至pCDNA3载体,测序验证后线性化,使用mMESSAGE mMACHINE T7 Kit进行体外转录并纯化mRNA。
Pluripotent state induction in mouse embryonic fibroblast using mRNAs of reprogramming factors.
研究包含体外细胞重编程、分子表达检测(RT-PCR、qPCR)、表观遗传分析(亚硫酸盐测序)、体外分化(EB形成)及体内畸胎瘤形成等多项独立验证。
小鼠胚胎成纤维细胞(MEF) mRNA诱导多能干细胞(mRNA iPSCs) SCID小鼠畸胎瘤模型
mRNA浓度:每因子0.25 μg,总1 μg 转染次数:5次每日重复转染 细胞密度:1×10^5 MEF细胞 ES细胞培养条件:含LIF的培养基
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
构建携带重编程因子ORF的质粒,并通过体外转录合成mRNA
从鼠组织(睾丸、小肠、结肠)中RT-PCR扩增Oct4、Sox2、c-Myc和Klf4的cDNA,克隆至pCDNA3载体,测序验证后线性化,使用mMESSAGE mMACHINE T7 Kit进行体外转录并纯化mRNA。
确定最优mRNA转染剂量及蛋白表达动力学
用GFP mRNA转染MEF细胞,通过FACS比较不同剂量(1, 1.5, 2 μg)的表达效率,并监测蛋白表达随时间(6-72小时)的变化。
通过重复转染重编程因子mRNA诱导MEF细胞重编程为iPSCs
MEF细胞以1 × 10^5细胞接种,每天转染1 μg总mRNA(每因子0.25 μg),连续5天,随后更换为ES细胞培养基,观察细胞形态变化及集落形成,直至出现ES样集落。
验证iPSCs的分子和功能特性是否与ESCs相似
通过免疫荧光、RT-PCR检测多能性标志物表达,碱性磷酸酶染色,亚硫酸盐测序分析启动子甲基化,EB形成及三胚层分化,畸胎瘤形成实验和核型分析。
追踪重编程过程中多能性基因的表达水平和启动子甲基化变化
在重编程不同时间点(D1, D6, D9, D12, D15)通过qRT-PCR检测总及内源的多能性因子表达,通过亚硫酸盐测序检测Nanog和Oct4启动子甲基化状态。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | TRIZOL试剂 | Invitrogen | 15596-026 |
| RNA定量 | NanoDrop 1000分光光度计 | Thermo Scientific | -- |
| 逆转录 | PrimeScript RT试剂盒 | Takara | DRR037A |
| PCR扩增 | PrimeSTAR Max DNA聚合酶 | Takara | DR045A |
| DNA纯化 | 通用DNA纯化试剂盒 | TIANGEN | DP214 |
| 质粒提取 | TIANprep质粒小提试剂盒 | TIANGEN | DP103 |
| 限制性酶切 | EcoRI限制酶 | -- | -- |
| XhoI限制酶 | -- | -- | |
| 连接 | T4 DNA连接酶 | Takara | 2011A |
| 体外转录 | mMESSAGE mMACHINE T7试剂盒 | Ambion | AM1345 |
| mRNA纯化 | MEGAclear试剂盒 | Ambion | AM1908 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Corning | -- |
| 胎牛血清 | Hyclone | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Gibco | 25030-081 | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 白血病抑制因子 | Sigma | -- | |
| 非必需氨基酸 | Sigma | M7145 | |
| 细胞转染 | TransIT-mRNA转染试剂盒 | Mirus Bio | MIR2225 |
| Opti-MEM培养基 | -- | -- | |
| 细胞消化 | 胰蛋白酶/EDTA | Gibco | -- |
| 基因表达分析 | SYBR Premix Ex Taq (Tli RNaseH Plus) | Takara | RR420A |
| qRT-PCR | 7500实时荧光定量PCR系统 | ABI | -- |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | -- | -- |
| 牛血清白蛋白 | -- | -- | |
| 抗Oct4抗体 | Abcam | -- | |
| 抗Sox2抗体 | Novus Biologicals | NB110-37235 | |
| 抗Nanog抗体 | Abcam | -- | |
| 抗c-Myc抗体 | Bioss | bs-4963R | |
| 抗Klf4抗体 | Bioss | bs-1064R | |
| Alexa Fluor 488标记抗兔IgG | Invitrogen | -- | |
| DAPI | Invitrogen | -- | |
| 流式分析 | FACSAria流式细胞仪 | Becton-Dickinson | -- |
| 碱性磷酸酶染色 | AP染色试剂盒 | SiDanSai | 1101-050 |
| 亚硫酸盐测序 | EZ DNA甲基化试剂盒 | ZYMO RESEARCH | D5001 |
| TOP10感受态细胞 | Vazyme Biotech | -- | |
| 体外分化 | 抗平滑肌肌动蛋白抗体 | Abcam | ab5694 |
| 抗Sox17抗体 | Santa Cruz | cs-299 | |
| 抗βIII微管蛋白抗体 | Abcam | ab52901 | |
| Cy3标记抗兔IgG | Invitrogen | A10520 | |
| 畸胎瘤形成 | SCID小鼠 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 质粒构建与mRNA合成 | 限制性内切酶EcoRI和XhoI的酶切位点设计;T7 RNA聚合酶体外转录条件;mRNA纯度及完整性 阅读提示:Methods 4.1-4.3 |
| 细胞培养和转染 | MEF细胞代数(3代内);转染试剂盒用量(2 μL BOOST试剂、2 μL TransIT-mRNA);mRNA剂量(1 μg);转染后培养基更换时间(12小时) 阅读提示:Methods 4.4-4.6 |
| 重编程诱导 | 细胞初始密度(1×10^5);转染次数(5次);每日转染间隔;ES培养基成分(含LIF) 阅读提示:Results 2.3, Methods 4.5 |
| 多能性验证 | 免疫荧光抗体的稀释比例;碱性磷酸酶染色试剂盒;亚硫酸盐测序克隆数(10个);畸胎瘤注射细胞数(1×10^7细胞/mL) 阅读提示:Methods 4.8, 4.10-4.13 |
| 基因表达和表观遗传分析 | qRT-PCR内参基因(Gapdh);检测时间点(D1, D6, D9, D12, D15);亚硫酸盐测序引物序列 阅读提示:Methods 4.7, 4.11 |