临床样本中miR-23b表达分析
评估miR-23b在HCC组织和细胞系中的表达水平及其临床相关性。
通过小RNA高通量测序筛选8对HCC和配对癌旁组织差异表达miRNA;qRT-PCR验证70对HCC组织中miR-23b表达;分析miR-23b与临床病理特征(肿瘤大小、多发、BCLC分期)的关系;检测五种HCC细胞系中的miR-23b表达。
MicroRNA-23b functions as an oncogene and activates AKT/GSK3β/β-catenin signaling by targeting ST7L in hepatocellular carcinoma.
包括临床组织样本表达分析、体外细胞功能实验(CCK-8、克隆形成、划痕、Transwell)、体内异种移植小鼠模型、靶基因验证(荧光素酶报告基因、Western blot)和机制研究(免疫共沉淀、免疫荧光)。
HCC细胞系(SMMC-7721、HCCLM3、SK-Hep1、MHCC97L、MHCC97H) HCC异种移植小鼠模型(BALB/c裸鼠) HCC患者肿瘤组织及配对癌旁组织(70对)
miR-23b过表达(mimics)和敲低(inhibitor)的细胞系及转染方法 ST7L过表达质粒和siRNA的转染及对miR-23b效应的拮抗 体内实验中,HCCLM3细胞感染miR-23b或ST7L敲低慢病毒后皮下及原位移植的剂量(5 × 10^6)和时间(1周后原位植入,5周后处死) AKT/GSK3β/β-catenin通路中关键磷酸化位点(AKT Ser473/Thr308、GSK3β Ser9、β-catenin Ser33/37)的检测 ST7L与AKT C-末端(409-480aa)相互作用的验证方法(co-IP、免疫荧光)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估miR-23b在HCC组织和细胞系中的表达水平及其临床相关性。
通过小RNA高通量测序筛选8对HCC和配对癌旁组织差异表达miRNA;qRT-PCR验证70对HCC组织中miR-23b表达;分析miR-23b与临床病理特征(肿瘤大小、多发、BCLC分期)的关系;检测五种HCC细胞系中的miR-23b表达。
验证miR-23b对HCC细胞体外增殖和转移能力的影响。
在SMMC-7721细胞中转染miR-23b mimics过表达,HCCLM3细胞中转染miR-23b inhibitor敲低,然后进行CCK-8增殖、克隆形成、划痕迁移和Transwell侵袭实验。
验证ST7L是否为miR-23b的直接靶基因。
通过TargetScan和microRNA.org预测ST7L为miR-23b候选靶基因;构建含ST7L 3'UTR野生型(wt)或突变型(mut)的荧光素酶报告质粒,检测miR-23b对报告基因活性的影响;Western blot检测miR-23b改变对ST7L蛋白表达的影响;免疫组化检测HCC组织中ST7L表达,并分析与miR-23b的相关性。
验证ST7L是否参与miR-23b介导的HCC细胞增殖和转移功能。
在SMMC-7721细胞中共转染miR-23b mimics和ST7L表达质粒,在HCCLM3细胞中共转染miR-23b inhibitor和ST7L siRNA,重复CCK-8、克隆形成、划痕和Transwell实验,观察ST7L改变是否影响miR-23b的作用。
在动物模型中验证miR-23b和ST7L对HCC肿瘤生长和转移的影响。
构建HCC异种移植小鼠模型:将稳定感染miR-23b抑制剂或ST7L shRNA慢病毒的HCCLM3细胞(5×10^6)皮下注射到BALB/c裸鼠,1周后取出肿瘤并原位植入新裸鼠肝脏,5周后处死,测量肿瘤体积,通过肺转移灶评估转移情况。
探究miR-23b和ST7L调控HCC进展的分子机制,特别是对AKT/GSK3β/β-catenin信号通路的影响。
Western blot检测miR-23b和ST7L改变后AKT、p-AKT(Ser473/Thr308)、GSK3β、p-GSK3β(Ser9)、β-catenin、p-β-catenin(Ser33/37)的表达;荧光素酶报告基因检测β-catenin转录活性;qRT-PCR和Western blot检测下游靶基因C-myc、Vimentin、Cyr61的表达;通过免疫荧光和共免疫沉淀验证ST7L与AKT的相互作用,并确定结合区域。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| RNA提取和qRT-PCR | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | Primescript RT预混液 | Takara | -- |
| qRT-PCR | SYBR绿色预混液 | Takara | -- |
| Hairpin-it定量PCR试剂盒 | GenePharma | -- | |
| 转染 | Hiperfect转染试剂 | Qiagen | -- |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶检测系统 | Promega | -- |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂 | Dojindo | -- |
| 细胞计数 | Scepter 2.0手持式自动细胞计数器 | Millipore | -- |
| Transwell侵袭实验 | Transwell小室 | Corning Incorporated | -- |
| Matrigel基质胶 | BD | -- | |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| ST7L抗体 | Proteintech | 17567-1-AP | |
| 波形蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | no.3390 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | no.3700 | |
| C-myc抗体 | Abcam | ab17356 | |
| AKT (pan)抗体 | Cell Signaling Technology | no.4691 | |
| 磷酸化AKT (Ser473)抗体 | Cell Signaling Technology | no.4060 | |
| 磷酸化AKT (Thr308)抗体 | Cell Signaling Technology | no.13038 | |
| 磷酸化β-catenin (Ser33/37)抗体 | Abgent | AP3908a | |
| Cyr61抗体 | Cell Signaling Technology | no.14479 | |
| GSK3β抗体 | Cell Signaling Technology | no.12456 | |
| 磷酸化GSK3β (Ser9)抗体 | Cell Signaling Technology | no.14479 | |
| β-catenin抗体 | Cell Signaling Technology | no.8480 | |
| TBP抗体 | Abcam | ab125009 | |
| 免疫组化 | ST7L抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-138649 |
| Ki67抗体 | BIOSS | bs-23103R | |
| 免疫荧光 | AKT (pan)抗体 | Cell Signaling Technology | no.4691 |
| ST7L抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-138649 | |
| DAPI染色液 | Invitrogen | -- | |
| 徕卡DMI4000B显微镜 | Leica | -- | |
| 免疫共沉淀 | NP-40裂解液 | BOSTER | -- |
| Protein A/G Plus琼脂糖珠 | Santa Cruz Biotechnology | sc-2003 | |
| 普通IgG | Beyotime | -- | |
| Flag标签抗体 | Proteintech | 66008-2-Ig | |
| 统计分析 | SPSS统计软件 | SPSS | version 13.0 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | HCC组织和配对癌旁组织的来源及数量(70对);miR-23b检测方法(qRT-PCR,RNU66内参);高/低表达分组标准 阅读提示:Materials and Methods: Tissue specimens, Quantitative reverse transcription-PCR; Results: MiR-23b is upregulated; Table 1 |
| 体外细胞培养与处理 | 细胞系来源(SMMC-7721、SK-Hep1、HCCLM3来自中国科学院;MHCC97L和MHCC97H来自Cobioer);培养条件(DMEM+10% FBS,37°C,5% CO2);转染试剂(Hiperfect for oligos, Lipofectamine 3000 for plasmids) 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture, Transfection and luciferase reporter assay |
| 体外功能实验 | CCK-8检测时间点;克隆形成(每孔500细胞,培养约2周);划痕实验(12孔板,10μl枪头,DMEM无血清培养);Transwell(8.0μm孔径,Matrigel包被,上室无血清,下室加10% FBS;SMMC-7721 24h,HCCLM3 12h) 阅读提示:Materials and Methods: Cell proliferation assays, Colony formation assays, Wound-healing assays, Transwell invasion assays |
| 体内动物模型 | BALB/c裸鼠来源;细胞注射数量(5×10^6);皮下注射后1周取出肿瘤原位植入;5周后处死;肿瘤体积计算公式;肺转移检测方法 阅读提示:Materials and Methods: HCC xenograft mouse model; Results: MiR-23b promotes HCC tumor growth...(Figure 5) |
| 机制验证 | Western blot所用一抗和二抗(品牌与货号);β-catenin转录活性检测所用报告载体(TOP/FLASH);ST7L与AKT相互作用的实验方法(co-IP及FLAG标记AKT片段) 阅读提示:Materials and Methods: Western blot, Co-immunoprecipitation; Results: MiR-23b regulates signaling, ST7L interacts with AKT(Figure 6, 7) |